| Dual Fluorescence Reporter Based Analytical Flow Cytometry for miRNA Induced Regulation in Mammalian Cells
|
|
Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] MicroRNA-induced gene regulation is a growing field in basic and translational research. Examining this regulation directly in cells is necessary to validate high-throughput data originated from RNA sequencing technologies. For this several studies employ luciferase-based reporters that usually measure the whole cell population, which comes with low resolution for the complexity of the miRNA-induced regulation. Here, we provide a protocol using a dual-fluorescence reporter and flow cytometry reaching single cell resolution; the protocol contains a simplified workflow that includes: vector ...
[摘要] MicroRNA诱导的基因调控是基础和转化研究中不断增长的领域。 直接在细胞中检查该调节对于验证源自RNA测序技术的高通量数据是必要的。 对于这一研究，一些研究采用基于荧光素酶的报告基因，通常测量全细胞群，其具有低分辨率的miRNA诱导调节的复杂性。 在这里，我们提供使用双荧光报告基因和流式细胞仪达到单细胞分辨率的方案; 该协议包含一个简化的工作流程，包括：使用R环境进行矢量生成，数据采集，处理和分析。 我们的协议可实现miRNA诱导的转录后基因调控的高分辨率测量，并结合系统生物学，可用于估计miRNA的熟练程度。
【背景】MicroRNAs（miRNA）是高度保守的小型非蛋白质编码RNA（21-22nt），可调节转录后基因表达并调节基因生物学过程，如发育和细胞稳态（Lagos-Quintana et al。，2001; Fabian et al。，2010; Bartel，2018），包括miRNA表达与肿瘤进展和侵袭性相关的几种病理（Lu et al。， 2005; Di Leva和Croce，2013; Krishnan et al。，2015; Bertoli et ...
|
|
|
| Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
|
|
Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments ...
[摘要] 染色体构象捕获测序（Hi-C）是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加（3C）（Dekker et al。，2002）。 3C的基本工作流程包括（i）通常用甲醛固定完整的染色质，（ii）用限制酶切割固定的染色质，（iii）在稀释条件下重新连接粘性末端，以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和（iv）量化基因组基因座对之间的连接事件的数量（de Wit和de Laat，2012）。在最初的3C方案中，通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点（“一对一”）的选定连接接头来测量连接频率（Dekker et al。，2002 ）。然后，染色体构象捕获芯片（4C）和染色体构象捕获碳复制（5C）技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C（Lieberman-Aiden et al。，2009）最终将3C与下一代测序相结合（Metzker，2010）。此处，在再连接之前，用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序，并将得到的读数映射到参考基因组，允许以“多对多”方式确定接触概率，其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理（Lieberman-Aiden et ...
|
|
|
| Assessment of Uptake and Biodistribution of Radiolabeled Cholesterol in Mice Using Gavaged Recombinant Triglyceride-rich Lipoprotein Particles (rTRL)
|
|
Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] The here described method can be used to estimate the uptake of orally provided cholesterol in mice. Briefly, mice are gavaged with radiolabeled cholesterol and 4 h later, organ distribution of the radiolabel is determined by liquid scintillation counting. The method has been applied successfully to determine dietary cholesterol handling of mice housed at different ambient temperatures
[摘要] 这里描述的方法可用于估计小鼠口服提供的胆固醇的摄取。 简而言之，用放射性标记的胆固醇强饲小鼠，4小时后，通过液体闪烁计数测定放射性标记的器官分布。 该方法已成功应用于确定在不同环境温度下饲养的小鼠的膳食胆固醇处理
【背景】胆固醇促进膜的流动性，并且是类固醇激素，胆汁酸和维生素D的前体。动物通过饮食或通过 de novo 合成提供胆固醇。胆固醇的过剩可能是有害的，因为它在血管壁中的积累可导致动脉粥样硬化。已经表明，通过冷处理棕色脂肪组织（BAT）可以降低高胆固醇血症（Berbee 等，，2015）。然而，尚不清楚最佳可行技术活动是否会改变急性外周膳食胆固醇处理。为了解决这个问题，我们口服给予小鼠富含重组富含甘油三酯的脂蛋白颗粒（rTRL），用[4- 14 C] - 胆固醇标记，并在管饲后4小时测量放射性标记的器官分布。之前已经测量了放射性标记的胆固醇体内的生物分布（Szigeti 等，，1972; Townsend et al。，2001）。然而，在这些研究中，放射性胆固醇由饮食提供或静脉注射。此外，其他研究评估了较长时间内（48和72小时）的胆固醇吸收率（Zilversmit和Hughes，1974; Turley et ...
|
|
|