| Root Gall Formation, Resting Spore Isolation and High Molecular Weight DNA Extraction of Plasmodiophora brassicae
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Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] Isolation of DNA from obligate biotrophic soil-borne plant pathogens is challenging. This is because of their strict requirement of living plant tissue for their growth and propagation. A soil habitat further imposes risk of contamination from other microorganisms living in close vicinity of the plant roots. Here we present a protocol on how to prepare DNA suitable for advanced molecular analysis on the soil-borne pathogen Plasmodiophora brassicae, a peculiar unicellular plant pathogenic organism, causing disease on Crucifers. First, it is important to grow Brassica or Arabidopsis ...
[摘要] 从专性营养型土壤植物病原体中分离DNA是具有挑战性的。这是因为他们对植物生长和繁殖的严格要求。土壤栖息地进一步增加了居住在植物根部附近的其他微生物污染的风险。在这里，我们提出了一个关于如何制备适用于土传病原体Plasmodiophora brassicae ，一种特殊的单细胞植物致病生物，导致十字花科病的DNA进行DNA分析的方案。首先，在潮湿条件下，在温度低于25°C的条件下，在感染的土壤中种植芸薹属植物或拟南芥属植物对于促进根gall形成是重要的。在分解过程开始之前，不应迟于接种拟南芥或芜菁植株后四或九周，收获根gall。数量减少的土壤生物的休息孢子通过匀浆gall组织的梯度离心获得。用70％酒精和一套不同的抗生素治疗可促进 P。芸苔纯度。基于CTAB的程序允许分离适合大规模平行测序分析的高质量DNA。
【背景】Plasmodiophora brassicae 是一种土壤传播的植物病原体，其在包括拟南芥属的十字花科家族中引起根虫（棒状杆菌）。根肿病对全世界油菜（油菜）和卷心菜的种植有重大影响。 P上。 brassicae 是指定给超级组Rhizaria的一种专性生物营养素（需要一种生长寄主），Rhizaria是研究最少的真核生物组之一（Sierra等人，2016; Sibbald和Archibald， 2017年）。系统发育上， ...
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| Sterol Analysis in Kluyveromyces lactis
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Author:
Date:
2017-09-05
[Abstract] Sterols are essential lipids of most eukaryotic cells with multiple functions (structural, regulatory and developmental). Sterol profile of yeast cells is often determined during the studies of ergosterol synthesis mutants used to uncover a number of functions for various sterols in yeast cells. Molecular studies of ergosterol biosynthesis have been also employed to identify essential steps in the pathway against which antifungals might be developed. We present here a protocol for the isolation of non-saponifiable lipids (sterols) from Kluyveromyces lactis yeast cells and a ...
[摘要] 甾醇是具有多种功能（结构，调节和发育）的大多数真核细胞的必需脂质。 在用于揭示酵母细胞中各种甾醇的许多功能的麦角甾醇合成突变体的研究期间，酵母细胞的甾醇分布通常被确定。 麦角甾醇生物合成的分子研究也被用于鉴定可能开发抗真菌剂途径的基本步骤。 我们在这里介绍从乳酸克鲁维酵母酵母细胞中分离不皂化脂质（甾醇）的方案和用于在实验室中用标准设备进行的脂质提取物（HPLC）中固醇的定量分析的色谱法。
【背景】在酵母细胞中发现的主要膜固醇的麦角固醇在哺乳动物系统中与胆固醇相似的细胞膜中起着结构的作用。通过影响膜的刚性，流动性和渗透性，甾醇已被证明对膜的许多重要物理特征负责。通过它们与磷脂和鞘脂的相互作用，提出甾醇以维持蛋白质的侧向异质性和质膜中的脂质分布，因为它们在诱导称为脂筏的微区域中的推定作用（Dupont等人，2011; Souza等， 2011）。酵母中的甾醇生物合成是一种能量昂贵的多步需氧过程，需要血红素和分子氧。谷歌甾醇及其生物合成步骤是对宿主生物体胆固醇合成影响较小的抗真菌化合物的主要目标（Daum等，1998）。麦角甾醇及其一些生物合成中间体（角鲨烯，7-脱氢胆固醇）均属于直接吸引人的化学物质。因此，用于甾醇分离的简单可靠的方法是非常有益的（Valachovic和Hapala，2017）。在该方案中，我们描述了用于测定酵母细胞中甾醇分布的固醇分离的分析方法。
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| Antisense Oligonucleotide-mediated Knockdown in Mammary Tumor Organoids
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Author:
Date:
2017-08-20
[Abstract] Primary mammary tumor organoids grown in 3D are an excellent system to study tumor biology. They resemble the organization and physiology of native epithelia more closely than cancer cell lines grown in 2D, and additionally model interactions with the ECM (Boj et al., 2015; Clevers, 2016; Shamir and Ewald, 2014). Mammary tumor organoids are therefore a promising model system to identify and characterize novel drivers of breast cancer that would be unlikely to be identified using 2D cell lines. Antisense oligonucleotides can be used to efficiently and specifically knockdown target ...
[摘要] 在3D生长的原发性乳腺肿瘤组织是研究肿瘤生物学的优秀系统。 它们类似于天然上皮的组织和生理学，比2D生长的癌细胞系更为紧密，另外还与ECM的模型相互作用（Boj et al。，2015; Clevers，2016; Shamir and Ewald，2014）。 因此，乳腺肿瘤组织因子是一种有希望的模型系统，用于识别和表征不可能使用2D细胞系识别的乳腺癌的新型驱动因素。 反义寡核苷酸可用于有效和特异地敲低细胞中的靶基因（Bennett等，2017）。 它们可以被有机物自由摄取，而不需要转染剂，使其成为常规实验室研究和筛选的便捷工具。
【背景】乳腺癌是全世界妇女中最常见的恶性肿瘤，是妇女癌症死亡率的第二大原因（Siegel等，2017）。为了改善现有的治疗方案，确定和调查具有预防乳腺癌进展潜力的新分子靶标至关重要。我们应用RNA-seq来产生与正常乳腺上皮细胞相比在原发性乳腺肿瘤中失调的长非编码RNA（lncRNA）的综合目录，并将30个先前未表征的lncRNA作为乳腺肿瘤相关RNA（MaTARs）进行优先排序。为了功能评估MaTARs作为肿瘤进展的关键驱动因素，我们对3D乳腺肿瘤组织中的所有30个MaTARs进行了反义寡核苷酸（ASO）介导的敲低分析（Diermeier等，2016）。
ASO是短（20-mers），含有硫代磷酸酯修饰的核苷酸的单链DNA分子以及2'-ribose（5-10-5 ...
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