| Synthetic Genetic Interaction (CRISPR-SGI) Profiling in Caenorhabditis elegans
|
|
Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract] Genetic interaction screens are a powerful methodology to establish novel roles for genes and elucidate functional connections between genes. Such studies have been performed to great effect in single-cell organisms such as yeast and E. coli (Schuldiner et al., 2005; Butland et al., 2008; Costanzo et al., 2010), but similar large-scale interaction studies using targeted reverse-genetic deletions in multi-cellular organisms have not been feasible. We developed a CRISPR/Cas9-based method for deleting genes in C. elegans and replacing them with a ...
[摘要] 遗传交互筛选是一种强有力的方法，可为基因建立新的作用并阐明基因之间的功能联系。这样的研究已经在单细胞生物如酵母和E中发挥了极大的作用。 （Schuldiner等人，2005; Butland等人，2008; Costanzo等人，2010），但是，在多细胞生物中使用靶向反向遗传缺失的类似大规模相互作用研究尚不可行。我们开发了一种基于CRISPR / Cas9的方法来删除 C中的基因。 elegans 并用异源荧光报道基因取代它们（Norris等人，2015）。最近，我们利用该系统首次在动物中使用无效等位基因进行大规模的反向遗传筛选，重点关注RNA结合蛋白基因（Norris等人，2017）。这种类型的方法应该类似地适用于 C中的许多其他基因类。线虫。在这里，我们详细介绍了生成双突变体库和执行中等通量竞争性健身测定来测试导致适应性变化的遗传相互作用的方案。
【背景】使用反向遗传无效等位基因的大规模遗传相互作用筛选在动物中以前不可行。 RNAi已被用于研究C中的遗传相互作用。通过在存在单一突变背景下敲除大量不同基因的表达（Baugh等人，2005; Lehner等人）， ，2006）。然而，这种策略受到RNAi敲低效率的限制，从而使结果的解释变得复杂。我们开发了一种用于高效编辑 C的方法。线虫基因组（Norris et ...
|
|
|
| Hyaloperonospora arabidopsidis (Downy Mildew) Infection Assay in Arabidopsis
|
|
Author:
Date:
2015-10-20
[Abstract] Hyaloperonospora arabidopsidis (Hpa; formerly Peronospora parasitica or Hyaloperonospora parasitica) is an oomycete downy mildew pathogen of the model plant Arabidopsis. The pathosystem between Arabidopsis and Hpa has been extensively used to study host/pathogen co-evolution (Coates and Beynon, 2010). As Hpa is an obligate biotrophic pathogen, its host is absolutely required for survival. Thus, Hpa must be maintained on susceptible Arabidopsis accessions and mutants. Growth of Hpa is evaluated ...
[摘要] （ Hpa ;以前为寄生寄生霜霉菌或寄生寄生虫）是模式植物的卵菌霜霉病病原体 拟南芥。 拟南芥和 Hpa之间的细胞系统已广泛用于研究宿主/病原体共进化（Coates和Beynon，2010）。 作为Hpa 是一种专性的生物营养性病原体，其宿主是生存所必需的。 因此，必须在易感的拟南芥登录号和突变体上维持 Hpa 。 生长Hpa 以两种方式评估： （Asai等人，2014）或在台盼蓝染色后计数孢子生成（Holt等人，2005）。 在这里，我们描述了如何用 Hpa 进行接种以及如何在拟南芥上评估 Hpa
|
|
|