| Selective Isolation of Retroviruses from Extracellular Vesicles by Intact Virion Immunoprecipitation
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] There exists a wide variety of techniques to isolate and purify viral particles from cell culture supernatants. However, these techniques vary greatly in ease of use, purity, yield and impact on viral structural integrity. Most importantly, it is becoming evident that secreted extracellular vesicles (EVs) co-purify with retroviruses using nearly all purification methods due to nearly indistinguishable biophysical characteristics such as size, buoyant density and nucleic acid content. Recently, our group has illustrated a means of isolating intact and highly enriched retroviral virions from ...
[摘要] 存在多种从细胞培养上清液中分离和纯化病毒颗粒的技术。然而，这些技术在易用性，纯度，产量和对病毒结构完整性的影响方面差异很大。最重要的是，由于几乎无法区分的生物物理特征，例如大小，浮力密度和核酸含量，使用几乎所有纯化方法分泌的细胞外囊泡（EV）与逆转录病毒共同纯化变得明显。最近，我们小组已经阐明了一种利用针对Moloney鼠白血病病毒的病毒包膜糖蛋白的免疫沉淀方法从含有EV的细胞上清液中分离完整和高度富集的逆转录病毒病毒颗粒的方法（Renner et al。， 2018）。这种技术，我们称之为完整的病毒粒子免疫沉淀（IVIP），使我们能够表征这些逆转录病毒表面上表位的可及性，并评估病毒包膜中病毒编码的整合膜蛋白Glycogag（gPr80）的方向。该方案的正确实施使得能够快速，简单且可重复地制备完整且高度纯化的逆转录病毒颗粒，其没有可检测的EV污染物。
【背景】广泛使用的分离逆转录病毒的方法，如人类免疫缺陷病毒（HIV）和小鼠白血病病毒（MLV），包括沉淀，色谱，超滤，超速离心，以及各种其他粒子分离方法（评论在Nestola et al。，2015）。虽然每种技术都有其特定的优点，缺点和局限性，但所有方法的共同关注点是细胞分泌的细胞外囊泡（EV）的共同纯化。
EV构成由所有细胞类型分泌的膜衍生囊泡的异质群体（Yanez-Mo ...
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| Extraction and 16S rRNA Sequence Analysis of Microbiomes Associated with Rice Roots
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Plant roots associate with a wide diversity of bacteria and archaea across the root-soil spectrum. The rhizosphere microbiota, the communities of microbes in the soil adjacent to the root, can contain up to 10 billion bacterial cells per gram of soil (Raynaud and Nunan, 2014) and can play important roles for the fitness of the host plant. Subsets of the rhizospheric microbiota can colonize the root surface (rhizoplane) and the root interior (endosphere), forming an intimate relationship with the host plant. Compositional analysis of these communities is important to develop tools in order to ...
[摘要] 植物根系与根 - 土壤谱中的各种细菌和古细菌相关联。根际微生物群落，即与根系相邻的土壤中的微生物群落，每克土壤可含有高达100亿个细菌细胞（Raynaud和Nunan，2014），并且可以在宿主植物的适应性方面发挥重要作用。根际微生物群的亚群可以在根表面（根毛菌）和根内部（内生孢子）定居，与寄主植物形成密切关系。这些群落的成分分析对于开发工具以操纵根系相关微生物群以提高作物生产力非常重要。由于降低了成本并提高了下一代测序的通量，因此主要通过使用16S rRNA基因的扩增子测序来最终破解这些群落的主要进展。在这里，我们首先提出一个协议，用于解剖来自各种根室的微生物群，这些根室是以水稻为模型开发的。接下来我们介绍一种使用双指数方法扩增16S rRNA基因片段的方法。最后，我们提供了一个简单的工作流程来分析生成的测序数据以进行生态推理。
【背景】各种植物根生态位寄主于源自土壤的不同微生物群落（微生物群落）（Bulgarelli et al。，2012; Lundberg等人，2012; Edwards等人。2015年; Zarraonaindia等人，2015年; Wagner等人，2016年）。由每个根生态位获得的不同微生物群可能具有不同的代谢潜力，因此可能以不同方式影响宿主植物的健康（Finkel等人，2017）。可以通过使用16S ...
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| In vitro Analysis of Ubiquitin-like Protein Modification in Archaea
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Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] The ubiquitin-like (Ubl) protein is widely distributed in Archaea and involved in many cellular pathways. A well-established method to reconstitute archaeal Ubl protein conjugation in vitro is important to better understand the process of archaeal Ubl protein modification. This protocol describes the in vitro reconstitution of Ubl protein modification and following analysis of this modification in Haloferax volcanii, a halophilic archaeon serving as the model organism.
[摘要] 泛素样（Ubl）蛋白广泛分布于古细菌中并参与许多细胞途径。 为了更好地理解古细菌Ub1蛋白质修饰的过程，重建体外古细菌Ubl蛋白质缀合物的完善方法是很重要的。 该协议描述了Ubl蛋白质修饰的体外重建以及在作为模型生物的嗜盐古细菌Haloferax volcanii 中对这种修饰进行分析。
【背景】泛素（Ub）与靶蛋白共价连接的过程被称为泛素化，其控制真核细胞中大量的细胞过程（Glickman和Ciechanover，2002; Komander和Rape，2012）。遍在蛋白化由一系列酶（包括Ub激活酶（E1），Ub结合酶（E2s）和Ub连接酶（E3s））催化。泛素化的体外重建是确定酶之间或E3与蛋白质底物之间特异性的有用测定法（Zhao等人，2012）。在古细菌中，Ubl蛋白SAMP采用Ub折叠，并且与E1样酶UbaA催化的蛋白靶标异肽连接[Maupin-Furlow，（2014）综述]。尽管E1同系物在古细菌中广泛存在，但基于一级序列比较，在大多数古细菌中未预测经典E2或E3酶。我们最近对Haloferax volcanii的研究表明甲硫氨酸亚砜还原酶A（MsrA）是Ubl蛋白质修饰（sampylation）与UbaA一起在体内温和的氧化条件下和< （体外）（fu="">
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