| Preparation of Bacterial Outer Membrane Vesicles for Characterisation of Periplasmic Proteins in Their Native Environment
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Author:
Date:
2020-12-20
[Abstract] Bacterial outer membrane vesicles (OMVs) are naturally formed by budding from the outer membrane of Gram-negative bacteria. OMVs consist of a lipid bilayer identical in composition to the original outer membrane and contain periplasmic content within their lumen. Enriched with specific envelope proteins, OMVs make for an excellent native-like platform to study these proteins in-situ using biophysical methods. Here, we describe in detail the preparation of OMVs from Escherichia coli, which are luminally enriched with periplasmic proteins and uniformly labeled with stable isotopes (2H and 15N), ...
[摘要] [摘要]细菌外膜囊泡（OMV）是由革兰氏阴性细菌的外膜出芽自然形成的。OMV由组成与原始外膜相同的脂质双层组成，并且在其内腔中含有周质成分。OMV富含特定的包膜蛋白，是使用生物物理方法原位研究这些蛋白的绝佳天然样平台。在这里，我们详细描述了从大肠杆菌制备OMV的方法，该方法在光亮时富含周质蛋白，并用稳定的同位素（2 H和15 N）均匀标记，适用于后续表征溶液状态NMR光谱分析天然环境中蛋白质的原子分辨率。执行周质成分的结构研究的能力，现场清除的方式来REAC兴的这种独特的细胞室的功能和机理细节的深入了解。
[背景]革兰氏阴性菌的周质是一个相当了不起的细胞室。这个空间中，内和外细菌膜之间禁闭，包含在抽蛋白一个ö ř dinarily高浓度超过300毫克毫升-1 （奥利弗，1996） ，并且在不存在的细胞来源，如ATP，功能几乎大力独立从其胞质对应物。到目前为止，有关周质蛋白的结构知识是使用从其天然环境分离的纯化蛋白专门获得的。因此，这种特殊环境可能对蛋白质施加的任何结构和功能影响在纯化过程中都会丢失。由于周质的体积比低，阻碍了使用生物物理方法如细胞内NMR光谱原位研究周质蛋白的努力，周质的体积比仅占细菌总体积的5-1 0％（Brass等，1986）。 ）。
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| Yeast Transcription Factor Chromatin Immunoprecipitation
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Author:
Date:
2011-07-05
[Abstract] This ChIP protocol was developed and improved over the years by various researchers in the Snyder lab, Stanford University, especially Anthony Borneman and Christopher Yellman. I have used this method to successfully map the genome-wide binding of transcription factors Ste12. The ChIPed DNA is suitable for downstream analysis using PCR, microarray or sequencing.
[摘要] 本篇 ChIP 的方法是Snyder实验室多年来经多位学者改进优化而来，特别是 Anthony Borneman 和 Christopher Yellman。我应用此方法已成功定位了转录因子Ste12在基因组范围内的结合。ChIP得到的DNA可通过PCR、芯片及测序进行下游的分析。
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