| Biochemical Isolation of Myonuclei from Mouse Skeletal Muscle Tissue
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Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] Skeletal muscle provides the contractile force necessary for movement, swallowing, and breathing and, consequently, is necessary for survival. Skeletal muscle cells are unique in that they are extremely large cells containing thousands of nuclei. These nuclei must all work in concert to maintain skeletal muscle function and thereby maintain life. The nucleus is a major site of signaling integration and gene expression regulation. However, examining nuclear processes in skeletal muscle can be difficult because myonuclei are challenging to isolate. We optimized a protocol to purify myonuclei ...
[摘要] 骨骼肌提供运动，吞咽和呼吸所需的收缩力，因此是生存所必需的。骨骼肌细胞是独特的，因为它们是含有数千个核的极大细胞。这些细胞核必须协调一致才能维持骨骼肌功能，从而维持生命。细胞核是信号整合和基因表达调控的主要部位。然而，检查骨骼肌中的核过程可能是困难的，因为肌核难以分离。我们优化了一个协议，从整个肌肉组织使用超速离心蔗糖梯度来分离核分数的纯化肌细胞。我们将这些纯化的细胞核用于下游应用，包括流式细胞术和质谱。我们使用这种方法来比较年轻和老鼠后肢肌肉的肌细胞蛋白质组（Cutler等人，2017）。这个协议可能适用于分离myonuclei的各种下游分析，如流式细胞仪，显微镜，蛋白质印迹和蛋白质组学。
【背景】为了生存，必须保持适当的骨骼肌功能。这种维持的一个组成部分是根据细胞需要和环境线索调整基因表达。调节基因表达的核过程是调节细胞组成和行为的关键组成部分。然而，由于四个技术限制，涉及这些过程的肌细胞蛋白难以研究。首先，骨骼肌是致密的，紧密地填满了组织中超过60％的蛋白质的收缩性蛋白质（Deshmukh等人，2015; Cutler等人）。 ...
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| Next-generation Sequencing of the DNA Virome from Fecal Samples
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Author:
Date:
2017-03-05
[Abstract] Herein we describe a detailed protocol for DNA virome analysis of low input human stool samples (Monaco et al., 2016). This protocol is divided into four main steps: 1) stool samples are pulverized to evenly distribute microbial matter; 2) stool is enriched for virus-like particles and DNA is extracted by phenol-chloroform; 3) purified DNA is multiple-strand displacement amplified (MDA) and fragmented; and 4) libraries are constructed and sequenced using Illumina Miseq. Subsequent sequence analysis for viral sequence identification should be sensitive but stringent.
[摘要] 在这里，我们描述了低输入人粪便样品的DNA病毒分析的详细方案（摩纳哥等人，2016）。该方案分为四个主要步骤：1）粪便样品粉碎均匀分布微生物; 2）粪便富集病毒样颗粒，DNA由苯酚 - 氯仿提取; 3）纯化的DNA是多链置换扩增（MDA）并分裂的;和4）使用Illumina Miseq构建和排序库。病毒序列鉴定的后续序列分析应该是敏感但严格的。
背景 真菌病毒，噬菌体和内源性逆转录病毒的动态社区是维生素组织，代表人类微生物组织的最低限度特征（维珍，2014年）。事实上，估计只有1％的病毒已被排序和注释（Mokili等人，2012）。下一代测序（NGS）可以检测整个病毒，包括不可培养的病毒。粪便是易于获得的用于研究病原体的样本类型，并且粪便病毒的改变已经与许多疾病状态相关联（Handley等人，2012; Norman等人，2015;摩纳哥等人，2016）。粪便病毒主要由噬菌体组成，通过细菌功能和群体的改变影响胃肠道（Duerkop和Hooper，2013; Reyes等人，2013; ...
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| Biotinylation and Purification of Surface-exposed Helicobacter pylori Proteins
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Author:
Date:
2015-04-20
[Abstract] Interactions between pathogenic bacteria and host cells are often mediated by proteins found on the surfaces of the bacteria. The Gram-negative bacterium Helicobacter pylori is predicted to produce at least 50 surface-exposed outer membrane proteins, but there has been relatively little progress in experimentally analyzing the cell-surface proteome of this organism. Herein, we describe in detail a protocol that allows biotinylation and purification of surface-exposed H. pylori proteins. A comparative analysis of surface-exposed proteins identified by this ...
[摘要] 病原细菌和宿主细胞之间的相互作用通常由在细菌表面上发现的蛋白介导。 革兰氏阴性细菌幽门螺杆菌预计产生至少50个表面暴露的外膜蛋白，但是在实验分析该生物体的细胞表面蛋白质组中相对较少的进展。 在本文中，我们详细描述了允许表面暴露的H的生物素化和纯化的方案。 幽门螺杆菌蛋白。 在最近的出版物（Voss等人，2014）中描述了通过这种基于生物素化的方法和几种其它独立方法鉴定的表面暴露蛋白的比较分析。
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