| Assessment of Caenorhabditis elegans Competitive Fitness in the Presence of a Bacterial Parasite
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Accurate measurements of an organism’s fitness are crucial for measuring evolutionary change. Methods of fitness measurement are most accurate when incorporating an individual’s survival and fecundity, as well as accounting for any ecological interactions or environmental effects experienced by the organism. Here, we describe a protocol for measuring the relative mean fitness of Caenorhabditis elegans populations, or strains, through an assay that accounts for individual survival, fecundity, and intraspecific competitive ability in the presence of a bacterial parasite. In this ...
[摘要] 准确测量生物体的适应度对于衡量进化变化至关重要。当结合个体的生存和繁殖力以及考虑生物体所经历的任何生态相互作用或环境影响时，适合度测量的方法是最准确的。在这里，我们描述了一种用于测量秀丽隐杆线虫种群或菌株的相对平均适合度的方案，该方案通过在细菌寄生虫存在下计算个体存活率，繁殖力和种内竞争能力的测定。在这种竞争性适应性测定中，来自焦点种群或菌株的线虫与GFP标记的测试菌株以相等比例混合，然后将线虫的混合物暴露于寄生虫，并且通过测量来确定焦点菌株的相对竞争适合度。一代后，焦点线虫与GFP标记的线虫的比例发生变化。具体地，可以实施该协议以通过确定进化线虫与祖先线虫群体的相对竞争适合度来测量实验进化后线虫宿主适应度的变化。
【背景】 准确测量适应度和适应度随时间的变化对于确定群体对自然选择的反应至关重要。尽管如此，健康是众所周知难以衡量的，因为它包含了个人的生存，繁殖力，繁殖时间，并且必须考虑到对个体的生态和环境影响。尽管在所有可能的条件下没有用于测量适合度的协议是最佳的，但是考虑到生存和繁殖力的适应度的测量，同时保持生态和环境影响不变，可能提供对给定场景的适合性的可靠总体估计。在这里，我们描述了一个用于测量 C之间相对适应度差异的协议。线虫种群或菌株，用于确定细菌寄生虫存在时进化时间内相对适合度的变化。我们利用革兰氏阴性细菌粘质沙雷氏菌作为 ...
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| Extraction and 16S rRNA Sequence Analysis of Microbiomes Associated with Rice Roots
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Plant roots associate with a wide diversity of bacteria and archaea across the root-soil spectrum. The rhizosphere microbiota, the communities of microbes in the soil adjacent to the root, can contain up to 10 billion bacterial cells per gram of soil (Raynaud and Nunan, 2014) and can play important roles for the fitness of the host plant. Subsets of the rhizospheric microbiota can colonize the root surface (rhizoplane) and the root interior (endosphere), forming an intimate relationship with the host plant. Compositional analysis of these communities is important to develop tools in order to ...
[摘要] 植物根系与根 - 土壤谱中的各种细菌和古细菌相关联。根际微生物群落，即与根系相邻的土壤中的微生物群落，每克土壤可含有高达100亿个细菌细胞（Raynaud和Nunan，2014），并且可以在宿主植物的适应性方面发挥重要作用。根际微生物群的亚群可以在根表面（根毛菌）和根内部（内生孢子）定居，与寄主植物形成密切关系。这些群落的成分分析对于开发工具以操纵根系相关微生物群以提高作物生产力非常重要。由于降低了成本并提高了下一代测序的通量，因此主要通过使用16S rRNA基因的扩增子测序来最终破解这些群落的主要进展。在这里，我们首先提出一个协议，用于解剖来自各种根室的微生物群，这些根室是以水稻为模型开发的。接下来我们介绍一种使用双指数方法扩增16S rRNA基因片段的方法。最后，我们提供了一个简单的工作流程来分析生成的测序数据以进行生态推理。
【背景】各种植物根生态位寄主于源自土壤的不同微生物群落（微生物群落）（Bulgarelli et al。，2012; Lundberg等人，2012; Edwards等人。2015年; Zarraonaindia等人，2015年; Wagner等人，2016年）。由每个根生态位获得的不同微生物群可能具有不同的代谢潜力，因此可能以不同方式影响宿主植物的健康（Finkel等人，2017）。可以通过使用16S ...
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