| Drosophila Fecal Sampling
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Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] Fecal sampling is a non-invasive method which raises the possibility to study the development and the changes in the microbial community throughout different time points of a fly population or throughout different treatments. This method allows precise manipulation to trigger the fly’s physiology by nutritional interventions, bacterial infections or other stressors.
As in most other animals, the intestinal microbiota is essential for a healthy fly-life. Because Drosophila only harbors a relative simple bacterial community with a small variety of round about 8 to 10 ...
[摘要] 粪便取样是一种非侵入性方法，提高了在飞行群体的不同时间点或整个不同处理过程中研究微生物群落的发展和变化的可能性。这种方法允许精确的操纵通过营养干预，细菌感染或其他压力源触发苍蝇的生理学。
与大多数其他动物一样，肠道微生物群对健康的飞行生命至关重要。因为果蝇只拥有一个相对简单的细菌群落，有大约8到10个不同种类的小种，很容易建立微生物群落，并在处理后调查微生物的变化。
使用蝇的粪便的另一个积极作用是不是肠微生物群的一部分的细菌，例如Wolbachia，可以直接从分析中排除，因为它们不会排泄。
使用这种方法，生成的数据集可能反映了在简单飞行模型中研究微生物组织相关疾病的一个很好的范例，此外，可以以高通量方法测试药物。
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| Overrepresentation Analyses of Differentially Expressed Genes in the Smut Fungus Ustilago bromivora during Saprophytic and in planta Growth
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] We have established the Ustilago bromivora–Brachypodium spp. interaction as a new model pathosystem for biotrophic fungal plant infections of the head smut type (Rabe et al., 2016). In this protocol, the methodology used for comparing gene expression between saprophytic and in planta growth of the fungus is described. The experimental and analytical pipeline, how next generation RNA sequencing (Illumina RNA-Seq) analysis can be used to obtain lists of genes significantly up or down regulated in planta in comparison to axenic culture is given. ...
[摘要] 我们已经建立了Ustilago bromivora - Brachypodium spp。 作为一种用于生物营养真菌植物感染头虱类型的新模型病理学的相互作用（Rabe等人，2016）。 在该方案中，描述了用于比较真菌的植物生长中的腐生菌和萌发之间的基因表达的方法。 给出了实验和分析流程，如何使用下一代RNA测序（Illumina RNA-Seq）分析来获得与无性培养相比在植物中显着上调或下调的基因的列表。 此外，提出了识别在特定类型的基因中过度或低于代表的功能类别的不同方法。
【背景】RNA深度测序（RNA-Seq）是一种功能强大和通用的工具，可以了解细胞和生物体对环境变化的反应及其对新发育阶段的适应性。生活状况的显着变化是从酵母样生长转向非特异性病原体的丝状，致病性相关生长模式。我们研究了生物营养型真菌植物病原体（Ustilago ...
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| Chromosome Dosage Analysis in Plants Using Whole Genome Sequencing
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Author:
Date:
2016-07-05
[Abstract] Relative chromosome dosage, i.e., increases or decreases in the number of copies of specific chromosome regions in one sample versus another, can be determined using aligned read-counts from Illumina sequencing (Henry et al., 2010). The following protocol was used to identify the different classes of aneuploids that result from uniparental genome elimination in Arabidopsis thaliana, including chromosomes that have undergone chromothripsis (Tan et al., 2015). Uniparental genome elimination results in the production of haploid progeny from crosses to ...
[摘要] 可以使用来自Illumina测序的对准读数确定相对染色体剂量，即，一个样品中特定染色体区域的拷贝数相对于另一个样品的拷贝数的增加或减少（Henry等人，2010）。以下方案用于鉴定拟南芥中单亲基因组消除的不同类型的非整倍体，包括染色体发生染色体（Tan等，2015）。单亲基因组消除导致从杂交到称为“单倍体诱导物”的特异性菌株的单倍体后代的产生（Ravi等，2014）。另一方面，在癌症基因组中首次发现的chromothripsis是导致聚类，高度重排的染色体的现象。在植物中，作为基因组消除的结果已经观察到chromothripsis（Tan等人，2015）。检测染色体剂量的变化在与基因组消除相关的那些旁边有多种应用。例如，通过花粉粒的γ-照射产生杨树杂种的剂量变异种群。使用该技术鉴定了数百个剂量损伤，插入和缺失，并提供了一种将基因座与在该群体中观察到的表型后果相关联的方法（Henry等，2015）。
该方法已成功应用于许多不同物种的染色体用量变化，包括拟南芥（Tan et al。，2015），拟南芥（Ravi et al。，2014），水稻（Henry et ...
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