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Wet blot tank system

公司名称: Hoefer
产品编号: TE22
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Plant ARGONAUTE Protein Immunopurification for Pathogen Cross Kingdom Small RNA Analysis
Author:
Date:
2021-02-05
[Abstract]  

Over the last decade, it has been noticed that microbial pathogens and pests deliver small RNA (sRNA) effectors into their host plants to manipulate plant physiology and immunity for infection, known as cross kingdom RNA interference. In this process, fungal and oomycete parasite sRNAs hijack the plant ARGONAUTE (AGO)/RNA-induced silencing complex to post-transcriptionally silence host target genes. We hereby describe the methodological details of how we recovered cross kingdom sRNA effectors of the oomycete pathogen Hyaloperonospora arabidopsidis during infection of its host plant

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[摘要]  [摘要]在过去的十年中,已经注意到,微生物病原体和害虫将小RNA(sRNA)效应子传递到宿主植物中,以操纵植物生理学和免疫力,称为跨界RNA干扰。在此过程中,真菌和卵菌寄生虫sRNA劫持了植物ARGONAUTE(AGO)/ RNA诱导的沉默复合体,以转录后沉默宿主靶基因。我们在此描述方法学的细节,我们如何在宿主植物拟南芥感染期间恢复卵菌病原体拟南芥的跨界sRNA效应子。该生物协议包含两个部分:第一,关于植物AGO / sRNA co- 免疫纯化和sRNA回收,用于Illumina高通量测序分析。其次,我们解释了如何进行生物信息学小号斯尔纳序列分析读取可使用Galaxy服务器。原则上,该协议适用于研究来自多种宿主植物和植物相互作用(微生物)的AGO结合的sRNA。


[背景]小RNA(sRNA)可以充当病原体效应物,劫持植物ARGONAUTE(AGO)/ RNA诱导的沉默复合物(RISC),并使宿主mRNA沉默以进行感染,这种病毒被称为跨界RNA干扰的毒力机制(Weiberg等。,2015; Zeng等,2019)。分析感染期间与植物AGO结合的sRNA的库是一种选择方法,以全面了解可能通过宿主AGO / RISC起作用的植物入侵性病原体sRNA。基于抗体的植物AGO / ...

Biochemical Analysis of Dimethyl Suberimidate-crosslinked Yeast Nucleosomes
Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract]  Nucleosomes are the fundamental unit of eukaryotic chromosome packaging, comprised of 147 bp of DNA wrapped around two molecules of each of the core histone proteins H2A, H2B, H3, and H4. Nucleosomes are symmetrical, with one axis of symmetry centered on the homodimeric interaction between the C-termini of the H3 molecules. To explore the functional consequences of nucleosome symmetry, we designed an obligate pair of H3 heterodimers, termed H3X and H3Y, allowing us to compare cells with single or double H3 alterations. Our biochemical validation of the heterodimeric X-Y interaction included ... [摘要]  核小体是真核染色体包装的基本单元,由围绕核心组蛋白H2A,H2B,H3和H4中的每一个的两个分子包裹的147bp DNA组成。 核小体是对称的,一个对称轴以H3分子的C-末端之间的同源二聚体相互作用为中心。 为了探索核小体对称性的功能性后果,我们设计了一对特异性H3异二聚体,称为H3X和H3Y,使我们能够比较具有单一或双重H3改变的细胞。 我们对异二聚体X-Y相互作用的生物化学验证包括使用二甲基琥珀三酸酯(DMS)进行的核内H3交联。 在这里,我们提供了使用DMS来分析酵母核小体的详细方案。

【背景】组蛋白的翻译后修饰影响染色体生物学的各个方面,包括转录,复制,修复和重组。因为核小体包含每个核心组蛋白的两个拷贝,所以修饰可以是对称的(在两个H3尾部上的相同修饰,例如,在核小体内的两个H3尾部上的K27me(Voigt等人

对于单个核小体内H3X-H3Y相互作用的生化验证,我们生成了表达细菌生物素连接酶BirA,N-末端V5-标记的H3X和N-末端生物素接受表位标记的H3Y的酵母菌株(Beckett等人, 1999)。 ...

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