| Analysis of Direct Interaction between Viral DNA-binding Proteins by Protein Pull-down Co-immunoprecipitation Assay
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] This protocol analyzes the direct interaction between two DNA-binding proteins by pull-down co-immunoprecipitation. One of the proteins is overexpressed in E. coli as HA-tagged recombinant protein and cell-free extracts are immunoprecipitated in HA-affinity resin. Cell extracts are treated with nuclease to degrade DNA and RNA, which rules out nucleic acid-mediated indirect interaction. Then, a second immunoprecipitation step is performed using the purified putative partner protein. Co-immunoprecipitated proteins can be detected either by Coomassie Blue staining and/or Western ...
[摘要] 该协议通过下拉共免疫沉淀分析两种DNA结合蛋白之间的直接相互作用。其中一种蛋白在E中过表达。如HA标记的重组蛋白和无细胞提取物在HA亲和树脂中免疫沉淀。用核酸酶处理细胞提取物以降解DNA和RNA，这排除了核酸介导的间接相互作用。然后，使用纯化的推定的配偶体蛋白进行第二次免疫沉淀步骤。如果特异性抗体可用，可以通过考马斯蓝染色和/或Western印迹（WB）检测免疫共沉淀蛋白质。此外，许多DNA / RNA结合蛋白具有高度正电性，在标准条件下可阻碍WB，正如组蛋白和组蛋白样蛋白所示。在这种情况下，我们表明，假定的合作伙伴的高等电点导致转移不良。提示麻烦WB提供高正电荷DNA结合蛋白的转移。
【背景】共免疫沉淀是分析蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）的常用方法。许多共免疫沉淀方案使用细菌表达的蛋白质。然而，细胞提取物的使用不排除由第三种蛋白介导的间接相互作用，或者在DNA / RNA结合蛋白的情况下介导核酸。
乙型病毒Bam35（B35TP）的末端蛋白含有保守的酪氨酸194，其提供OH基团以在蛋白质引发的DNA复制期间锚定病毒基因组的第一个5'-dTMP。此外，B35TP具有很强的DNA结合能力，与许多DNA结合蛋白一样，它具有非常高的等电点（约10.6），这影响其体外稳定性和功能（Berjón-Otero 等），2016）。 ...
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| Immunostaining of Formaldehyde-fixed Metaphase Chromosome from Untreated and Aphidicolin-treated DT40 Cells
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] During mitosis chromosomes are condensed into dense X-shaped structures that allow for microscopic determination of karyotype as well as inspection of chromosome morphology.
This protocol describes a method to perform immunostaining of formaldehyde-fixed metaphase chromosomes from the avian cell line DT40. It was developed to characterize the localization of YFP-tagged TopBP1 on mitotic chromosomes and specifically determine the percentage of TopBP1 foci that formed on breaks/gaps as well as ends of individual metaphase macrochromosomes (Pedersen et al., 2015). For this ...
[摘要] 在有丝分裂期间，染色体被浓缩成致密X型结构，允许显微检测染色体核型和检查染色体形态。
该方案描述了从禽细胞系DT40进行甲醛固定的中期染色体的免疫染色的方法。 它被开发用于表征YFP标记的TopBP1在有丝分裂染色体上的定位，并且具体确定形成于断裂/间隙以及单个中期大染色体末端的TopBP1灶的百分比（Pedersen等，2015）。 为此，应用YFP的免疫染色。 然而，该协议可以针对其他细胞系或表位进行优化。
【背景】染色中期染色体的显微镜分析是经典的细胞遗传学技术，广泛用于研究和诊断。基本原理包括通过锭子不稳定试剂如谷氨酸诱导中期细胞周期停滞，这将触发主轴装配检查点，从而阻止细胞在中期。这用于富集浓缩染色体的细胞。随后将细胞在低渗溶液中进行溶胀，然后在显微镜载玻片上铺展有丝分裂细胞。最终结果是来自单细胞的显微镜检测染色体，便于染色体核型分析以及个体染色体的研究。传统上，肿胀的细胞用甲醇和乙酸（3:1）固定，然后铺展在载玻片上（Hungerford，1965; Ronne等，1979）。
这里描述的方法使用甲醛而不是甲醇进行固定。这可以用于随后用与甲醇固定不相容的抗体染色。该方案针对鸡DT40细胞的中期传播进行了优化，YFP标记的TopBP1在中期大染色体上的免疫染色（Pedersen等，2015）。 ...
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| Robust Generation of Knock-in Cell Lines Using CRISPR-Cas9 and rAAV-assisted Repair Template Delivery
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Author:
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2017-04-05
[Abstract] The programmable Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-associated nuclease 9 (Cas9) technology revolutionized genome editing by providing an efficient way to cut the genome at a desired location (Ledford, 2015). In mammalian cells, DNA lesions trigger the error-prone non-homologous end joining (NHEJ) DNA repair mechanism. However, in presence of a DNA repair template, Homology-Directed Repair (HDR) can occur leading to precise repair of the lesion site. This last process can be exploited to enable precise knock-in changes by introducing the desired genomic ...
[摘要] 可编程集群定期间隔短回归度（CRISPR）相关核酸酶9（Cas9）技术通过提供在所需位置切割基因组的有效方式，彻底改变了基因组编辑（Ledford，2015）。 在哺乳动物细胞中，DNA损伤触发易发生非同源末端连接（NHEJ）DNA修复机制。 然而，在DNA修复模板的存在下，可以发生同源性定向修复（HDR），导致病变部位的精确修复。 可以利用最后的方法，通过在修复模板上引入所需的基因组改变来实现精确的敲入变化。 在本协议中，我们描述了使用重组腺相关病毒（rAAV）在人细胞系中进行基于CRISPR-Cas9的C-末端标签序列敲入的长修复模板（> 200个核苷酸）的递送。
尽管有关CRISPR-Cas9产生的敲门模型系统的大量报告，敲门砖报告仍然落后。由于许多应用，产生敲入细胞系仍然是基因组编辑的明显目标。敲入改变的引入通常依赖于修复模板DNA的存在，并且在位点特异性双链（ds）DNA断裂被引入接近改变位点的基因组中后，HDR修复机制的激活。不同的模板可以传送到修复机器，范围从含有广泛同源区域和可选选择盒的经典线性化载体到约200个核苷酸的单链（ss）DNA寡核苷酸（Chen等人， ...
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