| High-throughput Microscopic Analysis of Salmonella Invasion of Host Cells
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Salmonella is a Gram-negative bacterium causing a gastro-enteric disease called salmonellosis. During the first phase of infection, Salmonella uses its flagella to swim near the surface of the epithelial cells and to target specific site of infection. In order to study the selection criteria that determine which host cells are targeted by the pathogen, and to analyze the relation between infecting Salmonella (i.e., cooperation or competition), we have established a high-throughput microscopic assay of HeLa cells sequentially infected with fluorescent ...
[摘要] 沙门氏菌是革兰氏阴性细菌，引起称为沙门氏菌病的胃肠疾病。在感染的第一阶段，沙门氏菌使用其鞭毛在上皮细胞表面附近游泳并靶向特定的感染部位。为了研究确定哪种宿主细胞被病原体靶向的选择标准，并分析感染沙门氏菌（ ie ，合作或竞争）之间的关系，我们有建立了对荧光细菌依次感染的HeLa细胞的高通量显微镜检测。使用自动化图像分析管道，我们定量表征了感染和未感染细胞的众多参数。基于此，我们建立了一个预测模型，使我们能够识别宿主细胞易受感染的参数。我们发现宿主细胞易损性有两个来源：病原体诱导的细胞易感性从沙门氏菌摄取中出现并持续存在于感染过程的后期阶段;以及与细胞固有属性相关的宿主细胞固有的脆弱性，例如局部细胞拥挤和胆固醇含量。我们的方法基于形态学或分子宿主细胞参数预测单层上皮细胞中沙门氏菌感染的概率。在这里，我们提供了工作流程的详细描述，包括基于计算机的分析管道。我们的方法有可能应用于研究宿主 - 病原体相互作用的其他组合。
【背景】鼠伤寒沙门氏菌血清型鼠伤寒沙门氏菌通过摄入受污染的食物或水感染宿主，引起沙门氏菌病。一旦细菌到达肠道的远端回肠，它们就会侵入广泛的宿主细胞，包括肠上皮细胞（Watson和Holden，2010）。在宿主细胞入侵的第一阶段，沙门氏菌选择其目标，使用其鞭毛游泳并扫描上皮表面（Misselwitz et ...
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| Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments ...
[摘要] 染色体构象捕获测序（Hi-C）是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加（3C）（Dekker et al。，2002）。 3C的基本工作流程包括（i）通常用甲醛固定完整的染色质，（ii）用限制酶切割固定的染色质，（iii）在稀释条件下重新连接粘性末端，以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和（iv）量化基因组基因座对之间的连接事件的数量（de Wit和de Laat，2012）。在最初的3C方案中，通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点（“一对一”）的选定连接接头来测量连接频率（Dekker et al。，2002 ）。然后，染色体构象捕获芯片（4C）和染色体构象捕获碳复制（5C）技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C（Lieberman-Aiden et al。，2009）最终将3C与下一代测序相结合（Metzker，2010）。此处，在再连接之前，用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序，并将得到的读数映射到参考基因组，允许以“多对多”方式确定接触概率，其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理（Lieberman-Aiden et ...
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| Single and Multiplexed Gene Editing in Ustilago maydis Using CRISPR-Cas9
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] The smut fungus Ustilago maydis is an established model organism for elucidating how biotrophic pathogens colonize plants and how gene families contribute to virulence. Here we describe a step by step protocol for the generation of CRISPR plasmids for single and multiplexed gene editing in U. maydis. Furthermore, we describe the necessary steps required for generating edited clonal populations, losing the Cas9 containing plasmid, and for selecting the desired clones.
[摘要] 黑穗病真菌 Ustilago maydis 是一种既定的模式生物，用于阐明生物营养病原体如何在植物中定殖以及基因家族如何对毒力作出贡献。 在这里，我们描述了用于生成用于 U中单个和多重基因编辑的CRISPR质粒的逐步方案。玉米小斑病。 此外，我们描述了产生编辑的克隆群体，丢失含有Cas9的质粒以及选择所需克隆所需的必要步骤。
【背景】担子菌真菌 U. maydis 是一种模式生物，能够在DNA修复和同源重组，交配，性发育，次级代谢，丝状生长，RNA转运和毒力等主题中获得重要发现（Holliday，2004; Steinberg，2007; Bakkeren et al。，2008; Holloman et al。，2008; Lanver et al。，2017; Niessing et al。 ，2018年）。 Ú。 maydis 是一种生物营养的植物病原体，可引起玉米的黑穗病。作为大群黑穗病真菌的典型成员，其性发育与其定殖植物的能力密切相关。 U的受欢迎程度。 maydis 作为一种模式生物存在于其短暂的致病生命周期中，该生命周期在不到两周内完成，其可用于正向和反向遗传，包括建立自我复制的质粒（Tsukuda 等。，1988），能够在没有交配的情况下引起疾病的致病性病毒株的开发和可用的注释良好的基因组（Kämper et al。，2006）。在 ...
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