| Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments ...
[摘要] 染色体构象捕获测序（Hi-C）是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加（3C）（Dekker et al。，2002）。 3C的基本工作流程包括（i）通常用甲醛固定完整的染色质，（ii）用限制酶切割固定的染色质，（iii）在稀释条件下重新连接粘性末端，以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和（iv）量化基因组基因座对之间的连接事件的数量（de Wit和de Laat，2012）。在最初的3C方案中，通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点（“一对一”）的选定连接接头来测量连接频率（Dekker et al。，2002 ）。然后，染色体构象捕获芯片（4C）和染色体构象捕获碳复制（5C）技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C（Lieberman-Aiden et al。，2009）最终将3C与下一代测序相结合（Metzker，2010）。此处，在再连接之前，用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序，并将得到的读数映射到参考基因组，允许以“多对多”方式确定接触概率，其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理（Lieberman-Aiden et ...
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| Low-input Capture-C: A Chromosome Conformation Capture Assay to Analyze Chromatin Architecture in Small Numbers of Cells
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] Chromosome conformation capture (3C) techniques are crucial to understanding tissue-specific regulation of gene expression, but current methods generally require large numbers of cells. This protocol describes two new low-input Capture-C approaches that can generate high-quality 3C interaction profiles from 10,000-20,000 cells, depending on the resolution used for analysis.
[摘要] 染色体构象捕获（3C）技术对于理解基因表达的组织特异性调节是至关重要的，但是目前的方法通常需要大量的细胞。 该协议描述了两种新的低输入Capture-C方法，根据用于分析的分辨率，可以从10,000-20,000个细胞生成高质量的3C相互作用谱。
【背景】3C技术在调查调控元件之间的核组织和结构相互作用与基因活性之间起关键作用（Dekker等人，2002）。 由于这些相互作用是高度组织特异性的，3C定义的纯化细胞群进行3C实验是至关重要的。
3C技术的一个主要局限性是所需要的大量细胞：目前的方法使用了10万到10万个细胞（Davies等人，2017）。 这些数字中不包含许多原发性组织和稀有细胞群。 因此，我们开发了两种新的低输入Capture-C方法，可以从最大分辨率的〜20,000个细胞（单独的DpnII片段）和使用基于开窗分析的约10,000个细胞产生高质量的相互作用谱（Oudelaar等人 。，2017）。
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| Next-generation Sequencing of the DNA Virome from Fecal Samples
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Author:
Date:
2017-03-05
[Abstract] Herein we describe a detailed protocol for DNA virome analysis of low input human stool samples (Monaco et al., 2016). This protocol is divided into four main steps: 1) stool samples are pulverized to evenly distribute microbial matter; 2) stool is enriched for virus-like particles and DNA is extracted by phenol-chloroform; 3) purified DNA is multiple-strand displacement amplified (MDA) and fragmented; and 4) libraries are constructed and sequenced using Illumina Miseq. Subsequent sequence analysis for viral sequence identification should be sensitive but stringent.
[摘要] 在这里，我们描述了低输入人粪便样品的DNA病毒分析的详细方案（摩纳哥等人，2016）。该方案分为四个主要步骤：1）粪便样品粉碎均匀分布微生物; 2）粪便富集病毒样颗粒，DNA由苯酚 - 氯仿提取; 3）纯化的DNA是多链置换扩增（MDA）并分裂的;和4）使用Illumina Miseq构建和排序库。病毒序列鉴定的后续序列分析应该是敏感但严格的。
背景 真菌病毒，噬菌体和内源性逆转录病毒的动态社区是维生素组织，代表人类微生物组织的最低限度特征（维珍，2014年）。事实上，估计只有1％的病毒已被排序和注释（Mokili等人，2012）。下一代测序（NGS）可以检测整个病毒，包括不可培养的病毒。粪便是易于获得的用于研究病原体的样本类型，并且粪便病毒的改变已经与许多疾病状态相关联（Handley等人，2012; Norman等人，2015;摩纳哥等人，2016）。粪便病毒主要由噬菌体组成，通过细菌功能和群体的改变影响胃肠道（Duerkop和Hooper，2013; Reyes等人，2013; ...
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