| Combining Gel Retardation and Footprinting to Determine Protein-DNA Interactions of Specific and/or Less Stable Complexes
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Author:
Date:
2020-12-05
[Abstract] DNA footprinting is a classic technique to investigate protein-DNA interactions. However, traditional footprinting protocols can be unsuccessful or difficult to interpret if the binding of the protein to the DNA is weak, the protein has a fast off-rate, or if several different protein-DNA complexes are formed. Our protocol differs from traditional footprinting protocols, because it provides a method to isolate the protein-DNA complex from a native gel after treatment with the footprinting agent, thus removing the bound DNA from the free DNA or other protein-DNA complexes. The DNA is then ...
[摘要] [摘要] DNA足迹是研究蛋白质-DNA相互作用的经典技术。但是，如果蛋白质与DNA的结合较弱，蛋白质的脱落速率较快，或者形成了几种不同的蛋白质-DNA复合物，则传统的足迹方案可能会失败或难以解释。我们的协议不同于传统的足迹协议，因为它提供了一种在使用足迹剂处理后从天然凝胶中分离蛋白质-DNA复合物的方法，从而从游离DNA或其他蛋白质-DNA复合物中去除了结合的DNA。然后从分离的复合物中提取DNA，然后在测序凝胶上电泳以确定印迹模式。该分析为无法使用传统足迹法确定蛋白质与DNA接触的人提供了可能的解决方案。
[背景]核酸酶/化学足迹是一个典型的方法来探测蛋白质-DNA相互作用（腊士和施米茨，1978;萨瑟-德怀特和Gralla，1989;汉普等人，2007） ...
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| Generation of Giant Unilamellar Vesicles (GUVs) Using Polyacrylamide Gels
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Author:
Date:
2020-11-05
[Abstract] Giant unilamellar vesicles (GUVs) are a widely used model system for a range of applications including membrane biophysics, drug delivery, and the study of actin dynamics. While several protocols have been developed for their generation in recent years, the use of these techniques involving charged lipid types and buffers of physiological ionic strength has not been widely adopted. This protocol describes the generation of large numbers of free-floating GUVs, even for charged lipid types and buffers of higher ionic strength, using a simple approach involving soft polyacrylamide (PAA) gels. ...
[摘要] [摘要]巨型单层囊泡（GUV）是一种广泛使用的模型系统，其应用范围包括膜生物物理学，药物递送以及肌动蛋白动力学研究。虽然一些协议已经为他们这一代人在最近几年已开发，利用这些T的echniques涉及带电脂质的类型和生理离子强度缓冲液一直没有得到广泛的广告Ø PTED。Thi的方案描述了使用包括聚丙烯酰胺（PAA）凝胶的简单方法，即使对于带电荷的脂质类型和更高离子强度的缓冲液，也产生了大量的自由浮动GUV。此方法需要使用（3-氨基丙基）三甲氧基硅烷（APTES）和戊二醛对玻璃盖玻片进行功能化，以允许将PAA共价键合到玻璃表面上。PAA聚合后，将凝胶真空干燥。随后，将选择的脂质均匀地分散在干燥的凝胶表面上，并且可以使用具有不同离子强度的缓冲液来重新水化凝胶并形成GUV。该协议对于在生理条件下生产大量由不同脂质组成的自由浮动GUV而言是可靠的。它可以方便地用常用的实验室试剂进行。
[背景】虽然温和的水化和电铸是两个巨的最常用的方法单层囊泡（GUV）的形成，只有少数研究，报告其使用带电脂质类型和斯坦因的生理离子强度缓冲液（等人。，2017; ...
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| Biochemical Analysis of Dimethyl Suberimidate-crosslinked Yeast Nucleosomes
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Nucleosomes are the fundamental unit of eukaryotic chromosome packaging, comprised of 147 bp of DNA wrapped around two molecules of each of the core histone proteins H2A, H2B, H3, and H4. Nucleosomes are symmetrical, with one axis of symmetry centered on the homodimeric interaction between the C-termini of the H3 molecules. To explore the functional consequences of nucleosome symmetry, we designed an obligate pair of H3 heterodimers, termed H3X and H3Y, allowing us to compare cells with single or double H3 alterations. Our biochemical validation of the heterodimeric X-Y interaction included ...
[摘要] 核小体是真核染色体包装的基本单元，由围绕核心组蛋白H2A，H2B，H3和H4中的每一个的两个分子包裹的147bp DNA组成。 核小体是对称的，一个对称轴以H3分子的C-末端之间的同源二聚体相互作用为中心。 为了探索核小体对称性的功能性后果，我们设计了一对特异性H3异二聚体，称为H3X和H3Y，使我们能够比较具有单一或双重H3改变的细胞。 我们对异二聚体X-Y相互作用的生物化学验证包括使用二甲基琥珀三酸酯（DMS）进行的核内H3交联。 在这里，我们提供了使用DMS来分析酵母核小体的详细方案。
【背景】组蛋白的翻译后修饰影响染色体生物学的各个方面，包括转录，复制，修复和重组。因为核小体包含每个核心组蛋白的两个拷贝，所以修饰可以是对称的（在两个H3尾部上的相同修饰，例如，在核小体内的两个H3尾部上的K27me（Voigt等人
对于单个核小体内H3X-H3Y相互作用的生化验证，我们生成了表达细菌生物素连接酶BirA，N-末端V5-标记的H3X和N-末端生物素接受表位标记的H3Y的酵母菌株（Beckett等人， 1999）。 ...
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