| Direct Visualization of the Multicopy Chromosomes in Cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Cyanobacteria are prokaryotic organisms that carry out oxygenic photosynthesis. The fresh water cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942 is a model organism for the study of photosynthesis and gene regulation, and for biotechnological applications. Besides several freshwater cyanobacteria, S. elongatus 7942 also contains multiple chromosomal copies per cell at all stages of its cell cycle. Here, we describe a method for the direct visualization of multicopy chromosomes in S. elongatus 7942 by fluorescence in situ hybridization (FISH).
[摘要] 蓝细菌是进行含氧光合作用的原核生物。 淡水蓝藻 Synechococcus elongatus PCC 7942是用于研究光合作用和基因调控以及生物技术应用的模式生物。 除了几种淡水蓝藻， S. 细胞 7942在其细胞周期的所有阶段每个细胞还含有多个染色体拷贝。 在这里，我们描述了一种直接可视化 S中多拷贝染色体的方法。 通过荧光原位杂交（FISH）测定细菌 7942。
【背景】蓝藻是原核微生物，其利用与高等植物中的叶绿体类似的产氧光合系统。虽然 Escherichia coli 和枯草芽孢杆菌等细菌具有单个圆形染色体，但是几种淡水蓝细菌每个细胞有多个圆形染色体（Mann和Carr，1974; Labarre 等人，1989; Binder和Chisholm，1995）。淡水蓝藻 Synechococcus elongatus PCC 7942（以下简称 S.longatus 7942）每个细胞携带3-8个染色体拷贝（Griese et al。，2011; Watanabe et al。，2012; Watanabe et al。，2015）。已经建立了荧光报告子 - 操纵子系统来获取 S的多拷贝染色体的图像。 elongatus 7942（Chen et al。，2012; Jain et ...
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| CRISPR/Cas9 Gene Editing in the Marine Diatom Phaeodactylum tricornutum
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] The establishment of the CRISPR/Cas9 technology in diatoms (Hopes et al., 2016; Nymark et al., 2016) enables a simple, inexpensive and effective way of introducing targeted alterations in the genomic DNA of this highly important group of eukaryotic phytoplankton. Diatoms are of interest as model microorganisms in a variety of areas ranging from oceanography to materials science, in nano- and environmental biotechnology, and are presently being investigated as a source of renewable carbon-neutral fuel and chemicals. Here we present a detailed protocol of how to perform ...
[摘要] 在硅藻（Hopes ，2016; Nymark等人，2016）中建立了CRISPR / Cas9技术，使得能够简单，廉价和有效地引入目标 这个非常重要的真核浮游植物群的基因组DNA的改变。 硅藻在纳米和环境生物技术领域从海洋学到材料科学，各种领域的示范性微生物都是有意义的，目前正在作为可再生碳中和燃料和化学品的来源进行调查。 在这里，我们提出了如何进行海洋硅藻三角褐指藻CRISPR / Cas9基因编辑的详细方案，包括：1）在硅藻优化的CRISPR / Cas9载体（pKS diaCas9）中插入引导RNA靶位点 -sgRNA），2）用于将pKS diaCas9-sgRNA质粒导入P的生物弹道转化。 三分支毛细胞和3）基于高分辨率熔融的PCR测定以筛选CRISPR / Cas9诱导的突变。
【背景】CRISPR / Cas9系统已被证明是许多真核生物中非常有效和成功的基因组编辑系统，现在也包括微藻（Hopes等人，2016; Nymark等人）。 ，2016; Shin 等人，2016）。 CRISPR / Cas9系统包括引导RNA（gRNA）和称为Cas9的核酸酶（Sander and Joung，2014）。 这两个分子形成复合物，其中gRNA将复合物引导至感兴趣的靶标。 ...
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| An in vitro Transcription/translation System for Detection of Protein Interaction
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Author:
Date:
2016-05-05
[Abstract] Studying protein-protein interaction is crucial to understand the fundamental processes of molecular biology. High-throughput screening, such as immunoprecipitation followed by proteomic analysis, allows for the identification of numerous candidate partners that might interact with a selected protein. However, experimental validation of protein-protein interaction requires conventional cloning and recombinant protein expression/purification, which are complicated and labor-intensive techniques. Here, we demonstrate an efficient experimental pipeline for verifying protein-protein interactions ...
[摘要] 研究蛋白质 - 蛋白质相互作用对于理解分子生物学的基本过程是至关重要的。高通量筛选，如免疫沉淀，然后蛋白质组分析，允许鉴定可能与选择的蛋白质相互作用的许多候选伙伴。然而，蛋白质 - 蛋白质相互作用的实验验证需要常规克隆和重组蛋白表达/纯化，这是复杂和劳动密集型技术。在这里，我们演示了一个有效的实验管道，用于验证使用Odontoglossum环斑病毒（ORSV）衣壳蛋白（CP）和宿主CP结合蛋白的例子的诱饵蛋白之间的蛋白质 - 蛋白质相互作用。这些候选CP结合蛋白通过高通量蛋白质组学和转录组学方法进行鉴定。使用TOPO克隆策略，将每个候选基因克隆到表达载体中，用于在体外转录/翻译系统的单个步骤中表达His标记的重组蛋白。这种表达的His标记的候选物可以在共免疫沉淀（co-IP）测定中用作CP诱饵蛋白的猎物，以验证它们的物理相互作用。不需要传统的蛋白质表达和纯化，该管道简化了验证过程，并为高通量蛋白质 - 蛋白质相互作用研究提供了解决方案。
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