| Analysis of Gram-negative Bacteria Peptidoglycan by Ultra-performance Liquid Chromatography
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Author:
Date:
2020-10-05
[Abstract] Bacteria are surrounded by a protective peptidoglycan cell wall. Provided that this structure and the enzymes involved are the preferred target for our most successful antibiotics, determining its structural and chemical complexity is of the highest interest. Traditionally, high-performance liquid chromatography (HPLC) analyses have been performed, but these methods are very time consuming in terms of sample preparation and chromatographic separation. Here we describe an optimized method for preparation of Gram-negative bacteria peptidoglycan and its subsequent analysis by ultra-performance ...
[摘要] [摘要]细菌被保护性肽聚糖细胞壁包围。如果这种结构和涉及的酶是我们最成功的抗生素的首选靶标，那么确定其结构和化学复杂性便是最重要的。传统上，已经进行了高效液相色谱（HPLC）分析，但是这些方法在样品制备和色谱分离方面非常耗时。在这里我们描述了一种优化的制备方法 革兰氏阴性细菌肽聚糖及其随后的超高效液相色谱（UPLC）分析。在肽聚糖分析中使用UPLC可以大大减少所需的样品量和动手时间，此外，还可以对U PLC解析的多肽进行在线质谱（MS），从而有助于对其进行鉴定。这种方法提高了我们执行高通量分析以更好地了解细胞壁生物学的能力。
[背景]细菌由肽聚糖（PG）的细胞壁所包围，除了到结构的作用，传达细胞形状和保护细菌免受外部损害，作为抗生物，化学屏障iCal和物理应力。murein囊或PG是细胞壁的主要成分。革兰氏阴性细菌在周质空间中呈现单层（Gan等，2008），而它构成了一个厚的网状结构，在革兰氏阳性细菌中具有多个堆积和交联的层（Pasquina-Lemonche等，2020）。Ť他细胞壁是交联的聚糖链的三维网状结构包围所述电池主体（Glauner等人，1988; Typas ...
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| Whole-genome Identification of Transcriptional Start Sites by Differential RNA-seq in Bacteria
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Author:
Date:
2020-09-20
[Abstract] Gene transcription in bacteria often starts some nucleotides upstream of the start codon. Identifying the specific Transcriptional Start Site (TSS) is essential for genetic manipulation, as in many cases upstream of the start codon there are sequence elements that are involved in gene expression regulation. Taken into account the classical gene structure, we are able to identify two kinds of transcriptional start site: primary and secondary. A primary transcriptional start site is located some nucleotides upstream of the translational start site, while a secondary transcriptional start site ...
[摘要] [摘要] 细菌中的基因转录通常起始于起始密码子上游的一些核苷酸。识别SPE cific Ť ranscriptional 小号挞小号ITE （TSS）为遗传操作必需的，因为在许多情况下，起始密码子上游有中涉及的基因表达调控序列元件。考虑到经典的基因结构，我们能够鉴定出两种转录起始位点：一级和二级。主要转录起始位点位于翻译起始位点上游的一些核苷酸上，而次要转录起始位点位于基因编码序列内。
这里，我们提出一步步协议全基因组吨ranscriptional 小号馅饼小号ITES d etermination通过差RNA测序（DRNA 使用肠道病原体-SEQ）福氏痢疾杆菌血清型菌株5A作为M90T模型。但是，该方法可以用于选择的任何其他细菌物种。第一步，使用热酚法从细菌培养物中纯化总RNA。核糖体RNA（rRNA）是使用商业试剂盒通过杂交探针特异性去除的。然后准备一个富含5'- 一磷酸依赖性核酸外切酶（TEX）处理的，富含初级转录本的RNA文库，用于与未进行TEX处理的文库进行比较，然后连接已知序列的RNA接头衔接子，从而确定具有单核苷酸精度的TSS。最后，对RNA进行处理以制备Illumina测序文库，并按购买的服务进行测序。通过内部生物信息学分析鉴定TSS。
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| Multiplication and Growth Inhibition Activity Assays for the Zoonotic Malaria Parasite, Plasmodium knowlesi
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Author:
Date:
2020-09-05
[Abstract] Malaria remains a major cause of morbidity and mortality globally. Clinical symptoms of the disease arise from the growth and multiplication of Plasmodium parasites within the blood of the host. Thus in vitro assays to determine how drug, antibody and genetic perturbations affect the growth rate of Plasmodium parasites are essential for the development of new therapeutics and improving our understanding of parasite biology. As both P. falciparum and P. knowlesi can be maintained in culture with human red blood cells, the effect of antimalarial ...
[摘要] [摘要] 疟疾仍然是全球发病率和死亡率的主要原因。该疾病的临床症状源于宿主血液中疟原虫的生长和繁殖。因此，体外测定以确定药物，抗体和遗传扰动如何影响疟原虫寄生虫的生长速率对于开发新疗法和增进我们对寄生虫生物学的理解至关重要。由于两个恶性疟原虫和P. knowlesi 可以在培养物中维持与人体红细胞，抗疟疾药物和抑制性抗体靶向的侵袭能力的影响疟原虫寄生虫 是通过使用针对这两个物种乘法测定或生长抑制测定法常规地研究。该协议给出了详细的一步一步的过程来进行基于所述寄生虫乳酸脱氢酶的活性为基础的流式细胞仪乘法测定和生长抑制活性测定法测试性中和抗体的疟原虫knowlesi 适于人类红血细胞培养物中。虽然类似测定法是用于很好地建立的恶性疟原虫，P. knowlesi 被更密切相关的所有其他人类感染性物种（帕切科等人。，2018），因此可以用作替代用于测试药物和疫苗用于其它疟疾种类，例如如间日疟原虫，它是非洲以外疟疾最广泛的病因，但尚未在实验室条件下进行培养。
[背景 ] ...
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