| Structural Analysis of Target Protein by Substituted Cysteine Accessibility Method
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] Substituted Cysteine Accessibility Method (SCAM) is a biochemical approach to investigate the water accessibility or the spatial distance of particular cysteine residues substituted in the target protein. Protein topology and structure can be annotated by labeling with methanethiosulfonate reagents that specifically react with the cysteine residues facing the hydrophilic environment, even within the transmembrane domain. Cysteine crosslinking experiments provide us with information about the distance between two cysteine residues. The combination of these methods enables us to obtain ...
[摘要] 取代半胱氨酸可及性方法（SCAM）是一种生物化学方法，用于研究目标蛋白中取代的特定半胱氨酸残基的水可及性或空间距离。蛋白质拓扑和结构可以通过用甲硫代磺酸盐试剂标记来注释，所述甲硫基磺酸盐试剂特异性地与面向亲水环境的半胱氨酸残基反应，甚至在跨膜结构域内。半胱氨酸交联实验为我们提供了关于两个半胱氨酸残基之间距离的信息。这些方法的组合使我们能够获得有关靶蛋白结构变化的信息。在这里，我们描述了使用SCAM进行结构分析的详细协议。
【背景】结构分析提供了关于靶蛋白功能的关键信息。 X射线晶体学和核磁共振已被用作生物学领域中的高分辨率蛋白质结构分析方法。然而，这些方法需要以非常高的浓度从膜中提取的纯化蛋白质用于膜蛋白的结构分析。取代半胱氨酸可及性方法（SCAM）是一种生化方法，用于分析目标蛋白中取代的特定半胱氨酸残基的水可及性和空间距离。使用特异性地与面向亲水环境的半胱氨酸残基反应的甲硫代磺酸盐（MTS）试剂，我们可以注释目标蛋白的拓扑结构和结构。由于标记试剂 N - 生物素氨基乙基甲硫基磺酸盐（MTSEA-生物素）对质膜是不可渗透的（Seal et ...
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| Isolation and Purification of Viruses Infecting Cyanobacteria Using a Liquid Bioassay Approach
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Author:
Date:
2018-01-20
[Abstract] The following protocol describes the isolation and purification of viruses infecting cyanobacteria using a liquid bioassay approach. Viruses infecting cyanobacteria are also known as cyanophages. This protocol was written specifically for the isolation of cyanophages infecting freshwater cyanobacteria particularly, cyanobacteria that cannot be cultured on solid media. The use of a clonal cyanobacterial culture is recommended for the isolation of viruses. Growth conditions (i.e., media, light cycle and temperature) should be modified based on the host of interest.
[摘要] 以下方案描述了使用液体生物测定方法分离和纯化感染蓝细菌的病毒。 感染蓝细菌的病毒也被称为噬藻体。 本协议是专门为分离感染淡水蓝藻的蓝藻，特别是不能在固体培养基上培养的蓝细菌而编写的。 推荐使用克隆蓝藻培养物来分离病毒。 生长条件（即，介质，光周期和温度）应根据感兴趣的主体进行修改。
【背景】蓝藻是海洋和淡水系统中重要的营养生物。作为其他的水生微生物，蓝藻受到病毒感染（Suttle，2000）。例如，在海洋沿海地区，感染聚球蓝细菌的病毒滴度。 （Suttle和Chan，1993; Waterbury和Valois，1993），可以达到10-5 ml-1，并且基于温度，盐度和宿主丰度而不同。尽管蓝细菌及其病毒（也称为“蓝藻”）具有生态重要性，但只有少数病毒已经从有限的蓝藻菌株中分离出来。因此，通过筛选新的蓝藻菌株来分离新病毒是非常有意义的。以下议定书对于海洋和淡水系统都是相关的，但下面的例子将重点讨论分离和纯化感染淡水蓝藻的病毒（Chénardet al。，2015）。液体生物测定方法优于使用固体基质的公开方案的优点是可以靶向无法耐受噬菌斑测定方法经常使用的较高温度或不能在固体培养基上生长的蓝细菌。
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| Preparation, Stimulation and Other Uses of Adult Rat Brain Synaptosomes
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Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] In this paper, our protocol for preparation of brain synaptosomes is described. Synaptosomes are a valuable model system for analysis of structural components of the synapse as well as for investigation of synaptic function. Synaptosomal preparations are necessary for understanding molecular changes at synapses where critical post-translational modifications of synaptic proteins may occur. Not only are synaptosomes rich in synaptic proteins, but they can be used for analyzing uptake of neurotransmitters into synaptic vesicles and for analysis of the involvement of neurotransmitter synthesis ...
[摘要] 在这篇论文中，我们描述了制备脑突触体的方案。突触体是用于分析突触的结构组分以及用于调查突触功能的有价值的模型系统。突触体制备对于理解可能发生突触蛋白的关键翻译后修饰的突触处的分子变化是必需的。突触小体不仅含有丰富的突触蛋白，还可用于分析神经递质向突触小泡的摄取和神经递质合成和释放的参与分析。可以用增加的钙内流刺激突触体释放神经递质。突触体制剂已被用于表征钙依赖性磷酸化和GABA合成酶GAD65（分子量为65kDa的L-谷氨酸脱羧酶）的活化。通过检查从突触体制剂获得的突触小泡膜上的蛋白质复合物，可以表征GAD65在GABA囊泡释放的偶联合成和囊泡摄取中的作用，这最终导致GABA囊泡释放GABA能神经传递的微调方法。
【背景】突触体制备方法在40多年前在神经科学研究实验室中建立，并且在涉及神经递质释放相关的细胞外钾升高以及对细胞内钙增加的应答方面具有极大的价值。除了阐明神经递质释放的过程之外，突触体制剂已经成为突触囊泡的有价值的来源。关于突触小泡的研究已经被用于表征参与偶联的神经递质合成和囊泡释放的蛋白质组分。突触体制剂作为突触囊泡分离的中间体也是非常有价值的，然后根据位于包含神经递质合成酶的囊泡膜上的蛋白质复合物进行分析。在这方面关键的意义在于包括CSP（胱氨酸 - ...
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