| Mating Based Split-ubiquitin Assay for Detection of Protein Interactions
|
|
Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] The mating based split-ubiquitin (mbSUS) assay is an alternative method to the classical yeast two-hybrid system with a number of advantages. The mbSUS assay relies on the ubiquitin-degradation pathway as a sensor for protein-protein interactions, and it is suitable for the determination of interactions between full-length proteins that are cytosolic or membrane-bound. Here we describe the mbSUS assay protocol which has been used for detecting the interaction between K+ channel and SNARE proteins (Grefen et al., 2010 and 2015; Zhang et al., 2015 and 2016)
[摘要] 基于交配的分ubiquitin（mbSUS）测定是具有许多优点的经典酵母双杂交系统的替代方法。 mbSUS测定依赖于泛素降解途径作为蛋白质 - 蛋白质相互作用的传感器，并且它适用于测定细胞溶质或膜结合的全长蛋白质之间的相互作用。在这里，我们描述了已经用于检测K + 通道和SNARE蛋白之间的相互作用的mbSUS测定方案（Grefen等人，2010和2015; Zhang 等等，2015和2016）
背景 图1是mbSUS测定的概况。泛素部分被分成两半，N末端半突变（NubG）以避免重组。泛素部分（Cub）的C末端一半与转录报告基因复合物PLV（Protein A-LexA-VP16）连接。两种蛋白质（X和Y）分别与NubG和CubPLV融合产生蛋白质 - 蛋白质相互作用分析系统。转化后，酵母菌株THY.AP5含有NubG-X融合蛋白，而酵母菌株THY.AP4含有Y-CubPLV融合蛋白。在交配后，在二倍体酵母中，如果蛋白质X和Y彼此相互作用，则将重新组装功能性泛素，这导致PLV的切割。释放的转录蛋白复合物PLV可以开启报告基因（ADE2，HIS3），并允许酵母生长在选择性培养基上。
...
|
|
|
| Expression and Purification of the GRAS Domain of Os-SCL7 from Rice for Structural Studies
|
|
Author:
Date:
2017-02-05
[Abstract] GRAS proteins, named after the first three members GAI, RGA and SRC, has been found in 294 embryophyta species and is represented by 1,035 sequences. They belong to a plant-specific protein family and play essential roles in plant growth and development. Proteins in this family are defined as minimally containing a conserved GRAS domain, which is about 350-450 resides and can be subdivided into five distinct motifs with their name derived from the most prominent amino acids: LRI (leucine-rich region I), VHIID, LRII (leucine-rich region II), PFYRE and SAW and mainly function in the interaction ...
[摘要] 以前3个成员GAI，RGA和SRC命名的GRAS蛋白质已被发现在294个胚胎种，并由1,035个序列表示。它们属于植物特异性蛋白质家族，在植物生长和发育中起重要作用。该家族中的蛋白质被定义为最低限度地含有保守的GRAS结构域，其约为350-450个，并且可以细分为五个不同的基序，其名称源自最突出的氨基酸：LRI（富含亮氨酸的区域I），VHIID ，LRII（富含亮氨酸的区域II），PFYRE和SAW，并且主要在GRAS蛋白质与其配偶体之间的相互作用中起作用（Sun等人，2012）。通过系统发育分析，GRAS家族可以分为十多个亚科，其中SCL4 / 7是一个重要的亚组，对应对环境压力有作用。这里我们描述了Os-SCL7（水稻SCL4 / 7成员）的GRAS结构域的表达和纯化的详细方案，使我们能够使其结晶并确定其结构。
背景 GRAS蛋白是一个大家族，在植物发育和信号转导中起重要作用。结果表明，一些家庭成员如DELLAs起到GA响应植物生长的抑制作用，是GA信号通路（Murase等人，2008）中的关键调控目标，NSP1和NSP2起重要作用在调节结瘤发育和信号传导（Kaló等人，2005）中，蛋白质SCR和SHR一起在控制根和芽的径向图案中起重要作用（Helariutta et ...
|
|
|
| Visualising Differential Growth of Arabidopsis Epidermal Pavement Cells Using Thin Plate Spline Analysis
|
|
Author:
Date:
2016-11-20
[Abstract] Epidermal pavement cells in Arabidopsis leaves and cotyledons develop from relatively simple shapes to form complex cells that have multiple undulations of varying sizes. Analyzing the growth of individual parts of the cell wall boundaries over time is essential to understanding how pavement cells develop their complex shapes. Thin plate spline analysis is a method for visualizing the change of size and shape of objects through warping or deformation of a regular mesh and can be applied to understand cell wall growth. This protocol describes the application of thin plate spline ...
[摘要] 拟南芥叶和子叶中的表皮铺路细胞从相对简单的形状发育而形成具有不同大小的多个起伏的复合细胞。分析细胞壁边界的各个部分随时间的生长对理解铺路细胞如何发展其复杂形状是至关重要的。薄板样条分析是通过规则网格的翘曲或变形来可视化物体的尺寸和形状的变化的方法，并且可以用于理解细胞壁生长。该协议描述了薄板样条分析的应用，以便随时间可视化单个路面细胞的发育。
[背景] 了解细胞生长的空间模式提供了洞察植物细胞如何形成不同的形状。拟南芥子叶和叶的表皮铺路细胞是用于研究复杂细胞如何生长的良好模型系统，因为它们的细胞壁边界从最初为简单弧的边界开始形成不同大小的多个起伏（Armor et al。，2015; Fu et al。，2005）。通过将外部施加的标记物固定到细胞例如藻类氮细胞节间（Green等人，1970），根细胞（Shaw等人， ，2000）和毛状体（Schwab等人，2003）。然而，从外部施加的界标测量细胞生长有时是不可行的，例如当外部施加的荧光标记物的强荧光会遮蔽细胞内荧光标记的细胞骨架元件时（Armor等人，2015）。显示定义数量的同源界标随时间或在不同物体之间的变化位置的薄板样条分析先前已用于分析诸如人类头骨的物体的三维大小和形状的变化（Rosas和Bastir，2002; Gunz ，2014）和叶子（Polder et al ...
|
|
|