| Zebrafish Embryo Xenograft and Metastasis Assay
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Xenograft models, and in particular the mouse xenograft model, where human cancer cells are transplanted into immunocompromised mice, have been used extensively in cancer studies. Although these models have contributed enormously to our understanding of cancer biology, the zebrafish xenograft model offers several advantages over the mouse model. Zebrafish embryos can be easily cultured in large quantities, are small and easy to handle, making it possible to use a high number of embryos for each experimental condition. Young embryos lack an efficient immune system. Therefore the injected ...
[摘要] 异种移植模型，特别是小鼠异种移植模型，其中人癌细胞被移植到免疫受损小鼠中，已广泛用于癌症研究。尽管这些模型对我们对癌症生物学的理解做出了巨大贡献，但斑马鱼异种移植模型与鼠标模型相比具有多种优势。斑马鱼胚胎可以很容易地大量培养，体积小且易于处理，因此可以在每种实验条件下使用大量胚胎。年轻的胚胎缺乏有效的免疫系统。因此，注射的癌细胞不被排斥，并且原发性肿瘤和微转移的形成是快速的。胚胎的透明度使得能够在完整和活的胚胎中对原发性肿瘤和转移瘤进行成像。在这里，我们描述了一种方法，其中表达GFP的肿瘤细胞被注射到斑马鱼胚胎的心包空间。在注射后4天，对胚胎成像并分析原发性肿瘤和远端微转移的形成。
【背景】 斑马鱼（ Danio rerio ）是一种小型淡水鱼，不仅在发育生物学中，而且在生物医学中越来越受欢迎。快速发展的领域之一是使用斑马鱼作为癌症生物学研究的模型。斑马鱼高效可靠地交配，可以产生大量小，透明，外部发育的后代，可以在例如，多孔板中轻松培养（White et al。 >，2013）。有趣的是，人类肿瘤细胞可以植入斑马鱼胚胎中，许多异种移植物能够通过在胚胎中生长，侵入和转移来忠实地重演它们的恶性行为（Lee et al。，2005; Nicoli et al。，2007; Chapman et ...
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| Alphavirus Purification Using Low-speed Spin Centrifugation
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Chemical and sedimentation procedures are used to purify virus particles. While these approaches are successful for wild-type viruses, they are often not feasible for purifying mutant viruses with assembly defects. We combined two published methods (Atasheva et al., 2013; Moller-Tank et al., 2013), to generate a protocol that uses low-speed centrifugation to purify both wildtype and mutant enveloped virus particles at high yield with minimal handling steps. This protocol has successfully been used to purify alphavirus particles for imaging and structural studies (Wang et al. ...
[摘要] 化学和沉淀过程用于纯化病毒颗粒。 虽然这些方法对于野生型病毒是成功的，但它们通常不能用于纯化具有装配缺陷的突变病毒。 我们结合了两种公开的方法（Atasheva等人，2013; Moller-Tank等人，2013），以生成使用低速离心纯化两种方法的方案 野生型和突变体包膜病毒颗粒，产量高，处理步骤最少。 该方案已成功用于纯化甲病毒颗粒用于成像和结构研究（Wang等人，2015; Ramsey等人，2017）。
【背景】传统上，病毒纯化基于化学沉淀（例如PEG）或密度梯度离心。离心方案包括以高速（>100,000μgx g）或通过沉淀基质如铯，Nycodenz，碘克沙醇，蔗糖，甘油或酒石酸丸粒化颗粒。在梯度沉降之后，纯化的病毒样品通常需要额外的步骤来除去梯度基质，浓缩纯化的颗粒，并且缓冲液交换成用于下游应用的稳定缓冲液。这些方法包括透析，通过离心过滤器离心或PEG沉淀。虽然这些方法会产生纯化的颗粒，但有几个缺点：（1）总产量可能很低，（2）纯化所需的时间可能延长到一周，（3）形态上不均匀的颗粒不能以相同的效率纯化，（ 4）过程中可能会损坏颗粒，以及（5）组装突变体常常不能在净化过程中存活，使得某些下游分析具有挑战性。
这里描述的协议使用温和的方法来净化包膜病毒颗粒。我们使用最小的离心力来减少对粒子的损伤，这是由于负染透射电子显微镜（TEM）中增加的形态异质性或通过TEM或传染性测定法测定的易碎粒子的全部损失而观察到的。另外，我们希望减少纯化后纯化病毒体的操作。通过合并文献中的两个方案（Atasheva等人，2013; ...
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| Purification of Bacterial RNA from Infected Macrophages
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Author:
Date:
2015-11-20
[Abstract] Studying the transcriptome of bacterial pathogens during infection is a very informative and effective tool for discovering genes that contribute to successful infection. However, isolating bacterial RNA from infected cells or tissues is a challenging process due to the much higher amounts of host RNA in the lysates of infected cells. We have optimized a method for isolating RNA of Listeria monocytogenes (L. monocytogenes) bacteria infecting bone marrow derived macrophage cells (BMDM). After infection, we lyse the cells and filter the lysates through 0.45 µm filters to ...
[摘要] 在感染期间研究细菌病原体的转录组是一个非常有益的和有效的工具，用于发现有助于成功感染的基因。然而，从感染的细胞或组织中分离细菌RNA是一个挑战性的过程，因为感染细胞裂解物中宿主RNA的量高得多。我们已经优化了用于分离感染骨髓来源的巨噬细胞（BMDM）的单核细胞增生性李斯特菌（（单核细胞增生李斯特氏菌）细菌）的RNA的方法。感染后，我们裂解细胞并通过0.45μm过滤器过滤裂解物以丢弃大多数宿主蛋白和RNA。接下来，我们重新悬浮细菌，并在DNase处理后提取RNA。提取的RNA适合于通过实时PCR或微阵列的基因表达分析。我们已经在我们对感染期间的单核细胞增生李斯特氏菌基因调节的体外研究中成功地采用了该方案（Lobel等人，2015; Lobel >，2012; Kaplan Zeevi等人，2013; Rabinovich等人，2012）。
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