| ChIP-seq Experiment and Data Analysis in the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Nitrogen is an essential nutrient for all living organisms. In cyanobacteria, a group of oxygenic photosynthetic bacteria, nitrogen homeostasis is maintained by an intricate regulatory network around the transcription factor NtcA. Although mechanisms controlling NtcA activity appear to be well understood, the sets of genes under its control (i.e., its regulon) remain poorly defined. In this protocol, we describe the procedure for chromatin immunoprecipitation using NtcA antibodies, followed by DNA sequencing analysis (ChIP-seq) during early acclimation to nitrogen starvation in the ...
[摘要] 氮是所有生物体的必需营养素。 在蓝细菌中，一组含氧光合细菌通过围绕转录因子NtcA的错综复杂的调节网络维持氮稳态。 尽管控制NtcA活性的机制似乎已被很好地理解，但其控制下的基因集（即它的调节子）仍然没有很好的定义。 在该协议中，我们描述了使用NtcA抗体进行染色质免疫沉淀的过程，随后在蓝藻Synechocystis sp。早期适应氮饥饿期间进行DNA测序分析（ChIP-seq）。 PCC 6803（以下简称<集气囊）。 该协议可以扩展到分析蓝细菌中存在合适抗体的任何DNA结合蛋白。
【背景】为了维持体内平衡，细菌经常需要响应环境变化来调整基因表达。许多这些调整是由转录因子（TF）控制的，这些转录因子可以感知代谢信号并激活或抑制目标基因。然而，反映传统上费力的任务来表征TFs在体内的活性和范围，我们对它们在细菌中的结合位点的了解仍然有限。直到最近，染色质免疫沉淀与高通量测序分析的结合为快速确定基因组水平调节子打开了大门。特别是，ChIP-seq使用下一代测序（NGS）的能力来并行识别大量DNA序列。与微阵列相比，ChIP-seq的一个有吸引力的特征是对某些区域如启动子序列没有限制，并且可以研究整个基因组的TF结合位点。
在蓝细菌中，氮同化和代谢的全球调节剂是NtcA，属于CRP（cAMP受体蛋白）家族的TF（Herrero等人，2001）。在集胞蓝细菌中，NtcA通过将二聚体结合至包含共有序列GTAN ...
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| Immunogold Localization of Molecular Constituents Associated with Basal Bodies, Flagella, and Extracellular Matrices in Male Gametes of Land Plants
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Author:
Date:
2017-11-05
[Abstract] Male gametes (spermatozoids) are the only motile cells produced during the life cycle of land plants. While absent from flowering and most cone-bearing plants, motile cells are found in less derived taxa, including bryophytes (mosses, liverworts and hornworts), pteridophytes (lycophytes and ferns) and some seed plants (Ginkgo and cycads). During development, these cells undergo profound changes that involve the production of a locomotory apparatus, unique microtubule (MT) arrays, and a series of special cell walls that are produced in sequence and are synchronized with cellular ...
[摘要] 雄性配子（精子）是陆地植物生命周期中唯一产生的运动细胞。虽然没有开花和大多数含有锥体的植物，但在少量来源的分类群中发现运动细胞，包括苔藓植物（苔藓，苔草和horn）），蕨类植物（石膏植物和蕨类植物）和一些种子植物（银杏，苏铁）。在发育过程中，这些细胞发生深刻的变化，涉及生产运动装置，独特的微管（MT）阵列和一系列特定的细胞壁，这些细胞壁依次产生并与细胞分化同步。透射电子显微镜（TEM）中的免疫金标记提供了涉及该发育过程的大分子的确切位置和潜在功能的信息。具体而言，可能将表位定位于与涉及MT产生和功能的细胞内含物相关的蛋白质。在这些植物中的精子发生对于检查构成细胞外基质的碳水化合物和糖蛋白的差异表达也是理想的，所述细胞外基质与配子形状和运动装置发育中的戏剧性建筑变化相关。在这里我们提供使用单克隆抗体（MAbs）和透射电子显微镜中免疫金标记的方法来定位精子发育不可或缺的大分子。
【背景】动植物的陆地植物是惊人的多样化，鞭毛数量从2到4万以上（Renzaglia和Garbary，2001）。在一系列同心的有丝分裂分裂内，新生精细胞（精细胞）在一个动态和生长的细胞壁的范围内经历一系列的发育变化。当细胞器重新定位和成形时，产生复杂的运动装置并且鞭毛在细胞周围伸长。同步开发在一个单一的天竺鼠中，在一个单一的成熟阶段和不同的剖面中产生数百个细胞。
这种深刻的细胞分化涉及独特的MT阵列的发展，样条和鞭毛，从离散的微管组织中心（MTOCs），唯一含有中心粒的中心体在陆地植物散发。由于基因体，鞭毛及相关复合体在发育中的雄性配子中的独家出现，精子发生的研究揭示了MT阵列的结构，组成和发育变化的重要信息，因为它们涉及细胞周期，MTOC和细胞分化（Joshi等人，1992; ...
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| ChIP-Seq in Candida albicans
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Date:
2014-06-20
[Abstract] Systems biology approaches can be used to study the regulatory interactions occurring between many components of the biological system at the whole-genome level and decipher the circuitries implicated in the regulation of cellular processes, including those imparting virulence to opportunistic fungi. Candida albicans (C. albicans) is a leading human fungal pathogen. It undergoes morphological switching between a budding yeast form and an elongated multicellular hyphal form. This transition is required for C. albicans’ ability to cause disease and is regulated ...
[摘要] 系统生物学方法可以用于研究在全基因组水平上发生在生物系统的许多组分之间的调节相互作用，并且解释涉及细胞过程调节的电路，包括赋予机会性真菌的毒力的电路。 白色念珠菌（ C。albicans ）是一种主要的人类真菌病原体。它经历萌芽酵母形式和细长多细胞菌丝形式之间的形态学转换。此转换是 C所必需的。白色念珠菌引起疾病的能力，并且通过转录因子（TF）和靶基因之间高度相互关联的调节相互作用来调节。染色质免疫沉淀（ChIP） - 高通量测序（Seq）技术（ChIP-Seq）是解码转录调节网络的强有力的方法。该方案针对从丝状结构C制备ChIP DNA进行了优化。白色念珠菌细胞，然后进行高通量测序以鉴定调节酵母对菌丝转变的TF的靶标。
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