| A Method to Convert mRNA into a Guide RNA (gRNA) Library without Requiring Previous Bioinformatics Knowledge of the Organism
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Author:
Date:
2017-05-20
[Abstract] While the diversity of species represents a diversity of special biological abilities, many of the genes that encode those special abilities in a variety of species are untouched, leaving an untapped gold mine of genetic information; however, despite current advances in genome bioinformatics, annotation of that genetic information is incomplete in most species, except for well-established model organisms, such as human, mouse, or yeast. A guide RNA (gRNA) library using the clustered regularly interspersed palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 (CRISPR-associated protein 9) system can be used for ...
[摘要] 虽然物种的多样性代表着特殊的生物学能力的多样性，但许多编码这些特殊能力的基因却是不变的，留下了未开发的遗传信息金矿;然而，尽管基因组生物信息学方面取得了进展，但除了成熟的模型生物体，如人，小鼠或酵母，遗传信息的注释在大多数物种中是不完全的。使用聚簇常规散布的回文重复序列（CRISPR）/ Cas9（CRISPR相关蛋白9）系统的引导RNA（gRNA）文库可用于通过正向遗传学对非特异性基因的表型筛选。 gRNA文库的构建通常需要从注释基因设计的大量化学合成寡核苷酸;如果想在没有目标DNA序列的先验知识的情况下将mRNA转换成gRNA，那么主要的挑战就是发现原始邻近基序（PAM）侧翼的序列并切出20-bp片段。最近，我开发了基于分子生物学技术将mRNA转化为gRNA文库（Arakawa，2016）（图1）。我在这里描述了如何从mRNA构建gRNA文库的详细协议。
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图1.将mRNA转化为gRNA文库构建的方法（Sanjana等人，2014）。总结了该方法的方案。在步骤中详细描述了D-O的每个步骤。 ...
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| Telomere-mediated Chromosomal Truncation via Agrobacterium tumefaciens or Particle Bombardment to Produce Engineered Minichromosomes in Plants
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Author:
Date:
2015-09-20
[Abstract] Minichromosomes are small, autonomously functioning chromosomes that exist separately from the normal chromosomal set. Creation of minichromosomes in plants relies on telomere truncation to remove the chromosome arms and the native telomere sequence and replace them with a transgene together with a new telomere sequence to generate a modifiable small chromosome. Telomere truncation has been accomplished utilizing both Agrobacterium tumefaciens, in which a telomere repeat sequence is cloned into the transformation vector near the right border, and particle bombardment, in which the ...
[摘要] 微染色体是与正常染色体组分开存在的小的，自主功能的染色体。 在植物中创建微染色体依赖于端粒截短以去除染色体臂和天然端粒序列，并用新的端粒序列替代它们，以产生可修饰的小染色体。 使用根癌土壤杆菌（Agrobacterium tumefaciens）进行端粒截短，其中端粒重复序列被克隆到右边界附近的转化载体中，以及粒子轰击，其中感兴趣的基因和端粒序列是共同的， 引进工厂。 在该方案中，我们将描述将端粒序列引入到农杆菌和金颗粒中的方法，以及验证这些序列是完整的所需的方法。
[简介] 工程化的微染色体是自主功能的染色体，其包含通过细胞周期维持所需的所有必需组分。工程化微染色体的生产具有下一代遗传工程的几个潜在应用（Gaeta等人，2012）。通过组装着丝粒，复制起点和全部由端粒序列封端的可选择标记，如最初在酵母中进行的染色体的构建由于着丝粒序列的表观遗传学性质而在植物中是不可行的（Birchler和Han，2009; Birchler 等人，2011; ...
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