| Preparation of Sequencing RNA Libraries through Chemical Cross-linking Coupled to Affinity Purification (cCLAP) in Saccharomyces cerevisiae
|
|
Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Ribonucleoprotein particles (mRNPs) are complexes consisting of mRNAs and RNA-binding proteins (RBPs) which control mRNA transcription localization, turnover, and translation. Some mRNAs within the mRNPs have been shown to undergo degradation or storage. Those transcripts can lack general mRNA elements, like the poly(A) tail or 5’ cap structure, which prevent their identification through the application of widely-used approaches like oligo(dT) purification. Here, we describe a modified cross-linking affinity purification protocol (cCLAP) based on existing cross-linking and immunoprecipitation ...
[摘要] 核糖核蛋白颗粒（mRNP）是由mRNA和RNA结合蛋白（RBP）组成的复合物，其控制mRNA转录定位，转换和翻译。已显示mRNP内的一些mRNA经历降解或储存。那些转录物可能缺乏一般的mRNA元件，如poly（A）尾或5'帽结构，这通过应用广泛使用的方法如oligo（dT）纯化来阻止它们的鉴定。在这里，我们描述了基于现有的交联和免疫沉淀（CLIP）方法的修饰的交联亲和纯化方案（cCLAP），以分离mRNP中可被去腺苷酸化，去除和/或部分降解的mRNA，从而开启了检测不同的可能性。非编码RNA（ncRNA）的类型。分离后，将RNA进行衔接子连接，然后进行下一代测序（NGS）。由于快速有效的交联和淬灭步骤，该方案也适用于瞬时诱导的mRNP颗粒。实例包括由外在应激物触发的处理体（PB）或应力颗粒（SG）。其重现性和广泛应用使该方案成为研究特定RNP的RNA组成的有用且有力的工具。
【背景】mRNP内转录物的表征对于理解细胞转录和转录后过程至关重要。通过交联和免疫沉淀，然后通过RNA-Seq从mRNP颗粒中分离RNA已经成为鉴定mRNA靶标的常用方法（Tagwerker et al。，2006; Hafner et al。，2010; Kishore et al。，2011）。 ...
|
|
|
| Quantification of Salicylic Acid (SA) and SA-glucosides in Arabidopsis thaliana
|
|
Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] Homeostasis between the cytoplasmic plant hormone salicylic acid (SA) and its’ inactive, vacuolar storage forms, SA-2-O-β-D-glucoside (SAG) and SA-β-D-Glucose Ester (SGE), regulates the fine-tuning of defense responses to biotrophic pathogens in Arabidopsis thaliana. This protocol describes a simplified, optimized procedure to extract and quantify free SA and total hydrolyzable SA in plant tissues using a classical HPLC-based method.
[摘要] 细胞质植物激素水杨酸（SA）与其无活性的液泡形式，SA-2-葡萄糖苷（SAG）和SA-β-D-葡萄糖酯之间的稳态 （SGE）规定了拟南芥中对营养性病原体防御反应的微调。 该协议描述了一种简化的优化程序，使用传统的基于HPLC的方法提取和定量植物组织中的游离SA和总可水解SA。
【背景】SA（2-羟基苯甲酸）是植物激素，其在叶绿体中响应于病原体攻击而合成。然后输出到细胞质中，在细胞质中建立局部和系统获得性抗性（SAR）。在广义方案中，植物对生物营养性病原体的抗性被认为是通过SA信号传导介导的，而对于坏死性病原体的抗性受茉莉酸（JA）和乙烯（ET）控制。 SA和JA / ET信号通路相互作用。 SA积累到高浓度是有毒的并导致细胞和组织损伤。因此，大多数病原体诱导的SA被UDP-葡糖基转移酶（UGT）糖基化以形成亲水的，无毒的SAG和SGE（Noutoshi等人，2012; George Thompson等人， 2017）。然后将SAG和SGE隔离在液泡中，在那里它们形成水解成活性SA的可重复使用的来源。因此，植物组织中增加的总SA（SA + SAG / ...
|
|
|
| Measurement of ROS in Caenorhabditis elegans Using a Reduced Form of Fluorescein
|
|
Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Oxidative stress is implicated in the pathogenesis of various neurodegenerative diseases, including Alzheimer’s disease. Oxidative stress is a result of a disruption of the equilibrium between antioxidants and oxidants, in favor of oxidants. Since mitochondria are major sites of production and reduction of reactive oxygen species (ROS), measurement of ROS levels can help us determine if mitochondrial functional integrity has been compromised. In this protocol, we describe a method to measure the level of ROS in the nematode Caenorhabditis elegans, using ...
[摘要] 氧化应激涉及各种神经退行性疾病的发病机制，包括阿尔茨海默病。 氧化应激是抗氧化剂和氧化剂之间平衡中断的结果，有利于氧化剂。 由于线粒体是主要的产生和活性氧（ROS）减少的部位，ROS水平的测量可帮助我们确定线粒体功能完整性是否受到损害。 在该协议中，我们描述了使用氯甲基-2'，7'-二氯二氢荧光素二乙酸酯（CM-H 2），测量线虫秀丽隐杆线虫中ROS的水平的方法，DCFDA）。
【背景】ROS的生命周期与线粒体密切相关。超氧化物是由于线粒体中电子传递链的复合物I和复合物III不可避免地发生电子泄漏而产生的。这种超氧化物然后在线粒体基质和线粒体膜间隙中被过氧化氢歧化。通过这些过程产生的超氧化物和过氧化氢被认为是ROS，其中线粒体负责90％的内源性ROS（Balaban等人，2005）。因此，测量ROS水平将提供对线粒体健康状况的了解。在这里，我们提供了一个协议来确定线虫中的ROS水平。使用CM-H 2 DCFDA（一种还原形式的荧光素的渗透细胞氯甲基衍生物）的线虫。一旦进入细胞内，CM-H 2 DCFDA被细胞内酯酶切割，并且由ROS产生的氧化产生的非荧光H 2 DCF被转化为高度荧光的2 '，7'-二氯荧光素（DCF）。活体C中H 2 DCFDA的荧光强度的成像和测量。 elegans ...
|
|
|