| Targeted Mutagenesis Using RNA-guided Endonucleases in Mosses
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] RNA-guided endonucleases (RGENs) have been used for genome editing in various organisms. Here, we demonstrate a simple method for performing targeted mutagenesis and genotyping in a model moss species, Physcomitrella patens, using RGENs. We also performed targeted mutagenesis in a non-model moss, Scopelophilla cataractae, using a similar method (Nomura et al., 2016), indicating that this experimental system could be applied to a wide range of mosses species.
[摘要] RNA引导的核酸内切酶（RGENs）已被用于各种生物体的基因组编辑。 在这里，我们展示了使用RGENs在模型苔藓种类小立碗藓中进行定向诱变和基因分型的简单方法。 我们还使用类似的方法（Nomura等，2016）在非模型苔藓，Scopelophilla白内障中进行了定向诱变，表明该实验系统可以应用于广泛的苔藓物种。
【背景】使用来自适应性免疫系统的RNA引导内切核酸酶（RGEN）的靶向诱变，使用细菌CRISPR（定期间隔的回文重复序列）/ Cas（CRISPR相关）系统近年来已经急剧发展。在该方法中，使用源自化脓性链球菌的Cas9核酸内切酶和人工设计的单链导向RNA（sgRNA）。 Cas9-sgRNA复合物识别原始相邻基序（5'-NGG-3'），并在目标位点上游3 bp切割（Jinek等，2012）。随后，在DNA的双链断裂（DSB）修复过程中发生随机插入和/或缺失突变。使用这些RGEN的定向诱变是有效的以及成本和时间有效的，它已被用于各种生物体（包括许多植物物种）的基因组编辑。在这里，我们在青苔中建立了使用RGEN进行靶向诱变的方案，并在模型和非模型物种中进行了证明（Nomura等，2016）。
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| Heavy Metal Stress Assay of Caenorhabditis elegans
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] Organisms have developed many protective systems to reduce the toxicity from heavy metals. The nematode Caenorhabditis elegans has been widely used to determine the protective mechanisms against heavy metals. Responses against heavy metals can be monitored by expression of reporter genes, while sensitivity can be determined by quantifying growth or survival rate following exposure to heavy metals.
[摘要] 生物开发了许多保护系统，以减少重金属的毒性。线虫秀丽隐杆线虫已广泛用于确定重金属的保护机制。可以通过报告基因的表达来监测对重金属的反应，而敏感性可以通过量化暴露于重金属后的生长或存活率来确定。
背景 一些重金属如砷，镉和汞已知对包括人类在内的大多数生物有害（Valko et al。，2005）。为了降低这些金属的毒性，生物开发出各种保护系统。线虫秀丽隐杆线虫已被用于了解重金属的保护机制。以前的研究表明，许多基因，如解毒酶，转录因子和信号传导因子都参与了该生物体中重金属的保护（Broeks et al。，1996; Mizuno et al。 ，2004; Inoue等人，2005; Schwartz等人，2010）。除了测量报告基因表达外，生存力和生长的测定通常用于监测重金属在C中的影响。线虫。在本协议中，我们描述了使用C测定砷，铜和镉的方法。线虫。
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| Adherent-invasive Escherichia coli Biofilm Formation Assays
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Author:
Date:
2013-12-05
[Abstract] Patients with Crohn’s disease are abnormally colonized by adherent-invasive Escherichia coli (AIEC) bacteria (Chassaing and Darfeuille-Michaud, 2011). These bacteria are able to adhere to and invade intestinal epithelial cells (IEC), to replicate within macrophages, and were recently described to be able to form biofilms (Martinez-Medina et al., 2009; Chassaing and Darfeuille-Michaud, 2013). The reference strain of adherent-invasive E. coli is the strain LF82, associated with ileal Crohn’s disease (Darfeuille-Michaud et al., 1998).
This protocol ...
[摘要] 克罗恩病患者被粘附侵入性大肠杆菌（AIEC）细菌异常定植（Chassaing和Darfeuille-Michaud，2011）。 这些细菌能够粘附和侵入肠上皮细胞（IEC），在巨噬细胞内复制，并且最近被描述为能够形成生物膜（Martinez-Medina等人，2009; Chassaing和 Darfeuille-Michaud，2013）。 粘附侵入性E的参考应变。 大肠杆菌是与回肠克罗恩病相关的菌株LF82（Darfeuille-Michaud等人，1998）。
该方案描述了生物膜形成测定的基本步骤：I） 非细胞处理的聚苯乙烯微量滴定板和II）多聚甲醛固定的I-407 IEC单层。
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