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Date:
2018-09-05
[Abstract] The physical properties of viral-length polyuridine (PolyU) RNAs, which cannot base-pair and form secondary structures, are compared with those of normal-composition RNAs, composed of comparable numbers of each of A, U, G and C nucleobases. In this protocol, we describe how to synthesize fluorescent polyU RNAs using the enzyme polynucleotide phosphorylase (PNPase) from Uridine diphosphate (UDP) monomers and how to fractionate the polydisperse synthesis mixture using gel electrophoresis, and, after electroelution, how to quantify the amount of polyU recovered with UV-Vis spectrophotometry. ...
[摘要] 将不能碱基配对并形成二级结构的病毒长度聚尿苷（PolyU）RNA的物理性质与正常组成RNA的物理性质进行比较，正常组成RNA由相当数量的A，U，G和C核碱基组成。 在该协议中，我们描述了如何使用来自二磷酸尿苷（UDP）单体的酶多核苷酸磷酸化酶（PNPase）合成荧光polyU RNA以及如何使用凝胶电泳分离多分散合成混合物，并且在电洗脱后，如何量化 用UV-Vis分光光度法回收polyU。 与polyU相比，动态光散射用于确定正常组成RNA的流体动力学半径。 结果表明，长polyU RNA的行为类似于线性聚合物，其半径范围为链长为N 1/2 ，而正常组成RNA则作为紧凑的支链RNA，其半径范围为 如N 1/3 。
【背景】 PolyU作为物理对象： PolyU是一种由重复的尿苷残基组成的非生物RNA分子，因此，它不能与Watson-Crick碱基对缺乏RNA二级结构（Martin和Ames，1962; Richards et al。，1963）。 PolyU具有非常弱的碱基堆积能量，导致缺乏螺旋排序 - 除了低于4°C（Richards et al。，1963）。由于缺乏这种结构，polyU ...
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