| Simple Time-lapse Imaging for Quantifying the Hydrostatic Production of Oxygenic Photogranules
|
|
Author:
Date:
2020-10-05
[Abstract] Oxygenic photogranules (OPGs) are dense, three-dimensional aggregates containing a syntrophic, light-driven microbial community. Their temporal and spatial development interests microbial ecologists working at the bioprocess engineering interface, as this knowledge can be used to optimize biotechnological applications, such as wastewater treatment and biomass valorization. The method presented here enables the high-throughput quantification of photogranulation. OPGs are produced from a loose sludge-like microbial matrix in hydrostatic batch cultures exposed to light. This matrix transforms ...
[摘要] [摘要]氧气颗粒（OPG）是致密的三维聚集体，包含一个光合的营养菌，由微生物驱动。他们的时间和空间发展引起了微生物生态学家在生物过程工程界面上的兴趣，因为这些知识可用于优化生物技术应用，例如废水处理和生物质平衡。此处介绍的方法可实现光颗粒化的高通量定量。OPGs是从松散污泥状微生物矩阵产生水电静态分批培养暴露于光下。随着时间的推移，此矩阵将转换为合并的大致球形的聚合体。光粒化通过延时成像与自动图像分析相结合进行量化。这允许以全自动方式同时研究许多OPG的开发，以系统地测试哪些因素驱动了光颗粒化。该协议还可用于量化其他类型的（a）生物聚集。
[背景] OPG是致密的，大致球形的聚集体，直径为几毫米，包含异养和光养微生物的共生群落（Milferstedt等人，2017）。微生物生态学家研究光粒化以了解哪些因素驱动了三维（3D）结构的形成。这种知识可以被施加到转向生态系统功能向期望的功能，用于生物技术工艺，例如作为污水处理和生产增值产品（Abouhend等人，2018;基哈诺等人，2017） 。OPG可以由类似污泥的微生物基质生产，即废水处理厂曝气池中的活性污泥（Milferstedt等人，2017； Park and ...
|
|
|
| Reduced Representation Bisulfite Sequencing in Maize
|
|
Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] DNA methylation is an epigenetic modification that regulates plant development (Law and Jacobsen, 2010). Whole genome bisulfite sequencing (WGBS) is a state-of-the-art method for profiling genome-wide methylation patterns with single-base resolution (Cokus et al., 2008). However, for an organism with a large genome, e.g., the 2.1 Gb genome of maize, WGBS may be very expensive. Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) has been developed in mammalian studies (Smith et al., 2009). By digesting the genome with MspI with a size selection range of ...
[摘要] DNA甲基化是调节植物发育的表观遗传修饰（Law and Jacobsen，2010）。全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）是用单碱基分辨率分析全基因组甲基化模式的最先进的方法（Cokus et al。，2008）。然而，对于具有大基因组的生物体，例如玉米的2.1Gb基因组，WGBS可能非常昂贵。代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）已经在哺乳动物研究中发展（Smith等人，2009）。通过用大小选择范围大约40-220bp的 Msp 消化基因组，可以对仅涵盖〜1％人类基因组的CG富含区域进行特异性测序。然而，与哺乳动物基因组不同，植物基因组不显示清楚的CpG岛。因此原来的RRBS协议不适用于工厂。因此，我们开发了一种计算机管道来选择特定的酶以生成感兴趣区域（ROI） - 富集的，例如，富含启动子的，减少的植物表达基因组（例如， Hsu et al。，2017）。通过用MseI消化玉米基因组并选择40-300bp片段，我们测序了大约四分之一的玉米基因组，同时保留了84.3％的启动子信息。该协议已在玉米中成功建立，可广泛应用于任何基因组。我们的计算机管道系统与RRBS文库制备方案相结合，允许进行计算分析和实验验证。
【背景】DNA甲基化是一种可遗传的表观遗传修饰，通过调节基因表达和染色质结构在动物，植物和真菌的许多发育过程中发挥重要作用（Law and ...
|
|
|