| Fish Bile Clean-up for Subsequent Zymography and Mass Spectrometry Proteomic Analyses
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Author:
Date:
2018-01-20
[Abstract] Biliary excretion offers a way to analyze various contaminants in aquatic organisms, and fish bile has been used as a biomarker for environmental contamination. The use of the fish bile proteome as a tool for monitoring the impact of environmental contaminants has been recently validated. However, scarce studies in this context are available, and much remains to be investigated. In this context, this protocol describes a fast, reproducible and cheap biliary clean-up procedure for subsequent proteomic analyses, such as zymography and mass spectrometry.
[摘要] 胆汁排泄提供了分析水生生物中各种污染物的方法，并且鱼胆已被用作环境污染的生物标志物。 最近验证了使用鱼胆蛋白质组作为监测环境污染物影响的工具。 然而，在这方面缺乏研究，还有很多需要调查。 在这种情况下，这个协议描述了一个快速，可重复和廉价的胆道清理程序后续蛋白质组学分析，如酶谱和质谱。
【背景】胆汁排泄是分析水生生物中几种化学污染物的一种替代方法。虽然直到最近，焦点只是检测环境污染物，而不是评估可能的生物化学效应，例如差异蛋白质表达，鱼胆汁已被常规用作环境污染的生物标志物数十年。然而，鱼胆汁蛋白质组最近被验证作为监测环境污染物对鱼代谢的影响的工具。这些包括多环芳香烃（Pampanin等人，2014），金属和类金属（Hauser-Davis等人，2012a）和复杂混合物（ Hauser-Davis et al。，2012b）等污染物。但是，这是一个很新的领域，在这方面还缺乏研究。在这种情况下，鱼胆含有大量的干扰蛋白定量，1D和2D电泳和质谱分析（Hauser-Davis等人，2012b）的脂质和胆汁盐。因此，为了获得可重现的结果，清理过程是至关重要的，并为随后的蛋白质组学应用充分准备这种液体。
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| Extraction, Purification and Quantification of Diffusible Signal Factor Family Quorum-sensing Signal Molecules in Xanthomonas oryzae pv. oryzae
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Bacteria use quorum-sensing (QS) systems to monitor and regulate their population density. Bacterial QS involves small molecules that act as signals for bacterial communication. Many Gram-negative bacterial pathogens use a class of widely conserved molecules, called diffusible signal factor (DSF) family QS signals. The measurement of DSF family signal molecules is essential for understanding DSF metabolic pathways, signaling networks, as well as regulatory roles. Here, we describe a method for the extraction of DSF family signal molecules from Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo ...
[摘要] 细菌使用群体感知（QS）系统监测和调节其人口密度。细菌QS涉及作为细菌通信信号的小分子。许多革兰氏阴性细菌病原体使用一类广泛保守的分子，称为扩散信号因子（DSF）家族QS信号。 DSF家族信号分子的测量对于了解DSF代谢途径，信号网络以及调节作用至关重要。在这里，我们描述了从Xanthomonas oryzae pv提取DSF家族信号分子的方法。 （ Xoo ）细胞沉淀和Xoo 培养上清液。我们使用超高效液相色谱系统（UPLC）与准确的质量飞行时间质谱仪（TOF-MS）联合测定DSF家族信号的水平。在UPLC / MS系统的帮助下，DSF的检测限低至1μM，大大提高了在细菌培养和反应混合物中检测DSF DSF家族信号分子的能力。
背景 黄单胞菌属 oryzae pv。米糠X ae））））））））））y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y十二碳烯酸（DSF），顺式-2-十二碳烯酸（BDSF），顺式-10-甲基-2-十二碳烯酸（IDSF）和顺式<顺式 -11-甲基十二烷-2,5-二烯酸（CDSF），以调节毒力因子产生（图1）。 DSF家族信号的生物合成，感知和周转需要Xoo 中的rpf ...
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| Isolation of THY1+ Undifferentiated Spermatogonia from Mouse Postnatal Testes Using Magnetic-activated Cell Sorting (MACS)
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Author:
Date:
2016-12-20
[Abstract] In mammals, homeostasis of many tissues rely on a subpopulation of cells, referred to as stem cells, to sustain an appropriate number of undifferentiated and differentiated cells. Spermatogonial stem cells (SSCs) provide the fundamental cellular source for spermatogenesis and are responsible for the lifelong maintenance of the germline pool in testes throughout the reproductive lifespan of males. To gain insight into germline stem cell biology and develop strategies for infertility treatment, several germ cell isolation methods have been reported in order to acquire good quality and quantity ...
[摘要] 在哺乳动物中，许多组织的体内平衡依赖于称为干细胞的细胞亚群，以维持适量的未分化细胞和分化细胞。精原细胞干细胞（SSC）为精子发生提供了基本的细胞来源，并且负责终生维持雄性生殖期间睾丸中的种系池。为了获得对种系干细胞生物学的了解并制定不孕症治疗策略，已经报道了几种生殖细胞分离方法，以获得良好质量和数量的未分化精原细胞。其中，磁激活细胞分选（MACS）是一种有效的细胞分离方法，其需要较少的时间和较少的初始细胞数以使用抗原 - 抗体反应来获得富集的细胞群体。胸腺细胞抗原1（THY1，CD90.2）被认为是小鼠新生儿和成年睾丸中未分化精原细胞的表面标志物。在这里，我们描述了一个用于分离来自小鼠睾丸的一周龄THY1 + 细胞和四周龄THY1 + 细胞的方案。分离过程包括三个步骤：睾丸收集和单细胞悬浮，使用生物素缀合的抗THY1抗体的细胞标记和磁性细胞分离。注意，这种隔离方案应在五小时内完成，以最大限度地提高活细胞的质量和数量。
背景 在几个成人组织中观察到活性和静止干细胞的共存。静止，自我更新和分化之间的充分平衡对于维持适当数量的未分化干细胞是必要的，并且避免过早的干细胞耗尽许多组织的体内平衡（Tseng等人，2015; Wabik和Jones，2015; ...
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