| Determination of Storage (Starch/Glycogen) and Total Saccharides Content in Algae and Cyanobacteria by a Phenol-Sulfuric Acid Method
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] This is a protocol for quantitative determination of storage and total carbohydrates in algae and cyanobacteria. The protocol is simple, fast and sensitive and it requires only few standard chemicals. Great advantage of this protocol is that both storage and total saccharides can be determined in the cellular pellets that were already used for chlorophyll and carotenoids quantification. Since it is recommended to perform the pigments measurement in triplicates, each pigment analysis can generate samples for both total saccharide and glycogen/starch content quantification.
The ...
[摘要] 这是用于定量测定藻类和蓝细菌中的储存和总碳水化合物的方案。该协议简单，快速，灵敏，只需要很少的标准化学品。该方案的最大优点是可以在已经用于叶绿素和类胡萝卜素定量的细胞沉淀中测定储存和总糖。由于建议一式三份进行颜料测量，因此每种颜料分析都可以生成总糖和糖原/淀粉含量定量的样品。
该方案用于量化蓝细菌 Synechocystis sp中的储存和总碳水化合物。 PCC 6803， Cyanothece sp。 ATCC 51142和 Cyanobacterium sp。 IPPAS B-1200。它还被用于估算 Galdieria （IPPAS P-500，IPPAS P-507，IPPAS P-508，IPPAS P-513）， Cyanidium caldarium IPPAS中的储存多糖P-510，绿藻小球藻 sp。 IPPAS C-1和C-1210， Parachlorella kessleri IPPAS C-9， Nannochloris sp。 C-1509， Coelastrella sp。 IPPAS H-626， Haematococcus sp。 IPPAS H-629和H-239，以及 Eustigmatos sp。 IPPAS H-242和IPPAS C-70。
【背景】碳水化合物在藻类和蓝细菌的代谢中起着许多作用。正如Raven和Beardall（Raven和Beardall，2003）所总结的那样，碳水化合物代表碳还原/氧化途径（光合作用和光呼吸）中间体的主要汇集，它们提供生长所需的骨架（例如，for氨基酸或细胞壁生物合成），它们代表ATP和还原当量的来源（通过呼吸途径），它们作为相容的溶质，它们对维持细胞膨胀是必不可少的（通过确保细胞壁的刚性结构）并且它们可以清除自由基。储存多糖（其中藻类和蓝藻中的主要形式是淀粉和糖原）作为能量和碳源，缓冲碳水化合物生产和消费率之间的不成比例，并允许活跃的新陈代谢（例如，固氮）在黑暗时期。 ...
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| Quantification of Hydrogen Sulfide and Cysteine Excreted by Bacterial Cells
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Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] Bacteria release cysteine to moderate the size of their intracellular pools. They can also evolve hydrogen sulfide, either through dissimilatory reduction of oxidized forms of sulfur or through the deliberate or inadvertent degradation of intracellular cysteine. These processes can have important consequences upon microbial communities, because excreted cysteine autoxidizes to generate hydrogen peroxide, and hydrogen sulfide is a potentially toxic species that can block aerobic respiration by inhibiting cytochrome oxidases. Lead acetate strips can be used to obtain semiquantitative data of ...
[摘要] 细菌释放半胱氨酸以调节细胞内池的大小。它们也可以通过硫的氧化形式的异化还原或通过细胞内半胱氨酸的故意或无意降解来释放硫化氢。这些过程会对微生物群落产生重要影响，因为排泄的半胱氨酸会自动氧化生成过氧化氢，而硫化氢是一种潜在的毒性物种，可通过抑制细胞色素氧化酶来阻断有氧呼吸。醋酸铅条可用于获得硫化物演化的半定量数据（Oguri et al。，2012）。在这里，我们描述的方法，允许更多的定量和歧视措施半胱氨酸和硫化氢释放细菌细胞。提供了一个说明性实例，其中当暴露于外源性胱氨酸时，大肠杆菌迅速产生半胱氨酸和硫化物（Chonoles Imlay等人，2015; Korshunov等人， ，2016）。
【背景】微生物通过几种途径产生了减少的硫物质。硫酸盐还原菌利用还原过程作为能量生成的组成部分。其他细菌释放硫化物，作为硫物质（包括半胱氨酸）的蓄意或偶然降解的副产物。我们观察到半胱氨酸本身是在细胞内水平异常高时排泄的，这种情况可能通过不受控制的氨基酸输入或半胱氨酸合成失调发生。这些硫物质具有非同寻常的反应性，因为它们以高亲和力与金属结合，也是与分子氧发生化学反应的少数生物分子之一。结果是减少的硫化合物可以对细胞产生重要影响。因此，跟踪各种情况下含硫化合物的动态变化是非常重要的。
硫醇试剂 - 特别是5,5-二硫代双（2-硝基苯甲酸）（DTNB） ...
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| Detection and Analysis of Circular RNAs by RT-PCR
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Gene expression in eukaryotic cells is tightly regulated at the transcriptional and posttranscriptional levels. Posttranscriptional processes, including pre-mRNA splicing, mRNA export, mRNA turnover, and mRNA translation, are controlled by RNA-binding proteins (RBPs) and noncoding (nc)RNAs. The vast family of ncRNAs comprises diverse regulatory RNAs, such as microRNAs and long noncoding (lnc)RNAs, but also the poorly explored class of circular (circ)RNAs. Although first discovered more than three decades ago by electron microscopy, only the advent of high-throughput RNA-sequencing (RNA-seq) ...
[摘要] 真核细胞中的基因表达在转录和转录后水平受到严格调控。 mRNA转录，mRNA转录和mRNA翻译等后转录过程由RNA结合蛋白（RBPs）和非编码（nc）RNAs控制。大量的ncRNA家族包含多种调控RNA，如microRNAs和长的非编码（lnc）RNAs，但也是探索不足的一类环状RNAs。虽然三十多年前电子显微镜首次发现，但只有高通量RNA测序（RNA-seq）的出现和创新生物信息学管道的开发已经开始允许系统鉴定circRNA（Szabo和Salzman，2016;熊猫，2017b;熊猫等，2017c）。然而，通过RNA测序鉴定的真正的circRNA的验证需要其他分子生物学技术，包括常规或定量（q）聚合酶链反应（PCR）和Northern印迹分析（Jeck和Sharpless，2014）的逆转录（RT）。使用不同引物的环状RNA的RT-qPCR分析已被广泛用于检测，验证和有时定量circRNA（Abdelmohsen等人，2015和2017; Panda等人， ，2017b）。如在此详述的，设计为跨越循环RNA后接连接序列的分歧引物可以特异性扩增circRNA而不是对应的线性RNA。总之，使用不同引物的RT-PCR分析允许直接检测和定量circRNA。
【背景】CircRNAs是共价闭合的，缺少5'或3'末端的单链RNA。虽然它们的起源知之甚少，但它们可以通过称为反向剪接的过程从前体mRNA产生（Panda等人，2017d; ...
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