| Methylation-sensitive Amplified Polymorphism as a Tool to Analyze Wild Potato Hybrids
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Author:
Date:
2020-07-05
[Abstract] Methylation-Sensitive Amplification Polymorphism (MSAP) is a versatile marker for analyzing DNA methylation patterns in non-model species. The implementation of this technique does not require a reference genome and makes it possible to determine the methylation status of hundreds of anonymous loci distributed throughout the genome. In addition, the inheritance of specific methylation patterns can be studied. Here, we present a protocol for analyzing DNA methylation patterns through MSAP markers in potato interspecific hybrids and their parental genotypes.
[摘要] [摘要]甲基化敏感扩增多态性(MSAP)是一种用于分析非模型物种DNA甲基化模式的多功能标记。这种技术的实施不需要参考基因组，并且可以确定分布在整个基因组中的数百个匿名位点的甲基化状态。此外，特定甲基化模式的遗传可以被研究。在这里，我们提出了通过MSAP标记分析马铃薯种间杂交种及其亲本基因型的DNA甲基化模式的协议。
[背景]核苷酸序列并不是基因组信息的唯一形式，DNA甲基化、组蛋白、修改DNA上的组蛋白和核苷酸残基的酶，甚至RNA，都会影响基因的活动，并为细胞提供另一层指令。DNA甲基化、组蛋白、修改组蛋白的酶和DNA上的核苷酸残基，甚至RNA，都会影响基因活动，并为细胞提供另一层指令。表观遗传学变化，也称为表观遗传，可以遗传，并具有重要的表型后果。在植物中，甲基化反应将胞嘧啶残基修饰成5-甲基胞嘧啶。这种表观遗传机制对于维持基因组的完整性是至关重要的，并有助于调节基因在发育过程中的表达以及对生物和非生物胁迫的反应。此外，DNA甲基化的变化是由杂交和多倍体化等基因组冲击引发的，这是植物进化过程中的两个重要现象（Cara et al., 2019)。
有各种不同的方法来研究DNA甲基化的变化。可以使用高效液相色谱法(HPLC)评估全局性的胞嘧啶甲基化，这种分析方法可以量化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶，并计算基因组中甲基化残基的百分比。对于研究基因组上特定位置的DNA甲基化，可以提到两种选择。一种是使用对限制性位点胞嘧啶甲基化具有不同敏感性的异构体。例如，甲基化敏感扩增多态性(MSAP)标记表征来自随机基因组DNA的匿名5′-CCGG序列处的甲基化模式。这是对原始AFLP协议的改编(Voset ...
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| Detection of DNA Methylation Changes Surrounding Transposable Elements
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Author:
Date:
2013-06-05
[Abstract] Transposable elements (TEs) are a major component of all genomes, thus the epigenetic mechanisms controlling their activity is an important field of study. Cytosine methylation is one of the factors regulating the transcription and transposition of TEs, alongside Histone modifications and small RNAs. Adapter PCR-based methods [such as Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)] have been successfully used as high-throughput methods to genotype un-sequenced genomes. Here we use methylation-sensitive restriction enzymes, in combination with PCR on adaptor-ligated restriction fragments, to ...
[摘要] 转座元件（TE）是所有基因组的主要组成部分，因此控制其活性的表观遗传机制是重要的研究领域。 胞嘧啶甲基化是调节TE的转录和转座，与组蛋白修饰和小RNA一起的因素之一。 基于适配子PCR的方法[例如扩增片段长度多态性（AFLP）]已经成功地用作高通量方法来对未测序的基因组进行基因分型。 在这里我们使用甲基化敏感的限制酶，结合适配器连接的限制性片段上的PCR，以评估基因组DNA样品之间的TE的表观遗传变化。
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