| Microarray, IPA and GSEA Analysis in Mice Models
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] This protocol details a method to analyze two tissue samples at the transcriptomic level using microarray analysis, ingenuity pathway analysis (IPA) and gene set enrichment analysis (GSEA). Methods such as these provide insight into the mechanisms underlying biological differences across two samples and thus can be applied to interrogate a variety of processes across different tissue samples, conditions, and the like. The full method detailed below can be applied to determine the effects of muscle-specific Notch1 activation in the mdx mouse model and to analyze previously published ...
[摘要] 该协议详述了使用微阵列分析，独创性途径分析（IPA）和基因集富集分析（GSEA）在转录组水平分析两个组织样品的方法。 诸如此类的方法提供了对两个样品之间的生物学差异的潜在机制的洞察，因此可以应用于跨越不同组织样品，条件等询问各种过程。 下面详述的完整方法可用于确定肌肉特异性Notch1激活在 mdx 小鼠模型中的作用，并分析先前公布的人脂肪肉瘤细胞系的微阵列数据。
【背景】各种细胞类型的转录组学分析对于阐明细胞的功能元件至关重要，可以深入了解细胞特异性特征，并可突出与不同发育或疾病阶段相关的变化（Wang et al。，2009） 。虽然RNA测序变得越来越流行，但分析的相对成本和时间可能是一种负担。因此，微阵列分析是比较各种mRNA样品之间相对基因表达水平的替代工具（Read et al。，2001）。微阵列通常用于研究与疾病状态相关的变化，其疾病状态的基因表达模式可以被推断或已经被定义（Amaratunga et al。，2007）。 Ingenuity途径分析（IPA，QIAGEN）通常与大规模组学数据结合使用，并提供有关不同样本可能显着改变的途径，基因和其他特征的信息。基因集富集分析（GSEA）使用与各种疾病或途径相关的先验的基因集和特征，以便为感兴趣的样品提供生物学应用。
Bi及其同事使用下述方法来理解Notch信号传导在肌肉再生和脂肪肉瘤中的作用，脂肪肉瘤是一种常见的软组织癌类型（Bi ...
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| Extraction of RNA from Recalcitrant Tree Species Paulownia elongata
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] Isolation of pure RNA is the basic requisite for most molecular biology work. Plants contain polyphenols and polysaccharides, which can interfere with isolation of pure RNA from them. Especially hardwood tree species like Paulownia elongata have surplus amount of RNA-binding alkaloids, proteins and secondary metabolites that can further complicate the process of RNA extraction. Paulownia elongata is a fast-growing tree species which is known for its role in environmental adaptability and biofuel research. Here we describe an economical, efficient and time-saving method (2 h) ...
[摘要] 纯RNA的分离是大多数分子生物学工作的基本要求。植物含有多酚和多糖，它们可以干扰从它们中分离纯RNA。特别是像泡桐（Paulownia elongata）这样的硬木树种具有过量的RNA结合生物碱，蛋白质和次级代谢物，这些可以进一步使RNA提取过程复杂化。 泡桐（Paulownia elongata）是一种快速生长的树种，以其在环境适应性和生物燃料研究中的作用而闻名。在这里，我们描述了一种经济，有效和省时的方法（2小时）从树的叶组织中提取RNA 泡桐（Paulownia elongata）。使用RNA凝胶电泳证实缺乏DNA污染和良好的RNA完整性。使用Nanodrop分光光度计确认RNA的纯度，其显示A 260 ：A 280 比率为约2.0。纯化的RNA成功用于下游应用，例如RT-PCR（逆转录PCR）和qPCR（定量PCR）。该方法可用于从其他几种顽拗型树种中提取RNA。
【背景】泡桐是一种广泛分布的树，属于泡桐科（Zhu et al。，1986）。它以其高适应性和快速增长率而闻名（Chaires et al。，2017）。由于其高稳定性，低导热性，腐烂和腐烂抗性等，泡桐木材正在受到来自世界各地的需求。（Ayrilmis和Kaymakci，2013）。除此之外， P.还已知细菌对各种生物和非生物胁迫具有耐受性（Chaires et ...
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| RNA Purification from the Unicellular Green Alga, Chromochloris zofingiensis
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Chromochloris zofingiensis is a unicellular green alga that is an emerging model species for studies in fields such as biofuel production, ketocarotenoid biosynthesis and metabolism. The recent availability of a high-quality genome assembly facilitates systems-level analysis, such as RNA-Seq. However, cells of this alga have a tough cell wall, which is a challenge for RNA purification. This protocol was designed specifically to breach the cell wall and isolate high-quality RNA suitable for RNA-Seq studies.
[摘要] Chromochloris zofingiensis 是一种单细胞绿藻，是生物燃料生产，酮类胡萝卜素生物合成和代谢等领域研究的新兴模式物种。 最近获得的高质量基因组组装便于系统级分析，如RNA-Seq。 然而，这种藻类的细胞具有坚韧的细胞壁，这对于RNA纯化来说是一个挑战。 该方案专门设计用于破坏细胞壁并分离适合RNA-Seq研究的高质量RNA。
【背景】Chromochloris zofingiensis 是一种来自叶绿体谱系的小型单细胞绿藻（Dönz，1934）。此前，该物种在文献中已被描述为属于Muriella ，小球藻和 Mychonastes （Fučíková和Lewis，2012）。 C中有强烈的经济利益。因为它能够生产大量用于生物燃料的脂质，并且显示有望成为具有商业价值的营养制品虾青素的来源（Breuer等人，2012; Mulders等人。，2014; Liu et。，2016）。最近，发布了高质量的染色体水平的基因组组装和附带的注释，这有助于系统水平分析，如RNA-Seq（Roth等人，2017）。以下方案被设计为从液体培养物中产生高度纯化的总RNA，包括miRNA。 zofingiensis 适合RNA-Seq。 ℃。 zofingiensis 细胞受坚固细胞壁的保护，该细胞壁被设计为穿透。该方案的起始材料可以高达2.5×10 ...
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