| Assembly of Genetic Circuits with the Mammalian ToolKit
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Author:
Date:
2020-03-05
[Abstract] The ability to rapidly assemble and prototype cellular circuits is vital for biological research and its applications in biotechnology and medicine. The Mammalian ToolKit (MTK) is a Golden Gate-based cloning toolkit for fast, reproducible and versatile assembly of large DNA vectors and their implementation in mammalian models. The MTK consists of a curated library of characterized, modular parts that can be assembled into transcriptional units and further weaved into complex circuits. These circuits are easily repurposed and introduced in mammalian cells by different methods.
[摘要] [摘要 ] 快速组装和原型细胞电路的能力对于生物学研究及其在生物技术和医学中的应用至关重要。哺乳动物工具箱（MTK）是基于金门大桥的克隆工具箱，用于快速，可复制和通用的大型DNA载体组装及其在哺乳动物模型中的实现。MTK由精选的，模块化的零件组成的精选库组成，这些零件可以组装成转录单位，并进一步编织成复杂的电路。这些电路很容易重新利用，并通过不同的方法引入哺乳动物细胞。
[背景 ] 分子克隆是现代生物技术与重新利用重组DNA导入多种基因电路可以表示目的的频谱的能力的标志。但是，探索遗传电路构建中可能存在的排列的主要局限性在于能否对电路设计进行快速原型设计，测试和实施改进。为了实现这一目标，需要从常规的克隆方法（如Gibson克隆（Akama-Garren 等人，2016）或限制性酶切消化）中加快从设计遗传回路到将其递送至细胞的时间。我们设计了一个框架，在该框架中，传统的基因电路被分解成其组成部分，以便人们可以轻松地交换这些组成部分，以快速组装出巨大的组合，从而评估每次迭代如何影响功能。受早期克隆工具包迭代的启发（Weber 等人，2011 a和2011b ; Duportet 等人，2014; Lee 等人，2015; Martella 等人，2017;Pérez-González 等人，2017; Halleran 等人，2017）等人，2018年; ...
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| Fabrication and Use of the Dual-Flow-RootChip for the Imaging of Arabidopsis Roots in Asymmetric Microenvironments
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] This protocol provides a detailed description of how to fabricate and use the dual-flow-RootChip (dfRootChip), a novel microfluidic platform for investigating root nutrition, root-microbe interactions and signaling and development in controlled asymmetric conditions. The dfRootChip was developed primarily to investigate how plants roots interact with their environment by simulating environmental heterogeneity. The goal of this protocol is to provide a detailed resource for researchers in the biological sciences wishing to employ the dfRootChip in particular, or microfluidic devices in ...
[摘要] 该协议提供了如何制造和使用双流RootChip（dfRootChip）的详细描述，这是一种新型微流体平台，用于研究根管营养，根 - 微生物相互作用以及受控不对称条件下的信号传导和发育。 dfRootChip的开发主要是为了研究植物根系如何通过模拟环境异质性与环境相互作用。 该协议的目标是为希望在其实验室中特别使用dfRootChip或一般微流体装置的生物科学研究人员提供详细资源。
【背景】地下条件是高度异质和动态的，因此植物根部暴露于各种刺激，因此必须适应这种复杂的环境。尽管这些发展适应的重要性，但潜在的机制仍有待阐明。微流体装置已被证明可用于在受控的微环境中培养标本，并有助于从亚细胞到有机物水平的动态过程的实时成像（Crane 等人，，2010）。由于微流体可以以受控方式操纵小流体体积，以高通量进行实验，提取定量信息并进行延时测量，微流体装置已经进入了有机体研究。对于模式植物拟南芥，已经开发了一系列微流体装置，能够在根发育过程中监测基因表达（Busch et al。，2012），信号事件（Keinath et al。，2015）和基于传感器的营养摄取成像（Grossmann et al。，2011; Lanquar et al。， 2014）。此外，使用微流体平台的最新进展包括高分辨率表型分析（Jiang et al。，2014; Xing ...
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| Platelet Migration and Bacterial Trapping Assay under Flow
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Blood platelets are critical for hemostasis and thrombosis, but also play diverse roles during immune responses. We have recently reported that platelets migrate at sites of infection in vitro and in vivo. Importantly, platelets use their ability to migrate to collect and bundle fibrin (ogen)-bound bacteria accomplishing efficient intravascular bacterial trapping. Here, we describe a method that allows analyzing platelet migration in vitro, focusing on their ability to collect bacteria and trap bacteria under flow.
[摘要] 血小板对于止血和血栓形成至关重要，但在免疫反应中也起着不同的作用。 我们最近报道了血小板在体外体外和体内感染部位迁移。 重要的是，血小板利用它们迁移的能力来收集和捆绑纤维蛋白（ogen）结合的细菌，从而实现有效的血管内细菌捕获。 在这里，我们描述了一种方法，允许分析血小板在体外的迁移，重点是它们收集细菌和捕获流动细菌的能力。
【背景】血小板是从巨核细胞释放的小的无核细胞片段，其存在于哺乳动物生物的骨髓内（Machlus和Italiano，2013）。大约7500亿血小板在人体血液中循环，不断扫描脉管系统以破坏内皮表面。在遇到内皮损伤时，血小板立即被招募在充分表征的事件级联中，包括初始血小板束缚和滚动，然后是血小板活化，粘附和扩散，最终导致纤维蛋白（ogen）依赖性聚集和随后的血栓收缩（Jackson， 2007）。血小板栓塞形成是生理性止血的主要步骤，但也是动脉粥样硬化斑块破裂后的病理性血栓形成，触发心肌梗塞或中风（Jackson，2011）。
除了在止血和血栓形成中的公认作用外，血小板还发展出多种免疫功能（Semple et al。，2011）。作为第一批招募炎症和感染部位的细胞，血小板在启动血管内免疫反应中起着重要作用（Wong et ...
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