| A SsrA/NIa-based Strategy for Post-Translational Regulation of Protein Levels in Gram-negative Bacteria
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Author:
Date:
2020-07-20
[Abstract] Strategies to control the levels of key enzymes of bacterial metabolism are commonly based on the manipulation of gene of interest within the target pathway. The development of new protocols towards the manipulation of biochemical processes is still a major challenge in the field of metabolic engineering. On this background, the FENIX (functional engineering of SsrA/NIa-based flux control) system allows for the post-translational regulation of protein levels, providing both independent control of the steady-state protein amounts and inducible accumulation of target proteins. This ...
[摘要] [摘要 ] 控制细菌代谢关键酶水平的策略通常基于目标途径内目标基因的操纵。朝着生化过程的操纵发展新协议仍然是代谢工程领域的主要挑战。在此背景下，FENIX（基于SsrA / NIa的流量控制功能工程）系统可进行蛋白质水平的翻译后调节，既提供对稳态蛋白质量的独立控制，又可诱导焦油获得蛋白质的积累。这一战略ENABL 上课了代谢流和细菌细胞工厂控制的一个额外层（见图形抽象下文）。此处详细介绍的协议描述了设计FENIX标签的蛋白质并使系统适应几乎所有代谢通量微调途径的步骤。
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图形概要
[背景 ] 控制蛋白质生产已成为已被一个具有挑战性的问题主要是解决由操纵它的生产的不同层次的调节，如所产生的DNA水平或蛋白质的（一个或多个）的量（吴等人，2016 ; Avcilar- Kucukgoze 等人，2017）。在DNA方面，已经在几种微生物中广泛研究了转录和翻译，从而能够设计和开发大量合成电路以改善生物生产过程（Guzmán 等，1995 ； Lutz 和Bujard ，1997）。相比之下，对蛋白质水平的研究较少，主要基于RNA干扰，核糖调节剂和特定的转录调节子（Isaacs ...
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| Liposome Flotation Assay for Studying Interactions Between Rubella Virus Particles and Lipid Membranes
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Rubella virus (RuV) is an enveloped, positive-sense single-stranded RNA virus that is pathogenic to humans. RuV binds to the target cell via the viral envelope protein E1, but the specific receptor molecules on the target cell are yet to be fully elucidated. Here, we describe a protocol for liposome flotation assay to study direct interactions between RuV particles and lipid membranes in a qualitative manner. Interactions are examined by a Nycodenz density gradient fractionation using UV-inactivated RuV particles and fluorescent-labeled liposomes consisting of pure lipids. Fractionated RuV ...
[摘要] 风疹病毒（RuV）是一种包膜的正义单链RNA病毒，对人类具有致病性。 RuV通过病毒包膜蛋白E1与靶细胞结合，但靶细胞上的特异性受体分子尚未完全阐明。在这里，我们描述了脂质体浮选测定的方案，以定性方式研究RuV颗粒和脂质膜之间的直接相互作用。使用UV-灭活的RuV颗粒和由纯脂质组成的荧光标记的脂质体通过Nycodenz密度梯度分级检查相互作用。使用标准十二烷基硫酸钠 - 聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）检测分级的RuV颗粒，然后对病毒蛋白进行Western印迹分析。在Nycodenz梯度上，与未结合的RuV颗粒相比，与脂质体结合的RuV颗粒转移至较低密度的部分。使用该方案，我们提供了令人信服的证据，即在中性pH下以钙依赖性方式，RuV颗粒与某些细胞类型中含有鞘磷脂（SM）和胆固醇的脂质膜结合。
【背景】 风疹病毒是“风疹”的致病因子，“风疹”是一种急性且相对轻微的全身性感染和“先天性风疹综合征”，一种导致严重出生缺陷的转胎胎儿感染（Hobman，2013）。阐明RuV进入的分子机制对于了解病毒病理学和帮助开发抗RuV药物是必不可少的。虽然以前的研究表明宿主细胞的膜脂质作为RuV受体（Mastromarino et al。，1989和1990; DuBois et ...
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| Phagocytosis Assay of Necroptotic Cells by Cardiac Myofibroblasts
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Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] In myocardial infarction (MI), a plenty of cardiomyocytes undergo necrosis and necroptosis due to the lack of oxygen and nutrients. The dead cardiomyocytes are promptly engulfed by phagocytes. When the dead cells are not engulfed, the noxious contents of the cells are released outside, and thus, induce inflammation, and obstruct the function of organs. Therefore, phagocytosis is crucial for maintaining homeostasis of organs. Herein, we describe a protocol of an in vitro phagocytosis assay of necroptotic cells.
[摘要] 在心肌梗死（MI）中，由于缺氧和营养，大量心肌细胞发生坏死和坏死。 死亡心肌细胞迅速吞噬吞噬细胞。 当死细胞不被吞没时，细胞的有害物质被释放到外部，从而引起炎症，并阻碍器官的功能。 因此，吞噬对维持器官的体内平衡至关重要。 在这里，我们描述了一种神经细胞的体外吞噬作用测定方案。
【背景】以前，认为坏死性坏死细胞和坏死核细胞只能通过心脏巨噬细胞在失败的心脏中消除。 然而，我们发现负责组织纤维化的心脏肌成纤维细胞在MI后吞噬死细胞（Nakaya等，2017）。 本文中，我们提供了一种细胞凋亡细胞的体外吞噬作用的详细方案，采用在caspase-3抑制剂Z-VAD-FMK中通过TNF-α刺激进行人脑坏死的L929细胞。
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