| Screening Method for CRISPR/Cas9 Inhibition of a Human DNA Virus: Herpes Simplex Virus
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Author:
Date:
2020-09-05
[Abstract] The efficiency of cleavage of individual CRISPR/Cas9-sgRNAs remains difficult to predict based on the CRISPR target sequence alone. Different intracellular environments (dependent on cell type or cell cycle state for example) may affect sgRNA efficiency by altering accessibility of genomic DNA through DNA modifications such as epigenetic marks and DNA-binding proteins (e.g., histones) as well as alteration of the chromatin state of genomic DNA within the nucleus.
We recently reported a multi-step screening method for the identification of efficient sgRNAs targeting the ...
[摘要] [摘要 ] 单独基于CRISPR靶序列仍难以预测单个CRISPR / Cas9-sgRNA的切割效率。不同的细胞内环境（例如，取决于细胞类型或细胞周期状态）可能会通过DNA修饰（例如表观遗传标记和DNA结合蛋白（例如组蛋白））和染色质状态的改变来改变基因组DNA的可及性，从而影响sgRNA效率。核内基因组DNA的标记。
我们recen TLY 报道的多步骤方法筛选用于有效sgRNAs靶向的识别的单纯疱疹病毒（HSV-1）的基因组，并报告为在潜对裂解病毒相抑制CRISPR-Cas9的差动机构。该协议中详述的筛选平台允许在无细胞系统中以及在病毒靶细胞（例如人包皮成纤维细胞）的背景下逐步测试切割效率，然后对CRISPR / sgRNA的作用进行功能测试病毒蛋白的表达，复制，和再活化。该策略可以容易地应用于其他靶细胞，例如多能干细胞衍生的人感觉神经元或其他人DNA病毒。
背景 ] 单纯疱疹病毒（HSV）是的一种嗜神经性DNA病毒疱疹病毒科家族引起终身和无法治愈感染在大多数人群的，并可能导致显著发病率和死亡率（Liesegang环等人，1989; Roizman 等人。，2013） ...
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| Protocol for Notch-ligand Binding Assays Using Dynabeads
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Author:
Date:
2017-10-20
[Abstract] This protocol describes how to measure interaction between Notch receptors and their ligands by cell-based assay using Dynabeads. We have used the protocol to determine binding capacity between Notch1-transfected HEK293T cells and ligand-coated Dynabeads. Expression of Eogt in Notch1-expressing cells promoted binding toward DLL4-coated beads, but not JAG1-coated beads. The Notch-ligand assay using Dynabeads suggested that Eogt facilitates DLL4-Notch1 interaction (Sawaguchi et al., 2017).
[摘要] 该协议描述了如何使用Dynabeads通过基于细胞的测定来测量Notch受体及其配体之间的相互作用。 我们已经使用方案来确定Notch1转染的HEK293T细胞和配体包被的Dynabeads之间的结合能力。 在Notch1表达细胞中表达Eogt 促进了对DLL4包被的珠粒的结合，而不是JAG1包被的珠粒。 使用Dynabeads的Notch-配体测定表明，Eogt 有助于DLL4-Notch1相互作用（Sawaguchi等人，2017）。
【背景】Notch信号通路调节许多类型的细胞事件，如所有后生动物中的增殖，细胞命运测定和细胞分化（Mumm和Kopan，2000）。为了启动Notch信号传导，Notch受体的细胞外结构域与其配体结合，呈现在相对细胞上的Delta样（DLL）配体或Jagged（JAG）配体）。
Notch受体的表皮生长因子（EGF）样结构域对配体结合至关重要，并由包含O-岩藻糖，O-葡萄糖和O-GlcNAc聚糖的特定聚糖修饰（Stanley和Okajima，2010）。这些聚糖中的一些通过调节Notch受体和配体之间的物理相互作用（Moloney等人，2000）用作Notch信号传导途径的调节剂。为了研究O-GlcNAc是否调节Notch-配体相互作用，我们开发了一种基于Dynabeads的Notch-配体结合测定。在该测定中，在HEK293T细胞上表达的Notch受体与用DLL4-Fc或JAG1-Fc包被的Dynabeads蛋白A孵育。与用于其他结合测定法的可溶性配体不同，Notch配体的方向固定在珠上，使得它们表现得像配体表达细胞。因此，检测到的结合表示反式结合而不是顺式结合，当Notch受体及其配体在相同的细胞中表达时发生。该测定表明，通过Eogt ...
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| Analysis of Replicative Intermediates of Adeno-associated Virus through Hirt Extraction and Southern Blotting
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Author:
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2017-05-05
[Abstract] Adeno-associated virus (AAV) is a small single-stranded DNA virus that requires the presence of a helper virus, such as adenovirus or herpes virus, to efficiently replicate its genome. AAV DNA is replicated by a rolling-hairpin mechanism (Ward, 2006), and during replication several DNA intermediates can be detected. This detailed protocol describes how to analyze the AAV DNA intermediates formed during AAV replication using a modified Hirt extract (Hirt, 1967) procedure and Southern blotting (Southern, 1975).
[摘要] 腺相关病毒（AAV）是一种小型单链DNA病毒，需要存在辅助病毒，如腺病毒或疱疹病毒，以有效地复制其基因组。 AAV DNA通过滚转发夹机制（Ward，2006）进行复制，并且在复制期间可以检测出几种DNA中间体。该详细方案描述了如何使用改良的Hirt提取物（Hirt，1967）程序和Southern印迹（Southern，1975）分析在AAV复制期间形成的AAV DNA中间体。
背景 AAV DNA复制通过滚动发夹机制在由AAV和辅助病毒如腺病毒或疱疹病毒共感染的细胞中进行（Ward，2006）。 AAV DNA由4.7kb的线性DNA分子和倒置的末端重复（ITR）组成，折叠形成T形发夹结构。 3'末端发夹作为AAV DNA复制的引物。这些发夹结构由AAV Rep蛋白再生，允许进一步复制（Im和Muzyczka，1990）。 AAV DNA的+和 - 链都被包装并且是感染性的（Rose等人，1969）。当分析复制AAV DNA时，可以检测到几种复制中间体（Straus等人，1976）。最丰富的复制中间体是由AAV DNA的一个和一个链形成的线性单体双链体分子，其被认为是将包装在预先形成的衣壳中的后代单链分子的直接前体（Straus ，1976）。二聚体复制中间体也是常见的，AAV复制模型与甚至更大的复制中间体相容。 ...
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