| Observing Nutrient Gradients, Gene Expression and Growth Variation Using the "Yeast Machine" Microfluidic Device
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Author:
Date:
2020-07-05
[Abstract] The natural environment of microbial cells like bacteria and yeast is often a complex community in which growth and internal organization reflect morphogenetic processes and interactions that are dependent on spatial position and time. While most of research is performed in simple homogeneous environments (e.g., bulk liquid cultures), which cannot capture full spatiotemporal community dynamics, studying biofilms or colonies is complex and usually does not give access to the spatiotemporal dynamics at single cell level. Here, we detail a protocol for generation of a microfluidic ...
[摘要] [摘要 ] 微生物细胞（如细菌和酵母菌）的自然环境通常是一个复杂的社区，在该社区中，生长和内部组织反映了形态发生过程和相互作用，这些过程和相互作用取决于空间位置和时间。虽然大多数研究是在无法捕获完整时空群落动态的简单同质环境（例如，大量液体培养）中进行的，但研究生物膜或菌落却很复杂，通常无法在单个细胞水平上获得时空动态。在这里，我们详细介绍了一种用于生成微流控设备（“酵母机器”）的协议，该协议带有酵母菌落的长单层阵列，以推进对细胞间代谢相互作用如何影响已定义和可定制的空间尺寸内菌落内部结构的全球了解。以酿酒酵母作为模型酵母系统，我们使用“酵母机器”通过追踪荧光标记的己糖转运蛋白来证明葡萄糖梯度的出现。我们进一步量化了菌落内生长速率的表达空间模式和葡萄糖可利用性调控的其他基因的表达。除此之外，我们显示出氨基酸的梯度也在菌落内形成，潜在地打开了类似的方法来研究许多其他营养物和代谢废物的梯度的时空形成。该方法将来可用于在与生态学和进化有关的单细胞分辨率和时标下，破译其他相同物种或更复杂的多物种系统中的远程代谢相互作用，细胞发育和形态发生之间的相互作用。
[背景 ] ...
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| Histone Deubiquitination Assay in Nicotiana benthamiana
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Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract] Histone modifications are a group of post-translational modifications on histones which can alter chromatin structure and affect gene expression. Histone ubiquitination is a histone modification found in particular on histone H2A and H2B. Histone ubiquitination can be reversed by ubiquitin-specific proteases (UBP). Here, we describe an in vivo assay for histone deubiquitination activity. After infiltrating UBP12 into Nicotiana benthamiana leaves, H2Aub was visualized by immunocytochemistry. Nicotiana benthamiana leaves, which show high agro infiltration efficiency, ...
[摘要] 组蛋白修饰是一组组蛋白翻译后修饰，可以改变染色质结构并影响基因表达。组蛋白泛素化是组蛋白H2A和H2B特异性发现的组蛋白修饰。泛素特异性蛋白酶（UBP）可以逆转组蛋白泛素化。在这里，我们描述了组蛋白去泛素化活性的体内试验。在将UBP12渗入烟草叶片中后，通过免疫细胞化学观察H2Aub。表现出高的农业渗透效率的本氏烟草叶用于瞬时UBP12表达，用于节省劳力和时间的方案。 H2Aub水平降低表明UBP12的组蛋白去泛素化活性。 N的核的清晰可视化。本生叶使得该方法能够通过使用特异性抗体容易地测量体内组蛋白修饰的水平，从而提供强大的蛋白质功能线索。因此，该协议是组蛋白去泛素化活性的体外试验的有力补充。
【背景】组蛋白修饰在调节染色质结构和基因表达中发挥重要作用。 研究最深入的组蛋白修饰包括甲基化，乙酰化，磷酸化，泛素化和sumoylation。 然而，引入或去除特定组蛋白修饰的酶并不总是已知的。 强大的体外试验可以确定组蛋白修饰酶的催化潜能，但是体内试验方法对于确认体外试验的特异性反映抗体的特异性是必要的。 体内活动。 在这里，我们描述了一个灵活的协议来测试植物组织中组蛋白修饰酶的活性。本塞姆氏。 尽管我们使用该方案来测试遍在蛋白特异性蛋白酶（UBP）对泛素化H2A的活性，但它也可以容易地用于其他特异性抗体可用的组蛋白修饰。
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