| Determination of (p)ppGpp Levels During Stringent Response in Streptomyces coelicolor by Thin Layer Chromatography
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Author:
Date:
2016-11-05
[Abstract] The stringent response in bacteria is a stress response that is mediated by the signaling molecules guanosine tetraphosphate and pentaphosphate [(p)ppGpp], alarmones that are also directly related to virulence. Therefore, determination of (p)ppGpp levels is crucial for studying the stringent response. The protocol here outlines in a step-wise manner the detection of (p)ppGpp in the bacterium Streptomyces coelicolor during stringent response (Strauch et al., 1991) by thin layer chromatography (TLC). In the example shown here, stringent response is induced by addition of ...
[摘要] 细菌中的严格反应是由信号分子鸟苷四磷酸和五磷酸[（p）ppGpp]介导的应激反应，它们也与毒力直接相关。因此，（p）ppGpp水平的确定对于研究严格反应至关重要。这里的方案以分步方式概述在严格反应期间细菌链霉菌（Streptomyces coelicolor）中（p）ppGpp的检测（Strauch等人，1991），通过薄层色谱（TLC）。在本文所示的实施例中，通过添加丝氨酸氧肟酸盐（丝氨酸tRNA合成酶的抑制剂）诱导严格反应。该方案首次发表于Molecular Microbiology（Sivapragasam and Grove，2016）。
[背景] 薄层色谱法用于在严格反应期间分析（p）ppGpp水平在各种细菌菌种中长时间使用，并且它是用于该目的的普遍接受的方法。然而，以前发布的协议仅仅总结了主要概念，并且确定包括该过程的每个步骤的综合协议是具有挑战性的。我们在这里提出已经优化用于研究在严格的反应的详细协议。 coelicolor 。处理 S唯一的步骤。天蓝色文化已经被鉴定，并且因此方案可以容易地适应于其他细菌物种。该方法依赖于使用并入作为强碱性阴离子交换剂的聚乙烯亚胺（PEI）的TLC板。因此，PEI是用于分离离子化合物如磷酸化核苷的选择的基质（Calderón-Flores等人，2005; Mechold等人，2013; Strauch ...
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| Axenic Cultivation of Mycelium of the Lichenized Fungus, Lobaria pulmonaria (Peltigerales, Ascomycota)
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Author:
Date:
2015-07-05
[Abstract] Lichens are symbiotic organisms consisting of a fungal partner (the mycobiont) and one or more algal or cyanobacterial partners (the photobiont); moreover lichen thalli comprise a plethora of epi- and endobiotic bacteria and non-lichenized fungi. Genetic markers are the most promising tools for the study of fungal diversity. However, applying genetic methods to intimately admixed symbiotic organisms typically requires the development of species-specific genetic markers, since DNA extraction from environmental specimens implicates the acquirement of total DNA of all symbionts and ...
[摘要] 地衣是由真菌伴侣（分枝杆菌）和一个或多个藻类或蓝藻合作伙伴（photobiont）组成的共生生物;此外，地衣thalli包括过多的表皮和内生菌和非地衣真菌。遗传标记是真菌多样性研究最有希望的工具。然而，将遗传方法应用于紧密混合的共生生物通常需要开发物种特异性遗传标记，因为从环境样品中提取DNA涉及获得所有共生体及其同居者的总e DNA。虽然藻类的培养是直接的，但是与大多数非地衣类群相比，由于其生长非常缓慢，形成地衣的真菌的无性繁殖更加困难，并且在内部存在腐生，内生和寄生真菌地衣thallus。此外，形成地衣的真菌（主要是子囊菌，少数担子菌）是营养不良的生物，因此适应营养不良的条件;在营养丰富的培养基中，如通常用于大规模生产快速生长的腐生真菌的无菌培养中，它们经常自动毒害。大多数形成地衣的真菌不是专性生物营养的，因此可以在非共生状态下培养。
在这里，我们提出了一种用于分离形成地衣的子囊菌无菌培养和作为纯真菌DNA来源的菌丝体培养。我们描述从发芽子囊孢子在琼脂平板上的无菌培养的开始，并解释在液体培养基中的体外生长的优化。通过研磨几个密集的，只有离心生长的真菌菌落，用匀浆器，我们获得许多较小的，生长良好的菌落，因此更高量的菌丝体用于DNA或RNA分离（Honegger和Bartnicki-Garcia，1991）。
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