| Fabrication and Use of the Dual-Flow-RootChip for the Imaging of Arabidopsis Roots in Asymmetric Microenvironments
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] This protocol provides a detailed description of how to fabricate and use the dual-flow-RootChip (dfRootChip), a novel microfluidic platform for investigating root nutrition, root-microbe interactions and signaling and development in controlled asymmetric conditions. The dfRootChip was developed primarily to investigate how plants roots interact with their environment by simulating environmental heterogeneity. The goal of this protocol is to provide a detailed resource for researchers in the biological sciences wishing to employ the dfRootChip in particular, or microfluidic devices in ...
[摘要] 该协议提供了如何制造和使用双流RootChip（dfRootChip）的详细描述，这是一种新型微流体平台，用于研究根管营养，根 - 微生物相互作用以及受控不对称条件下的信号传导和发育。 dfRootChip的开发主要是为了研究植物根系如何通过模拟环境异质性与环境相互作用。 该协议的目标是为希望在其实验室中特别使用dfRootChip或一般微流体装置的生物科学研究人员提供详细资源。
【背景】地下条件是高度异质和动态的，因此植物根部暴露于各种刺激，因此必须适应这种复杂的环境。尽管这些发展适应的重要性，但潜在的机制仍有待阐明。微流体装置已被证明可用于在受控的微环境中培养标本，并有助于从亚细胞到有机物水平的动态过程的实时成像（Crane 等人，，2010）。由于微流体可以以受控方式操纵小流体体积，以高通量进行实验，提取定量信息并进行延时测量，微流体装置已经进入了有机体研究。对于模式植物拟南芥，已经开发了一系列微流体装置，能够在根发育过程中监测基因表达（Busch et al。，2012），信号事件（Keinath et al。，2015）和基于传感器的营养摄取成像（Grossmann et al。，2011; Lanquar et al。， 2014）。此外，使用微流体平台的最新进展包括高分辨率表型分析（Jiang et al。，2014; Xing ...
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| Trimolecular Fluorescence Complementation (TriFC) Assay for Direct Visualization of RNA-Protein Interaction in planta
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Author:
Date:
2017-10-20
[Abstract] RNA-Protein interactions play important roles in various eukaryotic biological processes. Molecular imaging of subcellular localization of RNA/protein complexes in plants is critical for understanding these interactions. However, methods to image RNA-Protein interactions in living plants have not yet been developed until now. Recently, we have developed a trimolecular fluorescence complementation (TriFC) system for in vivo visualization of RNA-Protein interaction by transient expression in tobacco leaves. In this method, we combined conventional bimolecular fluorescence ...
[摘要] RNA-蛋白质相互作用在各种真核生物过程中起重要作用。 RNA /蛋白质复合物在植物中亚细胞定位的分子成像对于理解这些相互作用至关重要。然而，到目前为止，尚未开发在活植物中形成RNA-蛋白质相互作用的方法。最近，我们开发了一种三分子荧光互补（TriFC）系统，用于在烟草叶中瞬时表达的RNA-蛋白质相互作用的体内可视化。在这种方法中，我们将传统的双分子荧光互补（BiFC）系统与MS2系统（噬菌体MS2外壳蛋白[MCP]及其结合RNA序列[MS2序列]）（Schonberger等人，2012）相结合， 。目标RNA用6xMS2标记，MCP和RNA结合蛋白与YFP片段融合。编码这种融合RNA和蛋白质的DNA构建体用土壤杆菌悬浮液渗入烟草叶中。通过共焦显微镜观察体内的RNA-蛋白质相互作用
【背景】近来，多种类型的长非编码RNA（lncRNA）已经被鉴定并显示出在转录调节和染色质修饰中起重要作用（St Laurent等人，2015）。到目前为止，lncRNA介导的功能的大多数分子机制与RNA-蛋白质相互作用密切相关（St ...
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| Uptake Assays in Xenopus laevis Oocytes Using Liquid Chromatography-mass Spectrometry to Detect Transport Activity
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Author:
Date:
2017-10-20
[Abstract] Xenopus laevis oocytes are a widely used model system for characterization of heterologously expressed secondary active transporters. Historically, researchers have relied on detecting transport activity by measuring accumulation of radiolabeled substrates by scintillation counting or of fluorescently labelled substrates by spectrofluorometric quantification. These techniques are, however, limited to substrates that are available as radiolabeled isotopes or to when the substrate is fluorescent. This prompted us to develop a transport assay where we could in principle detect transport ...
[摘要] 非洲爪蟾卵母细胞是用于表征异源表达的第二活性转运蛋白的广泛使用的模型系统。历史上，研究人员依靠通过闪烁计数或荧光标记的底物通过分光荧光定量测量放射性标记底物的积累来检测运输活动。然而，这些技术仅限于可用作放射性标记的同位素的底物或当底物是荧光时。这促使我们开发了一种运输测定法，我们可以原则上检测任何有机代谢物的转运活性，无论其作为放射性标记的同位素或荧光性质如何。
在这个协议中，我们描述了X的使用。卵母细胞作为表达次要活性转运蛋白的异源宿主，以及如何进行摄取测定，然后通过液相色谱 - 质谱（LC-MS）检测和定量运输的代谢物。我们已经成功地使用这种方法来鉴定和表征称为硫代葡萄糖苷和氰基葡糖苷的植物防御代谢物的转运蛋白（Jørgensen等人，2017），然而该方法可用于表征任何转运蛋白底物可以通过LC-MS检测。
【背景】来自非洲爪蟾蛙（Xenopus laevis）的卵母细胞是用于异源表达和表征膜蛋白（即，转运蛋白和通道）的完整表达系统。 X。卵母细胞表达少量内源性膜蛋白，具有低的背景转运活性。此外，来自植物的次要活性转运蛋白（Boorer等人，1992; Theodoulou和Miller，1995; Nour-Eldin等人，2006），动物（Sumikawa 1981）; ...
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