| Fabrication and Use of the Dual-Flow-RootChip for the Imaging of Arabidopsis Roots in Asymmetric Microenvironments
|
|
Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] This protocol provides a detailed description of how to fabricate and use the dual-flow-RootChip (dfRootChip), a novel microfluidic platform for investigating root nutrition, root-microbe interactions and signaling and development in controlled asymmetric conditions. The dfRootChip was developed primarily to investigate how plants roots interact with their environment by simulating environmental heterogeneity. The goal of this protocol is to provide a detailed resource for researchers in the biological sciences wishing to employ the dfRootChip in particular, or microfluidic devices in ...
[摘要] 该协议提供了如何制造和使用双流RootChip（dfRootChip）的详细描述，这是一种新型微流体平台，用于研究根管营养，根 - 微生物相互作用以及受控不对称条件下的信号传导和发育。 dfRootChip的开发主要是为了研究植物根系如何通过模拟环境异质性与环境相互作用。 该协议的目标是为希望在其实验室中特别使用dfRootChip或一般微流体装置的生物科学研究人员提供详细资源。
【背景】地下条件是高度异质和动态的，因此植物根部暴露于各种刺激，因此必须适应这种复杂的环境。尽管这些发展适应的重要性，但潜在的机制仍有待阐明。微流体装置已被证明可用于在受控的微环境中培养标本，并有助于从亚细胞到有机物水平的动态过程的实时成像（Crane 等人，，2010）。由于微流体可以以受控方式操纵小流体体积，以高通量进行实验，提取定量信息并进行延时测量，微流体装置已经进入了有机体研究。对于模式植物拟南芥，已经开发了一系列微流体装置，能够在根发育过程中监测基因表达（Busch et al。，2012），信号事件（Keinath et al。，2015）和基于传感器的营养摄取成像（Grossmann et al。，2011; Lanquar et al。， 2014）。此外，使用微流体平台的最新进展包括高分辨率表型分析（Jiang et al。，2014; Xing ...
|
|
|
| Bacterial Cell Wall Precursor Phosphatase Assays Using Thin-layer Chromatography (TLC) and High Pressure Liquid Chromatography (HPLC)
|
|
Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Peptidoglycan encases the bacterial cytoplasmic membrane to protect the cell from lysis due to the turgor. The final steps of peptidoglycan synthesis require a membrane-anchored substrate called lipid II, in which the peptidoglycan subunit is linked to the carrier lipid undecaprenol via a pyrophosphate moiety. Lipid II is the target of glycopeptide antibiotics and several antimicrobial peptides, and is degraded by ‘attacking’ enzymes involved in bacterial competition to induce lysis. Here we describe two protocols using thin-layer chromatography (TLC) and high pressure liquid chromatography ...
[摘要] 肽聚糖包裹细菌细胞质膜以保护细胞免于因膨胀而导致的溶解。 肽聚糖合成的最后步骤需要称为脂质II的膜锚定底物，其中肽聚糖亚基通过焦磷酸部分连接至载体脂质十一碳烯醇。 脂质II是糖肽抗生素和几种抗微生物肽的靶标，并且通过参与细菌竞争的“攻击”酶来降解以诱导裂解。 在这里，我们分别描述了两种使用薄层色谱法（TLC）和高压液相色谱法（HPLC）的方案来测定磷脂酶如Colicin M或来自中间链球菌的LXG毒素蛋白TelC对脂质II的消化，的。 TLC方法也可以监测十一异戊二烯基（pyro）磷酸盐的消化，而HPLC方法允许分离脂质II的二 - ，单 - 或非磷酸化二糖五肽产物。
【背景】肽聚糖（PG）球囊是一种必需的细菌大分子，它可以保护细胞免受由于其膨胀引起的破裂并保持细胞的形状（Vollmer和Bertsche，2008; Typas等人，2012）。 PG由通过短肽连接的聚糖链组成。来自不同物种的PG在肽的结构和二级修饰的存在方面有所不同（Vollmer等人，2008）。 ...
|
|
|
| Xanthomonas oryzae pv. oryzae Inoculation and Growth Rate on Rice by Leaf Clipping Method
|
|
Author:
Date:
2017-10-05
[Abstract] Bacterial blight caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) is one of the most serious bacterial diseases and a major impediment to the increase of rice yield. Appropriate methods for inoculation of Xoo and disease scoring are necessary to investigate the nature of the disease and the mechanism of plant resistance to the pathogen. As the most-widely grown crop in the worldwide, rice yield plays an important role in food security. Uncovering mechanisms of plant-pathogen interaction of rice and Xoo will help develop rice plants that are more ...
[摘要] 由黄单胞菌（Xanthomonas oryzae）引起的细菌性病害pv。 Xoo ）是最严重的细菌性疾病之一，也是水稻产量增加的主要障碍。 用于接种“Xoo”和疾病评分的适当方法对于调查疾病的性质和植物对病原体的抗性的机制是必要的。 作为世界上种植最广泛的作物，水稻产量在粮食安全方面发挥重要作用。 水稻和Xoo的植物 - 病原体相互作用的揭示机制将有助于开发更易抵抗Xoo 引起的疾病的水稻植物。 在这里，我们描述了我们验证和有效的接种Xoo 和疾病评分的方法。
【背景】细菌性疾病是以黄单胞菌（Xanthomonas oryzae）/ pv。 （Xoo ）侵入稻叶通过伤口，叶尖和边缘的开放和水平方向（Niño-Liu等人，2006） ）。在下层表皮的细胞间隙中增殖后，Xoo 通过木质部进入并传播到水稻植物中，导致长而灰白色的不透明坏死病变。病变长度和细菌生长率可以作为疾病进展的量度（Mew，1984;Niño-Liu等，2006）。适当的人工接种方法和疾病发生的评估对于调查疾病的性质和防治病原体的植物策略是必要的。 Mew（1984）简要总结了几种人造Xoo 接种方法，包括针刺，喷洒和叶片剪切，或用细菌悬浮液浸渍水稻的非叶片部分。叶片剪切方法最初是由Kauffman等人（1973）开发的，其使横切静脉暴露于Xoo 悬浮液，通过用Xoo切断叶片尖端， ...
|
|
|