TPP cell spatula

公司名称: TPP

产品编号: 99002

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Jennifer Carlisle Michel and Adam C. Miller

Published online: 2023-04-05

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Isolation of Chromatin-bound Proteins from Subcellular Fractions for Biochemical Analysis

Author:

Sébastien Gillotin,

Date:

2018-10-05

[Abstract] Shuttling of proteins between different cellular compartments controls their proteostasis and can contribute in some cases to regulate their activity. Biochemical analysis of chromatin-bound proteins, such as transcription factors, is often difficult because of their low yield and due to the interference from nucleic acids. This protocol describes a method to efficiently fractionate cells combined with a mechanical (i.e., sonication) or an enzymatic treatment (i.e., benzonase) that facilitates analysis of chromatin-bound protein extracts by Western blot analysis or by ... [摘要] 在不同细胞区室之间穿梭蛋白质控制它们的蛋白质稳态，并且在某些情况下可以有助于调节它们的活性。染色质结合蛋白（例如转录因子）的生化分析通常是困难的，因为它们的产率低并且由于核酸的干扰。该协议描述了一种有效分离细胞的方法，结合机械（即，超声处理）或酶处理（即，benzonase），有助于分析染色质结合蛋白提取物通过蛋白质印迹分析或蛋白质下拉分析。该方法对于富集特定亚细胞级分内的特定蛋白质以研究特定的翻译后修饰模式或鉴定特定的蛋白质 - 蛋白质相互作用可能是有价值的。
【背景】许多染色质结合蛋白的活性和翻译后调节研究很少，因为在分离它们进行生化分析时存在技术困难。这甚至是转录因子的情况，例如基本的螺旋 - 环 - 螺旋（bHLH）转录因子，其通常在组织或细胞模型中具有稀缺的时间和空间表达模式（Dennis 等。，2018）。当生物材料的量成为研究分子途径的障碍时，协议细化有助于解除技术限制（Gillotin和Guillemot，2016）。在我们最近的研究中，我们努力了解神经元bHLH转录因子Ascl1的蛋白水解是如何在神经元分化的细胞模型中调节的（Gillotin et ...

Conditional Knockdown of Proteins Using Auxin-inducible Degron (AID) Fusions in Toxoplasma gondii

Author:

Kevin M. Brown, Shaojun Long and L. David Sibley,

Date:

2018-02-20

[Abstract] Toxoplasma gondii is a member of the deadly phylum of protozoan parasites called Apicomplexa. As a model apicomplexan, there is a great wealth of information regarding T. gondii’s 8,000+ protein coding genes including sequence variation, expression, and relative contribution to parasite fitness. However, new tools are needed to functionally investigate hundreds of putative essential protein coding genes. Accordingly, we recently implemented the auxin-inducible degron (AID) system for studying essential proteins in T. gondii. Here we provide a step-by-step protocol ... [摘要] 弓形虫是原生动物寄生虫称为Apicomplexa致命门的一员。作为一个复杂的模型，关于T的信息有很多。 gondii的8,000多种蛋白质编码基因，包括序列变异，表达和对寄生虫适应的相对贡献。然而，需要新的工具来功能性地调查数百个推定的必需蛋白质编码基因。因此，我们最近实施了生长素诱导降解（AID）系统来研究T中的基本蛋白质。弓形虫。在这里，我们提供了一个检查蛋白质功能的一步一步的协议。在组织培养环境中使用AID系统。

【背景】生长素是一类通过靶向某些蛋白质在植物中进行蛋白酶体降解而发出信号的植物激素（Teale等人，2006）。 Kohei Nishimura等人具有将该植物特异性信号传导系统的组分转移到其他真核生物中用于有兴趣的蛋白质（POI）的条件调节，创建生长素诱导降解（AID）系统的聪明想法（Nishimura等人，2009）。这个系统已经被成功地用于几种真核生物，包括疟原虫疟原虫（Kreidenweiss et al。，2013; Philip和Waters，2015）。只需要两个转基因成分来实现这个系统，称为转运抑制剂反应1（TIR1）的植物生长素受体和用AID标记的POI。用生长素（例如，3-吲哚乙酸/ IAA）处理活化SCF ...

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