| Isolation of Ribosomal Particles from the Unicellular Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Isolation of ribosomal particles is an essential step in the study of ribosomal components as well as in the analysis of trans-acting factors that interact with the ribosome to regulate protein synthesis and modulate the expression profile of the cell in response to different environmental conditions. In this protocol, we describe a procedure for the isolation of 70S ribosomes from the unicellular cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 (hereafter Synechocystis). We have successfully used this protocol in our study of the cyanobacterial ribosomal-associated ...
[摘要] 核糖体颗粒的分离是研究核糖体组分以及与核糖体相互作用以调节蛋白质合成并调节细胞表达谱的反式因子的分析中必不可少的步骤响应不同的环境条件。在本协议中，我们描述了从单细胞蓝细菌集胞藻分离70S核糖体的过程。 PCC 6803（以下简称集胞藻）。我们已经成功地使用这个方案来研究蓝细菌核糖体相关蛋白LrtA，它是细菌HPF（冬眠促进因子）的同系物（Galmozzi等人，2016）。
背景 据报道蓝藻核糖体几乎没有生物化学研究。已经通过差速离心分离70S核糖体颗粒，然后通过二维电泳分析核糖体蛋白质（Sato et al。，et al。 ，1998）。核糖体也已经从聚球藻（Spechococcus）进行制备。 PCC 6301细胞使用组合差速离心和蔗糖步骤梯度的方案（Sugita等人，2000）。通过差速离心分离细胞提取物也被用于制备核糖体样品用于在不同的聚球藻菌株中开发体外翻译系统（Mutsuda和Sugiura，2006 ）。基于针对聚球藻（Sugita等人，2000）所述的方法，本文所述的针对集胞藻的方法允许使用以下方式纯化核糖体颗粒线性蔗糖梯度的超速离心。
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| In vitro Assessment of RNA Polymerase I Activity
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Author:
Date:
2017-02-05
[Abstract] In eukaryotic cells transcriptional processes are carried out by three different RNA polymerases: RNA polymerase I which specifically transcribes ribosomal RNA (rRNA), RNA polymerase II which transcribes protein-coding genes to yield messenger RNAs (mRNAs) and small RNAs, while RNA polymerase III transcribes the genes for transfer RNAs and for the smallest species of ribosomal RNA (5S rRNA). This protocol describes an in vitro assay to evaluate the rRNA transcriptional activity of RNA polymerase I. The method measures the quantity of radiolabelled uridine 5’ triphosphate incorporated ...
[摘要] 在真核细胞中，转录过程由三种不同的RNA聚合酶：特异性转录核糖体RNA（rRNA）的RNA聚合酶I，转录蛋白质编码基因以产生信使RNA（mRNA）和小RNA的RNA聚合酶II进行转录，RNA聚合酶III转录转录RNA和最小核糖体RNA（5S rRNA）的基因。该方案描述了用于评价RNA聚合酶I的rRNA转录活性的体外实验方法。该方法测量了合并的rRNA分子中掺入的放射性标记的尿苷5'-三磷酸的量通过RNA聚合酶I，在酶活性的最佳条件和毒素α-amanitin存在下，其抑制RNA聚合酶II和III而不影响RNA聚合酶I（Novello和Stirpe，1970）。
背景 在真核细胞中，RNA聚合酶I转录位于核仁中的核糖体基因，产生45S rRNA前体分子。这些被处理以形成成熟的18S，5.8S和28S ...
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| Protein Expression Protocol for an Adenylate Cyclase Anchored by a Vibrio Quorum Sensing Receptor
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Author:
Date:
2017-01-20
[Abstract] The direct regulation of a mycobacterial adenylate cyclase (Rv1625c) via exchange of its membrane anchor by the quorum sensing receptor CqsS (Vibrio harveyi) has recently been reported (Beltz et al., 2016). This protocol describes the expression and membrane preparation for these chimeric proteins.
[摘要] 最近报道了通过其群岛感应受体CqsS（Vibrio harveyi）交换其膜锚定点直接调节分枝杆菌腺苷酸环化酶（Rv1625c）（Beltz等，2016）。 该方案描述了这些嵌合蛋白的表达和膜制备。
【背景】膜分隔的哺乳动物腺苷酸环化酶（AC）是IIIa类AC。调节是间接通过第一信使细胞外刺激G蛋白偶联受体（GPCR）而在细胞内释放的刺激（或抑制性）Gα-蛋白。 AC产生使用ATP作为底物的通用第二信使cAMP。脊椎动物AC中两个六角膜结构域的大小远远超过了对简单膜锚固的要求。然而，这种内在的膜锚定/受体结构域的调节特征是未知的。为了研究潜在的功能，选择了可以容易地在细菌中表达的分类细菌的典型类IIIa AC Rv1625c（Guo等人，2001和2005）与哺乳动物AC同工型相反。我们用来自哈维氏弧菌CqsS的六价体积感知（QS）受体的受体结构域取代了Rv1625c AC的六角膜锚，以检查我们是否可以通过QS配体的霍乱自动诱导剂直接调节AC -1'，CAI-1。 QS受体和IIIa类膜锚的设计是非常相似的，即最小的跨膜α-螺旋和极短的连接环。
我们已经证明了通过细胞外信号直接调节IIIa ...
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