| The Long-lived Protein Degradation Assay: an Efficient Method for Quantitative Determination of the Autophagic Flux of Endogenous Proteins in Adherent Cell Lines
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] Autophagy is a key player in the maintenance of cellular homeostasis in eukaryotes, and numerous diseases, including cancer and neurodegenerative disorders, are associated with alterations in autophagy. The interest for studying autophagy has grown intensely in the last two decades, and so has the arsenal of methods utilised to study this highly dynamic and complex process. Changes in the expression and/or localisation of autophagy-related proteins are frequently assessed by Western blot and various microscopy techniques. Such analyses may be indicative of alterations in autophagy-related ...
[摘要] 自噬是维持真核生物细胞稳态的关键因素，包括癌症和神经退行性疾病在内的许多疾病都与自噬的改变有关。研究自噬的兴趣在过去的二十年里急剧增长，并且还有用于研究这种高度动态和复杂过程的方法库。通常通过Western印迹和各种显微镜技术来评估自噬相关蛋白的表达和/或定位中的变化。这样的分析可能表明自噬相关过程的改变，并且关于正在研究的特定标记物的信息。然而，由于这些蛋白质是自噬机制的一部分，而不是自噬性货物，所以它们不能用于得出关于自噬载货流量的结论。在这里，我们提供了一个协议，通过使用长寿命的蛋白质降解测定来定量评估体积自噬流量。我们的程序追踪14 C缬氨酸标记的蛋白质的降解是简单和快速的，允许并行处理相对大量的样品，并且原则上可以与任何贴壁细胞一起使用线。最重要的是，它可以通过自噬途径定量测量内源货物流量。因此，它是研究自噬活动的黄金标准之一。
【背景】脉冲追踪标记方法已用于研究蛋白质周转数十年。在此处描述的长寿命蛋白质降解（LLPD）测定中，培养细胞的蛋白质组用14 ...
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| Secretion of Adipsin as an Assay to Measure Flux from the Endoplasmic Reticulum (ER)
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] In this protocol we describe a quantitative biochemical assay to assess the efficiency of endoplasmic reticulum (ER) to Golgi protein transport in adipocytes (Bruno et al., 2016). The assay takes advantage of the fact that adipocytes secrete various bioactive proteins, known as adipokines. As a measure of ER to Golgi flux we determine the rate of bulk secretion of the adipokine adipsin post washout of Brefeldin A (BFA) treatment using immunoblotting. Because BFA treatment results in an accumulation of adipsin in the ER, the exit of adipsin from the ER upon BFA washout is synchronized ...
[摘要] 在该方案中，我们描述了一种定量生化测定法来评估内质网（ER）对脂肪细胞中高尔基体蛋白质转运的效率（Bruno等，2016）。 该测定法利用脂肪细胞分泌各种生物活性蛋白质（称为脂肪因子）的事实。 作为对高尔基体通量的ER的测量，我们使用免疫印迹法确定了使用Brefeldin A（BFA）处理的脂肪因子adipsin后消失的体积分泌速率。 因为BFA治疗导致ER中Adipsin的积累，所以在BFA洗脱时，Adipsin从ER的出口在细胞和实验条件下同步。 因此，使用这种简单的测定法可以稳健地确定扰动，如敲低蛋白质，是否对高尔基蛋白转运的ER有影响。
【背景】新合成的蛋白质通过分泌途径从细胞分泌到细胞膜（PM）中。分泌路线包括从ER到高尔基体的运输，穿过高尔基体堆叠，以及从高尔基网络（TGN）到PM的运动。这些运输步骤中的每一个提供用于调节分泌物的节点。虽然大多数细胞能够分泌蛋白质，但某些特定的细胞类型是特异性蛋白质的专业秘密。脂肪细胞，例如，分泌激素，称为脂肪因子，影响各种器官的能量代谢。为了更好地了解脂肪因子分泌的分子基础，我们开发了一种测定方法，研究了从ER到脂肪细胞的高尔基体的脂肪因子，一种脂肪因子的转运。研究ER到高尔基体运输的传统和常用的方法是监测从ER融合到GFP（VSVG-GFP）的温度敏感性水泡性口炎病毒G蛋白ts045的出口（Presley等，1997）。使用adipsin分泌测定法研究脂肪细胞中的高铁运输的优点是监测来自ER的内源性蛋白质的通量，而不是异位表达的报道蛋白。 ...
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| Biotinylation and Purification of Surface-exposed Helicobacter pylori Proteins
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Author:
Date:
2015-04-20
[Abstract] Interactions between pathogenic bacteria and host cells are often mediated by proteins found on the surfaces of the bacteria. The Gram-negative bacterium Helicobacter pylori is predicted to produce at least 50 surface-exposed outer membrane proteins, but there has been relatively little progress in experimentally analyzing the cell-surface proteome of this organism. Herein, we describe in detail a protocol that allows biotinylation and purification of surface-exposed H. pylori proteins. A comparative analysis of surface-exposed proteins identified by this ...
[摘要] 病原细菌和宿主细胞之间的相互作用通常由在细菌表面上发现的蛋白介导。 革兰氏阴性细菌幽门螺杆菌预计产生至少50个表面暴露的外膜蛋白，但是在实验分析该生物体的细胞表面蛋白质组中相对较少的进展。 在本文中，我们详细描述了允许表面暴露的H的生物素化和纯化的方案。 幽门螺杆菌蛋白。 在最近的出版物（Voss等人，2014）中描述了通过这种基于生物素化的方法和几种其它独立方法鉴定的表面暴露蛋白的比较分析。
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