| Analyzing the Quenchable Iron Pool in Murine Macrophages by Flow Cytometry
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Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract] Tissue-resident macrophages are pivotal for a tightly-regulated iron metabolism at a cellular and systemic level, since subtle iron alterations increase the susceptibility for microbial infections or drive multiple diseases. However, research on cellular iron homeostasis in macrophages remains challenging due to the limited amount of available methods using radioactive 59Fe isotopes or strong iron chelators, which might be inapplicable in certain experimental settings. This protocol describes the analysis of the quenchable iron pool (QIP) in macrophages by loading these cells with ...
[摘要] [摘要 ] 驻留在组织中的巨噬细胞对于在细胞和全身水平上严格调节铁代谢至关重要，因为细微的铁改变会增加对微生物感染的敏感性或引发多种疾病。然而，由于使用放射性59 Fe同位素或强铁螯合剂的可用方法数量有限，因此巨噬细胞中细胞铁稳态的研究仍然具有挑战性，这在某些实验环境中可能不适用。该协议 描述了通过向这些细胞加载外源铁配合物来分析巨噬细胞中的可淬灭铁池（QIP）。因此，由于巨噬细胞的铁摄取能力与细胞内铁水平成反比，因此可以确定细胞质的铁库。因此，该测定法能够准确分析细胞质铁通量的微小变化，并且几乎适用于所有实验室环境。另外，该方案还可以用于体外和体内的其他免疫细胞类型。
[背景 ] 由于用于全身铁代谢它们的中心调节功能，在多种组织中的巨噬细胞中迅速地改变在不同的刺激的遭遇它们的细胞内的铁水平的微生物感染和疾病（Nairz 等人，2017） 。值得注意的是，大多数细胞中的铁离子被细胞质中的主要铁存储蛋白铁蛋白结合或定位于线粒体或溶酶体等区室（Ma 等，2015 ; Soares和Hamza，2016 ...
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| Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments ...
[摘要] 染色体构象捕获测序（Hi-C）是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加（3C）（Dekker et al。，2002）。 3C的基本工作流程包括（i）通常用甲醛固定完整的染色质，（ii）用限制酶切割固定的染色质，（iii）在稀释条件下重新连接粘性末端，以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和（iv）量化基因组基因座对之间的连接事件的数量（de Wit和de Laat，2012）。在最初的3C方案中，通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点（“一对一”）的选定连接接头来测量连接频率（Dekker et al。，2002 ）。然后，染色体构象捕获芯片（4C）和染色体构象捕获碳复制（5C）技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C（Lieberman-Aiden et al。，2009）最终将3C与下一代测序相结合（Metzker，2010）。此处，在再连接之前，用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序，并将得到的读数映射到参考基因组，允许以“多对多”方式确定接触概率，其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理（Lieberman-Aiden et ...
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