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公司名称: Gnomegen
产品编号: R02424S
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A Modified Low-quantity RNA-Seq Method for Microbial Community and Diversity Analysis Using Small Subunit Ribosomal RNA
Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract]  We propose a modified RNA-Seq method for small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA)-based microbial community analysis that depends on the direct ligation of a 5’ adaptor to RNA before reverse-transcription. The method requires only a low-input quantity of RNA (10-100 ng) and does not require a DNA removal step. Using this method, we could obtain more 16S rRNA sequences of the same regions (variable regions V1-V2) without the interference of DNA in order to analyze OTU (operational taxonomic unit)-based microbial communities and diversity. The generated SSU rRNA sequences are also suitable for ... [摘要]  我们提出了一种用于小亚基核糖体RNA(SSU rRNA)的微生物群落分析的经修改的RNA-Seq方法,其依赖于在逆转录之前将5'衔接子直接连接至RNA。 该方法仅需要低输入量的RNA(10-100ng),并且不需要DNA去除步骤。 使用这种方法,我们可以在不受DNA干扰的情况下获得相同区域(可变区V1-V2)的更多16S rRNA序列,以便分析OTU(经营分类单元)的微生物群落和多样性。 所产生的SSU rRNA序列也适用于通常用于细菌16S rRNA基因扩增的细菌通用引物8F(大肠杆菌8至27位)的覆盖度评估。 修改的RNA-Seq方法将有助于确定各种环境样品的潜在活性微生物群落结构和多样性,并且还可用于鉴定新型微生物类群。

【背景】核糖体RNA(rRNA)占总微生物RNA的90%以上,适合微生物群落分析作为合成蛋白质的微生物生理活性指标(Blazewicz et。,2013年)。微生物群落转录物(包括rRNA和mRNA)在特定环境(双RNA转录组学)中的研究在提供微生物功能和分类信息方面具有优势(Urich等人,2008年)未能进行基于OTU的社区比较。尽管当分析凝胶提取的SSU rRNA时,可以使用16S rRNA序列的V3区来计算和比较多样性指数,但是发现仅有三分之一的所得16S ...

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