| Characterization of Protein Domain Function via in vitro DNA Shuffling
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Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] We recently investigated the molecular events that drive evolution of the CTX-M-type β-lactamases by DNA shuffling of fragments of the blaCTX-M-14 and blaCTX-M-15 genes. Analysis of a total of 51 hybrid enzymes showed that enzymatic activity could be maintained in most cases, yet the enzymatically active hybrids were found to possess much fewer amino acid substitutions than the few hybrids that became inactive, suggesting that point mutations in the constructs rather than reshuffling of the fragments of the two target genes would more likely cause ...
[摘要] 我们最近研究了通过对CTX-M-14和EMX-M-14的片段进行DNA改组来驱动CTX-M型β-内酰胺酶进化的分子事件， bla CTX-M-15基因。 总共51种杂合酶的分析显示酶活性在大多数情况下可以保持，但是酶活性杂合体被发现比少数杂交体具有少得多的氨基酸取代，这表明构建体中的点突变而不是 两个靶基因片段的重新洗牌将更可能导致CTX-M活性的破坏。 确定了一些在介导酶活性中起重要作用的重要残基。 这些发现表明，DNA改组是一种有效的方法来鉴定和表征细菌蛋白质中的重要功能结构域。
【背景】DNA重组是一种自然过程，通过该过程，细菌之间交换遗传物质以增强环境压力下的生存适应性。几种杂交CTX-M-内酰胺酶（CTX-M-64，CTX-M-123，CTX-M-137和CTX-M-132）可能是由bla CTX-M-14和 bla CTX-M-15基因是世界上最常见的变异体，近年来已有报道（Nagano et al。 ，2009; Tian et al。，2014; He et al。，2015; Liu et。， 2015年）。在这些杂合酶中，包含CTX-M-15的N-和C-末端部分和CTX-M-14的中间片段的CTX-M-64显示出比其亲本原型更高的催化活性（He <等）。，2015）。
DNA改组是一种分子途径，被设计为通过PCR介导的两种靶基因的随机组合来模拟和加速进化过程（Crameri ...
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| Expression and Purification of the GRAS Domain of Os-SCL7 from Rice for Structural Studies
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Author:
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2017-02-05
[Abstract] GRAS proteins, named after the first three members GAI, RGA and SRC, has been found in 294 embryophyta species and is represented by 1,035 sequences. They belong to a plant-specific protein family and play essential roles in plant growth and development. Proteins in this family are defined as minimally containing a conserved GRAS domain, which is about 350-450 resides and can be subdivided into five distinct motifs with their name derived from the most prominent amino acids: LRI (leucine-rich region I), VHIID, LRII (leucine-rich region II), PFYRE and SAW and mainly function in the interaction ...
[摘要] 以前3个成员GAI，RGA和SRC命名的GRAS蛋白质已被发现在294个胚胎种，并由1,035个序列表示。它们属于植物特异性蛋白质家族，在植物生长和发育中起重要作用。该家族中的蛋白质被定义为最低限度地含有保守的GRAS结构域，其约为350-450个，并且可以细分为五个不同的基序，其名称源自最突出的氨基酸：LRI（富含亮氨酸的区域I），VHIID ，LRII（富含亮氨酸的区域II），PFYRE和SAW，并且主要在GRAS蛋白质与其配偶体之间的相互作用中起作用（Sun等人，2012）。通过系统发育分析，GRAS家族可以分为十多个亚科，其中SCL4 / 7是一个重要的亚组，对应对环境压力有作用。这里我们描述了Os-SCL7（水稻SCL4 / 7成员）的GRAS结构域的表达和纯化的详细方案，使我们能够使其结晶并确定其结构。
背景 GRAS蛋白是一个大家族，在植物发育和信号转导中起重要作用。结果表明，一些家庭成员如DELLAs起到GA响应植物生长的抑制作用，是GA信号通路（Murase等人，2008）中的关键调控目标，NSP1和NSP2起重要作用在调节结瘤发育和信号传导（Kaló等人，2005）中，蛋白质SCR和SHR一起在控制根和芽的径向图案中起重要作用（Helariutta et ...
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| Expression, Purification and Enzymatic Assay of Plant Histone Deacetylases
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2016-04-05
[Abstract] Histone deacetylases (HDACs) catalyzing the removal of acetyl groups from lysine residues of histone and non-histone proteins play vital roles in regulation of gene transcription. In plants, HDACs can be grouped into three families, including RPD3-type, SIR2-type and plant specific HD2-type HDACs. Here we describe a method to determine plant HDAC enzymatic activity. This protocol includes expression, purification and enzymatic activity assay of recombinant plant HDACs expressed in Escherichia coli (E. coli) and Arabidopsis thaliana (A. thaliana).
[摘要] 组蛋白脱乙酰酶（HDAC）催化从组蛋白和非组蛋白蛋白的赖氨酸残基去除乙酰基在调节基因转录中起重要作用。 在植物中，HDAC可以分为三个家族，包括RPD3型，SIR2型和植物特异性HD2型HDAC。 在这里我们描述了一种确定植物HDAC酶活性的方法。 该方案包括在大肠杆菌（大肠杆菌）和拟南芥（）中表达的重组植物HDAC的表达，纯化和酶活性测定 >拟南芥）。
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