| Soluble and Solid Iron Reduction Assays with Desulfitobacterium hafniense
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] There is a pressing need to develop sustainable and efficient methods to protect and stabilize iron objects. To develop a conservation-restoration method for corroded iron objects, this bio-protocol presents the steps to investigate reductive dissolution of ferric iron and biogenic production of stabilizing ferrous iron minerals in the strict anaerobe Desulfitobacterium hafniense (strains TCE1 and LBE). We investigated iron reduction using three different Fe(III) sources: Fe(III)-citrate (a soluble phase), akaganeite (solid iron phase), and corroded coupons. This protocol describes a ...
[摘要] 迫切需要开发可持续和有效的方法来保护和稳定铁制物体。为了开发腐蚀铁物体的保护 - 恢复方法，该生物方案提出了研究严格厌氧菌[Desulfitobacterium hafniense （菌株TCE1）中三价铁的还原溶解和稳定亚铁矿物质的生物产生的步骤。和LBE）。我们使用三种不同的Fe（III）来源研究了铁还原：Fe（III） - 柠檬酸盐（可溶相），akaganeite（固体铁相）和腐蚀的试样。该协议描述了一种方法，该方法结合了复杂的Fe（II）-Ferrozine ®的分光光度定量，通过扫描电子显微镜和拉曼光谱进行矿物表征。这三种方法可以评估三价铁的还原溶解和生物矿物质生产，作为开发一种创新的可持续方法来稳定腐蚀铁的有希望的替代方法。
【背景】自铁器时代以来，铁已被用于生产日常用具。因此，考古学上的铁试验是过去极其重要的证据，应予以保留。然而，由于其反应性，铁容易被腐蚀并且考古铁物体可能被完全损坏。埋藏时，铁制品会根据埋葬地点的环境条件形成复杂的腐蚀层。挖掘后，条件发生变化，腐蚀层变得不稳定。为避免完全破坏，考古铁制物需要快速稳定处理。目前，可用的稳定化处理不能提供长期保护并且具有实质性缺点，例如毒性，低效率和大量废物的产生（Scott和Eggert，2009; Rimmer 等人， 2012）。因此，有必要开发新技术来稳定考古铁器。
越来越多地考虑利用微生物代谢来开发更有效，可持续和环保的保护 ...
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| Protocol for the Isolation and Super-resolution dSTORM Imaging of RyR2 in Cardiac Myocytes
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Since its inception, super-resolution microscopy has played an increasingly important role in the discovery and characterization of nanoscale biological structure. dSTORM, which is one of the most commonly applied methods, relies on stochastic photoswitching of fluorophores to recreate a super-resolution image. The cardiac field has particularly benefitted from the application of this technique, as it has enabled sub-diffraction-limit visualization of calcium release units (CRUs) and the fundamental structures that trigger contraction. Acquisition of such images requires careful, reproducible ...
[摘要] 自成立以来，超分辨率显微镜在纳米级生物结构的发现和表征中发挥着越来越重要的作用。 dSTORM是最常用的方法之一，它依赖于荧光团的随机光切换来重建超分辨率图像。心脏场特别受益于该技术的应用，因为它已经实现了钙释放单元（CRU）的子衍射极限可视化和触发收缩的基本结构。获取这些图像需要仔细，可重复的样品制备，并且在实验期间保持一致的成像条件。在这里，我们提出了生产心肌细胞中Ca 2 + 释放通道Ryanodine Receptor type-2（RyR2）的dSTORM图像的标准化方法。所提出的方案特别关注涉及原发性心肌细胞分离，样品制备和成像的步骤，其中提供了针对实验溶液和显微镜设置的细节。本讨论之后是各种分析技术的概述，以识别集群和CRU中的RyR2组织
【背景】近年来，超分辨率显微镜的普及率迅速提高。已经描述了各种超分辨率技术，其使光学分辨率远低于光的衍射极限，在某些情况下接近可通过电子显微镜获得的光学分辨率。总之，这些技术的出现导致了纳米级生物结构，结构域和蛋白质相互作用的新研究的爆炸式增长。一种流行的超分辨率技术是直接随机光学显微镜（dSTORM），与标准共聚焦显微镜相比，它将相对简单的样品处理的优势与分辨率提高了约10倍（van de Linde ...
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| Structural Analysis of Bordetella pertussis Biofilms by Confocal Laser Scanning Microscopy
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Biofilms are sessile communities of microbial cells embedded in a self-produced or host-derived exopolymeric matrix. Biofilms can both be beneficial or detrimental depending on the surface. Compared to their planktonic counterparts, biofilm cells display enhanced resistance to killing by environmental threats, chemicals, antimicrobials and host immune defenses. When in biofilms, the microbial cells interact with each other and with the surface to develop architecturally complex multi-dimensional structures. Numerous imaging techniques and tools are currently available for architectural ...
[摘要] 生物膜是嵌入自生或宿主衍生的外聚合物基质中的微生物细胞的固着群落。根据表面，生物膜可以是有益的或有害的。与浮游生物相比，生物膜细胞表现出更强的抗环境威胁，化学物质，抗菌药物和宿主免疫防御能力。当处于生物膜中时，微生物细胞彼此相互作用并与表面相互作用以形成结构复杂的多维结构。目前，许多成像技术和工具可用于生物膜群落的建筑分析。这允许通过获取可以呈现无柄群落的结构特征的三维图像来检查生物膜的发展。经常使用的工具是共聚焦激光扫描显微镜。我们提出了一个详细的协议，以生长，观察和分析呼吸道人类病原体，百日咳博德特氏菌的生物膜在空间和时间。
【背景】百日咳博德特氏菌（Bordetella pertussis）是上呼吸道的专性人类病原体，引起百日咳或百日咳（Mooi，2010; Dorji et al。，2018）。 B的生物膜。百日咳在各种人造表面上以及静态，摇动和流体流动条件下形成（Mishra et al。，2005; Sloan et al。，2007 ; Serra et al。，2011）。对这些生物膜的显微评估表明，这种细菌产生不规则形状的微集落，由流体通道分隔，嵌入由细胞外DNA（eDNA），蛋白质和多糖组成的外聚合物基质中（Parise et al。，2007; Sloan et al。，2007; Serra et al。，2008; ...
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