| Detecting the Interaction of Double-stranded RNA Binding Protein, Viral Protein and Primary miRNA Transcript by Co-immunoprecipitation in planta
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] MicroRNAs (miRNAs) play important roles in plant growth, development, and response to infection by microbes. Double-stranded RNA binding protein 1 (DRB1) facilitates the processing of primary miRNA transcripts into mature miRNAs. Recently, we found that NS3 protein encoded by rice stripe virus (RSV) associates with DRB1 and promotes miRNA biogenesis during RSV infection (Zheng et al., 2017). RNA co-immunoprecipitation (RIP) method was applied to identity association patterns among DRB1, NS3, and miRNA transcript.
[摘要] 微小RNA（miRNA）在植物生长，发育和微生物感染反应中发挥重要作用。 双链RNA结合蛋白1（DRB1）有助于将初级miRNA转录物加工成成熟的miRNA。 最近，我们发现水稻条纹病毒（RSV）编码的NS3蛋白与DRB1相关并促进RSV感染期间的miRNA生物合成（Zheng等人，2017）。 RNA共免疫沉淀（RIP）方法被用于鉴定DRB1，NS3和miRNA转录物之间的关联模式。
【背景】在双链RNA（dsRNA）结合蛋白HYPONASTIC LEAVES1（DRB1 / HYL1）的帮助下，通过RNA酶III酶DICER-LIKE1（DCL1）从其初级转录物（pri-miRNA） 锌指蛋白SERRATE（SE）。 水稻条纹病毒（RSV）感染广泛地干扰miRNA积累。 我们发现RSV编码的非结构蛋白3（NS3）通过与水稻中的DRB1相互作用下调pri-miRNAs来促进miRNA积累（Zheng等人，2017）。 为了揭示NS3如何增强pri-miRNA的加工，我们使用免疫共沉淀（Co-IP）来说明NS3，DRB1和pri-miRNA体内的关系。 该协议有助于了解两种蛋白质和一种RNA转录本之间的关联模式。
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| Quantifying Symmetrically Methylated H4R3 on the Kaposi’s Sarcoma-associated Herpesvirus (KSHV) Genome by ChIP-Seq
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Post-translational modifications to histone tails contribute to the three-dimensional structure of chromatin and play an important role in determining the relative expression of nearby genes. One such modification is symmetric di-methylation of arginine residues, which may exhibit different effects on gene expression including blocking the binding of transcriptional activators, or recruiting repressive effector molecules. Recent ChIP-Seq studies have demonstrated the importance of cross-talk between different histone modifications in gene regulation. Thus, to acquire a comprehensive ...
[摘要] 组蛋白尾部的翻译后修饰有助于染色质的三维结构，并在确定附近基因的相对表达中起重要作用。一种这样的修饰是精氨酸残基的对称二甲基化，其可能对基因表达展现出不同的作用，包括阻断转录激活剂的结合或招募抑制效应分子。最近的ChIP-Seq研究已经证明不同组蛋白修饰之间在基因调节中的相互作用的重要性。因此，为了全面了解这些表观遗传标记的共同努力，必须利用ChIP-Seq来鉴定染色质上的特定富集。利用表观遗传机制进行基因调控，并且通过ChIP-Seq以全面，不偏倚的方式评估多种组蛋白修饰的相对丰度，我们可以获得关于病毒复制和发病机理的复杂机制的更好的见解。
【背景】卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）是一种致癌性人类病毒，在其生命周期中有两个不同阶段。在最初感染后，KSHV在宿主中建立持续的终生感染，这对免疫受损的个体来说特别有问题。 KSHV可引起HIV / AIDS患者中的各种肿瘤，包括卡波西肉瘤和多发性B细胞淋巴瘤（Chang等，1994; Cesarman等，1995; Russo ，1996; Soulier ，1995）。 KSHV拥有大约165,000bp的大型基因组，编码近90种不同的开放阅读框，具有逃避宿主免疫监视系统，改变宿主细胞生长途径和产生感染性后代病毒粒子的充足工具。
在潜伏阶段期间，仅有一部分病毒基因被表达，其在本质上是致癌的并且还有助于病毒附加体复制和传递到分裂的肿瘤细胞中（Uppal等人，2014; ...
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| Immunoprecipitation of Tri-methylated Capped RNA
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Author:
Date:
2018-02-05
[Abstract] Cellular quiescence (also known as G0 arrest) is characterized by reduced DNA replication, increased autophagy, and increased expression of cyclin-dependent kinase p27Kip1. Quiescence is essential for wound healing, organ regeneration, and preventing neoplasia. Previous findings indicate that microRNAs (miRNAs) play an important role in regulating cellular quiescence. Our recent publication demonstrated the existence of an alternative miRNA biogenesis pathway in primary human foreskin fibroblast (HFF) cells during quiescence. Indeed, we have identified a group of ...
[摘要] 蜂窝静止（因此已知为G <子> 0 骤停）是由降低的DNA复制，增加自噬表征，并且增加的细胞周期蛋白依赖性激酶p27蛋白上标kip1 表达。静止对伤口愈合，器官再生和瘤形成是必不可少的。先前的发现表明微小RNA（miRNA）在调节细胞静止过程中起重要作用。我们最近的出版物静止期间以实例阐述在原代人替代miRNA生物途径包皮成纤维（HFF）细胞的存在。实际上，我们已经发现了一组与由trimethylguanosine合酶1（TGS1）蛋白的2,2,7- trimethylguanosine（TMG）带肩改性PRI-的miRNA（其成熟miRNA发现静止期期间诱导的）的并运输到细胞质通过Exportin-1（XPO1）蛋白质。我们用来抗体针对（TMG）兴趣盖（不与第（m交叉反应 7 G）兴趣帽了大部分PRI-的miRNA或mRNA的含有[鲁曼等人的，1982]），以从增殖或静态HFFS的总RNA提取RNA进行免疫沉淀。该测定的新颖性是PRI-miRNA的以及含有一个TMG-帽修改以外的非编码RNA的特异性分离。
【背景】蜂窝静止，类型可逆生长停滞的，是在伤口愈合，器官再生，和预防瘤形成涉及一种重要的细胞状态（科勒，2011;瓦尔古等人 2012）。已发现小的非编码RNA如miRNA参与细胞静止的调节。 ...
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