| Detection and Analysis of Circular RNAs by RT-PCR
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Gene expression in eukaryotic cells is tightly regulated at the transcriptional and posttranscriptional levels. Posttranscriptional processes, including pre-mRNA splicing, mRNA export, mRNA turnover, and mRNA translation, are controlled by RNA-binding proteins (RBPs) and noncoding (nc)RNAs. The vast family of ncRNAs comprises diverse regulatory RNAs, such as microRNAs and long noncoding (lnc)RNAs, but also the poorly explored class of circular (circ)RNAs. Although first discovered more than three decades ago by electron microscopy, only the advent of high-throughput RNA-sequencing (RNA-seq) ...
[摘要] 真核细胞中的基因表达在转录和转录后水平受到严格调控。 mRNA转录，mRNA转录和mRNA翻译等后转录过程由RNA结合蛋白（RBPs）和非编码（nc）RNAs控制。大量的ncRNA家族包含多种调控RNA，如microRNAs和长的非编码（lnc）RNAs，但也是探索不足的一类环状RNAs。虽然三十多年前电子显微镜首次发现，但只有高通量RNA测序（RNA-seq）的出现和创新生物信息学管道的开发已经开始允许系统鉴定circRNA（Szabo和Salzman，2016;熊猫，2017b;熊猫等，2017c）。然而，通过RNA测序鉴定的真正的circRNA的验证需要其他分子生物学技术，包括常规或定量（q）聚合酶链反应（PCR）和Northern印迹分析（Jeck和Sharpless，2014）的逆转录（RT）。使用不同引物的环状RNA的RT-qPCR分析已被广泛用于检测，验证和有时定量circRNA（Abdelmohsen等人，2015和2017; Panda等人， ，2017b）。如在此详述的，设计为跨越循环RNA后接连接序列的分歧引物可以特异性扩增circRNA而不是对应的线性RNA。总之，使用不同引物的RT-PCR分析允许直接检测和定量circRNA。
【背景】CircRNAs是共价闭合的，缺少5'或3'末端的单链RNA。虽然它们的起源知之甚少，但它们可以通过称为反向剪接的过程从前体mRNA产生（Panda等人，2017d; ...
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| Polysome Fractionation to Analyze mRNA Distribution Profiles
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Author:
Date:
2017-02-05
[Abstract] Eukaryotic cells adapt to changes in external or internal signals by precisely modulating the expression of specific gene products. The expression of protein-coding genes is controlled at the transcriptional and post-transcriptional levels. Among the latter steps, the regulation of translation is particularly important in cellular processes that require rapid changes in protein expression patterns. The translational efficiency of mRNAs is altered by RNA-binding proteins (RBPs) and noncoding (nc)RNAs such as microRNAs (Panda et al., 2014a and 2014b; Abdelmohsen et al., 2014). ...
[摘要] 真核细胞通过精确调节特定基因产物的表达来适应外部或内部信号的变化。蛋白质编码基因的表达受到转录和转录后水平的控制。在后面的步骤中，翻译的调节在需要蛋白质表达模式快速变化的细胞过程中特别重要。 mRNA的翻译效率由RNA结合蛋白（RBP）和非编码（nc）RNA如微RNA（Panda等人，2014a和2014b; Abdelmohsen等人）改变2014）。调节选择性mRNA翻译的因素的影响是RNA生物学中的一个关键问题。多核糖体（多核糖体）分馏分析是评估核糖体与给定mRNA的关联的有效方法。它提供了关于该mRNA的翻译状态的有价值的信息，这取决于与它们相关联的核糖体的数目，并且鉴定未翻译的mRNA（Panda等人，2016）。与许多核糖体相关的mRNA形成大量的多核糖体，预计将被主动翻译，而与少数或没有核糖体相关的mRNA有可能翻译不佳。总之，多聚糖分馏分析允许直接测定整个转录组水平的翻译效率以及个体mRNA。
背景 ...
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| 3’ Rapid Amplification of cDNA Ends (3’ RACE) Using Arabidopsis Samples
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Author:
Date:
2015-10-05
[Abstract] Production of functional eukaryotic RNA is a very elaborate process that involves a complex interplay between transcription and various RNA processing activities, including splicing, 5’ capping, and 3’ cleavage and polyadenylation (Bentley, 2014). Accurate mapping of RNA ends provides a valuable tool to assess transcriptional and post-transcriptional events giving rise to different gene transcripts. The abundance of such transcripts most likely depends on exogenous and developmental cues, or mutations. In the reference plant Arabidopsis, perturbation of the HUA-PEP ...
[摘要] 功能真核RNA的生产是非常复杂的过程，其涉及转录和各种RNA加工活性（包括剪接，5'加帽和3'剪切和聚腺苷酸化）之间的复杂相互作用（Bentley，2014）。 RNA末端的精确作图提供了评估产生不同基因转录物的转录和转录后事件的有价值的工具。这种转录物的丰度最可能取决于外源和发育线索或突变。在参考植物拟南芥中，HUA-PEP 转录后调节因子（Rodríguez-Cazorla等人，2015）的扰动导致保留内含子序列的关键花卉同源异源基因（AGO）（ ）（Yanofsky等人，1990）的异常转录物的积累。通过3'RACE反应测定，这样的错误转录物对应于在AG 内含子区发生的过早加工和聚腺苷酸化事件。在这里我们描述了一个适用于分析相对丰富的转录物以及用于检测可能易于快速更新的异常RNA种类的方案。同样地，此处适于拟南芥生殖组织的方法可用于表征来自其他器官（叶，根）和/或其它植物物种的RNA种类。我们提供我们的3'RACE程序的详细方案，包括四个主要部分：总RNA提取，RNA量测定和质量控制，RACE程序本身，和分离所得RACE产物用于克隆和测序。
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