| Giant Mimiviridae CsCl Purification Protocol
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Author:
Date:
2020-11-20
[Abstract] While different giant viruses’ purification protocols are available, they are not fully described and they use sucrose gradient that does not reach an equilibrium. Here, we report a protocol for the purification of members of the Mimiviridae family virions resulting from Acanthamoeaba castellanii infections. Viruses are harvested after cell lysis and purified through a high density CsCl gradient to optimize the isolation of the virus from the cell debris or other potential contaminants. Due to the large size of the virion capsids, reaching half a micrometer diameter, ...
[摘要] [摘要]虽然有不同的巨型病毒纯化方案，但它们并没有被完全描述，它们使用的蔗糖梯度不能达到平衡。在这里，我们报告了一个方案，用于纯化由棘球绦虫感染引起的拟病毒科成员病毒。病毒在细胞裂解后收获，并通过高密度CsCl梯度进行纯化，以优化从细胞碎片或其他潜在污染物中分离病毒。由于病毒粒子衣壳尺寸大，直径可达半微米，因此可以通过光学显微镜来监控工艺的质量。由此得到的纯化颗粒可用于进行新的感染、DNA提取、结构研究、糖成分分析、亚组分鉴定或蛋白质组学实验。
[背景]Mimivirus是第一种在光学显微镜下可见的病毒，在大小和基因组复杂度上与单细胞生物重叠，这一发现开创了病毒学的新研究领域（La Scola et al.，2003；Raoult et al.，2004）。在过去的15年里，许多额外的米病毒科成员被从各种环境中分离出来，并且已经发布了几种纯化病毒离子的方案（La Scola等人，2003年；Byrne等人，2009年；Arslan等人，2011年；Philippe等人，2013年；Campos等人，2014年；Andrade等人，2017年）。开发了不同的方法，主要涉及蔗糖缓冲（Campos et al.，2014；Andrade et al.，2017）或蔗糖不连续梯度（Arslan et ...
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| Identification and Characterization of Bacterial Chemoreceptors Using Quantitative Capillary and Gradient Plate Chemotaxis Assays
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Author:
Date:
2016-04-20
[Abstract] Bacterial chemotaxis is a motility-based response that biases cell movement toward beneficial molecules, called attractants, and away from harmful molecules, also known as repellents. Since the species of the genus Pseudomonas are characterized by a metabolic versatility, these bacteria have developed chemotactic behaviors towards a wide range of different compounds. The specificity of a chemotactic response is determined by the chemoreceptor, which is at the beginning of the signaling cascade and which receives the signal input. The basic elements of a typical chemoreceptor are the ...
[摘要] 细菌趋化性是基于运动性的反应，其将细胞运动偏向有益分子，称为引诱剂，并远离有害分子，也称为驱避剂。由于假单胞菌属的种属的特征在于代谢多样性，这些细菌已经对宽范围的不同化合物产生趋化行为。趋化反应的特异性由化学感受器确定，化学感受器处于信号级联的开始并且接受信号输入。典型的化学感受器的基本元件是负责感测环境刺激的周质配体结合结构域（LBD）和与细胞信号传导级联的其它组分相互作用的细胞溶质甲基接受（MA）结构域。大肠杆菌（大肠杆菌）是趋化性研究中的传统模型，具有5个良好表征的化学感受器。然而，基因组序列分析已经揭示许多其他细菌具有更多的化学感受器，其中一些具有部分重叠的信号谱。这种高数目的化学感受器通过分析单个化学感受器突变体使他们的研究变得复杂。我们已经寻求化学受体表征的替代策略，其对应于由所研究的化学受体的LBD和E的MA结构域组成的嵌合受体的产生。大肠杆菌受体（Tar）。然后将嵌合体引入E的无化学感受器的突变体。并且所得菌株的趋化性完全是由于该嵌合受体的作用。在本公开中，我们描述了使用定量毛细管和梯度板测定来研究假单胞菌趋化性以及E。含有嵌合受体的大肠杆菌菌株。
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| Loading of Cells with Fluorescent Probe to Study Intracellular Acid-base Homeostasis in Lactic Acid Bacteria
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Date:
2015-01-20
[Abstract] Here we describe a protocol which we have used to study the homeostasis intracellular in vivo in lactic acid bacteria (LAB) using a fluorescent probe. This type of probes can be used for determining changes in the pH of cytoplasm with high sensitivity, temporal resolution and technical simplicity as well as accessing the rate of change of intracellular pH in response to a stimulus from kinetic measurements on short time scales (Breeuwer et al., 1996; Molenaar et al., 1991). This protocol has been designed to measure the intracellular pH using the pH-sensitive ...
[摘要] 在这里我们描述了一个协议，我们已经用来研究乳酸细菌（LAB）使用荧光探针在体内细胞内体内平衡。 这种类型的探针可用于以高灵敏度，时间分辨率和技术简单性确定细胞质pH的变化，以及响应于来自短时间尺度上的动力学测量的刺激，获得细胞内pH的变化速率（Breeuwer& et al。，1996; Molenaar et al。，1991）。 该方案已经设计为使用pH敏感性荧光探针在LAB中的2'-，7'-双 - （2-羧乙基）-5（和-6） - 羧基荧光素（BCECF），粪肠球菌 （ E.cfaecalis ），乳酸乳球菌（<乳酸乳球菌）和干酪乳杆菌 em=""> L。casei ）。
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