| Differential Salt Fractionation of Nuclei to Analyze Chromatin-associated Proteins from Cultured Mammalian Cells
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Nucleosomes are the core units of cellular chromatin and are comprised of 147 base pairs (bp) of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Proteins such as chromatin remodelers, transcription factors, and DNA repair proteins interact dynamically with chromatin to regulate access to DNA, control gene transcription, and maintain genome integrity. The extent of association with chromatin changes rapidly in response to stresses, such as immune activation, oxidative stress, or viral infection, resulting in downstream effects on chromatin conformation and transcription of target genes. To ...
[摘要] 核小体是细胞染色质的核心单元，由包裹在组蛋白的八聚体周围的147个碱基对（bp）的DNA组成。蛋白质如染色质重组体，转录因子和DNA修复蛋白质与染色质动态相互作用以调控DNA的接触，控制基因转录和维持基因组完整性。与染色质结合的程度响应于诸如免疫激活，氧化应激或病毒感染等应激而迅速变化，导致对染色质构象和靶基因转录的下游作用。为了阐明在不同条件下与染色质相关蛋白质组成的变化，我们调整了现有的方案来分离核，并使用盐浓度的梯度分离细胞染色质。可以通过蛋白质印迹或质谱法评估不同盐部分中特定蛋白质的存在，从而了解与染色质相关的程度。
背景 由于与DNA或组蛋白的电荷相互作用，许多染色质相关蛋白在低盐条件下是不溶的。由于盐破坏了基于电荷的蛋白质DNA和蛋白质 - 蛋白质的相互作用，染色质相关蛋白质随着NaCl浓度的增加而变得更加可溶（Teves和Henikoff，2012）。与DNA强烈结合的蛋白质预期用高盐洗脱，而松散结合的蛋白质（例如转录因子）将用低盐洗脱。我们特别关心病毒感染如何改变与细胞染色质相关的因素的组成。核复制病毒，例如腺病毒，单纯疱疹病毒和爱泼斯坦 - 巴尔病毒，可以显着改变感染期间宿主染色质的出现（Avgousti等人，2016; Lam等人， ，2010; Simpson-Holley等人，2005; ...
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| Preparation of Respiratory Syncytial Virus with High or Low Content of Defective Viral Particles and Their Purification from Viral Stocks
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Author:
Date:
2016-05-20
[Abstract] Respiratory syncytial virus (RSV) belongs to the paramyxovirus family that includes many clinically relevant viruses, such as the human metapneumovirus and measles. RSV infection can cause severe disease in infants, the elderly, and some immunocompromised adults. During RSV replication, a series of truncated forms of the viral genome is generated. These truncated viral genomes are known as defective viral genomes (DVGs) and are generated by many viruses (Lazzarini et al., 1981; Rao and Huang, 1982; Prince et al., 1996; Sun et al., 2015; Tapia et al., ...
[摘要] 呼吸道合胞病毒（RSV）属于包括许多临床相关病毒（例如人偏肺病毒和麻疹）的副粘病毒家族。 RSV感染可以在婴儿，老年人和一些免疫受损的成人中引起严重的疾病。在RSV复制期间，产生一系列截短形式的病毒基因组。这些截短的病毒基因组被称为缺陷型病毒基因组（DVG），并且由许多病毒产生（Lazzarini等人，1981; Rao和Huang，1982; Prince等人， ，1996; Sun等人，2015; Tapia等人，2013）。 DVG可以限制全长病毒的复制，并且是针对RSV的先天免疫应答的主要天然触发因子（Sun等人，2015; Tapia等人 ，2013）。在这里，我们详细讨论如何准备具有高或低含量的DVG的RSV股票，以及如何从富含缺陷病毒颗粒的RSV原液中纯化含有DVG的缺陷病毒颗粒。这些程序可用于制备实验室研究所需的病毒原液和有缺陷的病毒颗粒。简言之，在HEp2细胞中产生不同的RSV种群，其通常用于在实验室中扩增该病毒。为了产生具有高含量DVG的RSV原液，HEp2细胞用高多重感染（MOI）多次感染，然后使用梯度离心纯化含有DVG的病毒颗粒。这里描述的方法具有四个部分：1.具有低DVG含量（RSV-LD）的种子RSV原种的扩增，2.具有高DVG含量（RSV-HD）的原种的产生，3.通过梯度离心，4.纯化DVG的表征。
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| Analysis of in vivo Cellulose Biosynthesis in Arabidopsis Cells by Spinning Disk Confocal Microscopy
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Author:
Date:
2015-10-05
[Abstract] Cellulose is a main component of plant cell walls. Tools to analyze cellulose mainly rely on analytical chemistry, which yields information about cellulose amounts and structure, but cannot be applied to intact tissues. Moreover, these methods measure total cellulose and cannot be used to assay cellulose synthesis per se. Live cell imaging of the catalytic subunits of the cellulose synthesis complex (CSC) conjugated to fluorescent proteins is an important tool to understand the dynamics of the cellulose biosynthesis process (Paredez et al., 2006). This method can be used in ...
[摘要] 纤维素是植物细胞壁的主要成分。用于分析纤维素的工具主要依赖于分析化学，其产生关于纤维素量和结构的信息，但不能应用于完整组织。此外，这些方法测量总纤维素，并且不能用于测定纤维素合成本身。与荧光蛋白结合的纤维素合成复合物（CSC）的催化亚基的活细胞成像是理解纤维素生物合成过程的动力学的重要工具（Paredez等人，2006）。该方法可用于各种遗传背景（Sorek等人，2014）或使用不同的化学抑制剂（Brabham和Debolt，2012）。在这里我们详细描述的过程可视化CSCs在质膜的运动。由于CSC的运动可能是由葡聚糖合成和挤出进入细胞壁引起的，因此CSC速度的活细胞分析提供了一种直接测量体内纤维素合成的方法。
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