| Rice Root Organic Acid Efflux Measurement by Using Ion Chromatography
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Author:
Date:
2017-02-20
[Abstract] Organic acids secreted from plant roots play important roles in various biological processes including nutrient acquisition, metal detoxification, and pathogen attraction. The secretion of organic acids may be affected by various conditions such as plant growth stage, nutrient deficiency, and abiotic stress. For example, when white lupin (Lupinus albus L.) is exposed to phosphorus (P)-deficient conditions, the secretion of citrate acid from its proteoid roots significantly increases (Neumann et al., 1999). This protocol describes a method for the collection and measurement ...
[摘要] 从植物根系分泌的有机酸在各种生物过程中起重要作用，包括营养获取，金属解毒和病原体吸引。有机酸的分泌可能受植物生长阶段，营养缺乏和非生物胁迫等各种条件的影响。例如，当白羽扇豆（Lupinus albus）暴露于磷（P）缺乏条件时，柠檬酸从其类软骨根分泌显着增加（Neumann等， ，1999）。该方案描述了从不同氮形式的水稻品种Nipponbare（'Nip'）的根中收集和测量有机酸（草酸盐，苹果酸盐和柠檬酸盐）的流出的方法（NH 4） + 和NO 3 - ）以及不同的P电源（+ P和-P）条件。
背景 除了酶法（Delhaize等人，1993）和高效液相色谱（HPLC）（Chen等人，2013），离子色谱是另一个广泛的用于测定有机酸的方法，其先前已被用于检测在Al 3 + 应力期间芋头根系分泌物中草酸盐含量的显着增加（Ma和Miyasaka，1998）。与离子色谱相比，替代方法有其自身的缺陷。例如，酶法需要使用容易经历变性的酶。此外，通过HPLC区分草酸和Cl-峰是困难的。在这里，我们描述了使用离子色谱法分析水稻根系分泌的有机酸的方法。该方法可用于分析其他水培栽培植物分泌的有机酸。
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| Purification of a Protein Exhibiting Isoleucine 2-epimerase Activity from Lactobacillus otakiensis JCM 15040
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Author:
Date:
2015-10-20
[Abstract] Prominent accumulation of D-leucine, D-allo-isoleucine and D-valine was observed in the culture medium of the heterofermentative bacterial species, Lactobacillus otakiensis (L. otakiensis) JCM 15040. The racemase enzyme that resulted in this accumulation, isoleucine 2-epimerase, was purified from the bacterial cells. This is the first reported observation of such production of D-branched chain amino acids in lactic acid bacteria, and the first example of a racemase with isoleucine 2-epimerase activity in any organisms. In the described protocol, we introduce methods ...
[摘要] 在异质发酵细菌物种，例如otakiensis的乳酸杆菌（Lactobacillus otakiensis）的培养基中观察到D-亮氨酸，D-异亮氨酸 - 异亮氨酸和D-缬氨酸的显着积累。 otakiensis）JCM 15040.从细菌细胞中纯化导致这种积累的消旋酶，异亮氨酸2-差向异构酶。这是首次报道的在乳酸菌中这种D-支链氨基酸的产生的观察结果，以及在任何生物体中具有异亮氨酸2-差向异构酶活性的消旋酶的第一个实例。在所述的方案中，我们介绍从L中纯化该蛋白质的方法。因为没有鉴定到对该酶具有高亲和力的特异性配体，所以使用硫酸铵级分，四种类型的柱层析和制备型Native-PAGE，不使用亲和柱层析进行纯化。我们希望协议将提供有用的信息用于纯化不能容易地使用亲和柱层析纯化的酶。
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| In vitro Assay of the Glycosyltransferase Activity of a Heterologously Expressed Plant Protein
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Date:
2014-11-05
[Abstract] Glycosyltransferases are carbohydrate active enzymes containing catalytic modules involved in catalysing the biosynthesis of glycosidic bonds in oligo- and polysaccharides and glycoconjugates. One of the most comprehensive collections of Carbohydrate Active enZYmes is the CAZy database (http://www.cazy.org) comprising 120,000 glycosyltransferases allocated to 96 families based mainly on sequence homologies of their conserved and catalytically active domains (Cantarel et al., 2009). Interestingly, the glycosyltransferase activities of ...
[摘要] 糖基转移酶是含有催化模块的碳水化合物活性酶，其涉及催化寡糖和多糖和糖缀合物中糖苷键的生物合成。 Carbohydrate Active enZYmes最全面的集合之一是CAZy数据库（ http://www.cazy.org ） ），其包含分配给96个家族的120,000个糖基转移酶，主要基于其保守和催化活性结构域的序列同源性（Cantarel等人，2009）。有趣的是，仅约1.6％的这些蛋白质的糖基转移酶活性已经通过实验表征（Lombard等人，2014）。近年来，已显示许多家族的膜结合糖基转移酶在植物细胞壁多糖的生物合成中起关键作用（Doblin等人，2010; Scheller和Ulvskov，2010 ; ...
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