| Rubisco Extraction and Purification from Diatoms
|
|
Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] This protocol describes a method to extract ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase oxygenase (Rubisco) from diatoms (Bacillariophyta) to determine catalytic performance. This protocol has been adapted from use in cyanobacteria and higher plants (Andrews, 1988; Whitney and Sharwood, 2007). First part (steps A1-A3) of the extraction provides a crude extract of Rubisco that is sufficient for carboxylation assays to measure the Michaelis constant for CO2 (KC) and the catalytic turnover rate (kcatc). However, the further purification ...
[摘要] 该方案描述了从硅藻（“芽孢杆菌”）提取核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶加氧酶（Rubisco）的方法以确定催化性能。该方案已经在蓝细菌和高等植物中得到了应用（Andrews，1988; Whitney and Sharwood，2007）。提取的第一部分（步骤A1-A3）提供Rubisco的粗提取物，其足以用于羧化测定以测量CO 2（K 3 C）的Michaelis常数和催化更换率（ k c ）。然而，为了测量Rubisco CO 2 / O 2特异性（S C / O ）需要进一步的纯化步骤（步骤B1-B4） >，[Kane等人，1994]）。背景 核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶加氧酶（Rubisco，EC 4.1.1.39）催化了CO 2光合同化的第一步，因此在光合作用和全球碳循环中起着重要的作用。 Rubisco已经从古菌，细菌，藻类和植物的各种生物体中分离出来，并且在生物体之间显示出各种各样的动力学（Galmes等人，2014年; Tcherkez等人，2006; Whitney等人，2011）。 Rubisco动力学的知识是了解光合作用以及因此碳的生物沉积物对人为CO ...
|
|
|
| Purification of 70S Ribosomes from Bacillus subtilis
|
|
Author:
Date:
2015-04-05
[Abstract] The eubacterial ribosome (70S) is a macromolecular complex that is composed of a small (30S) subunit and a large (50S) subunit. The small subunit comprises the 16S ribosomal RNA (rRNA) and more than 20 ribosomal proteins (r-proteins), whereas the large subunit comprises the 23S and 5S rRNAs and more than 30 r-proteins. Bacillus subtilis (B. subtilis) has 57 r-ribosomal protein genes and three rRNAs (16S, 23S and 5S rRNAs). Among them, we identified 21 r-proteins of the small subunit and 31 r-proteins of the large subunit in B. subtilis (Nanamiya et al., ...
[摘要] 真细菌核糖体（70S）是由小（30S）亚基和大（50S）亚基组成的大分子复合物。 小亚基包含16S核糖体RNA（rRNA）和超过20个核糖体蛋白（r-蛋白），而大亚基包含23S和5S rRNA和超过30个r蛋白。 枯草芽孢杆菌（<枯草芽孢杆菌）具有57个核糖体蛋白基因和三个rrna（16s，23s和5s rrna）。 其中，我们确定21 r蛋白的小亚基和31 r蛋白的大亚基在b。 枯草芽孢杆菌（nanamiya等人，2004）。 核糖体的各个组分的功能和作用尚未完全澄清。 在本文中，我们详细描述了从b的指数生长细胞制备70s核糖体的基于超速离心的方案。 枯草芽孢杆菌。
rrna）。="" 其中，我们确定21="" r蛋白的小亚基和31="" r蛋白的大亚基在b。="" 枯草芽孢杆菌（nanamiya等人，2004）。="" 核糖体的各个组分的功能和作用尚未完全澄清。="" 在本文中，我们详细描述了从b的指数生长细胞制备70s核糖体的基于超速离心的方案。="" 枯草芽孢杆菌。=""> ...
|
|
|
| Measurement of Proton-driven Antiport in Escherichia coli
|
|
Author:
Date:
2014-11-05
[Abstract] Secondary active transport of substrates across the inner membrane is vital to the bacterial cell. Of the secondary active transporter families, the ubiquitous major facilitator superfamily (MFS) is the largest and most functionally diverse (Reddy et al., 2012). Recently, it was reported that the MFS multidrug efflux protein MdtM from Escherichia coli (E. coli) functions physiologically in protection of bacterial cells against bile salts (Paul et al., 2014). The MdtM transporter imparts bile salt resistance to the bacterial cell by coupling the exchange of ...
[摘要] 底物穿过内膜的二次主动转运对细菌细胞是至关重要的。在次要活性转运蛋白家族中，遍在的主要促进子超家族（MFS）是最大和最功能多样的（Reddy等人，2012）。最近，据报道，来自大肠杆菌（大肠杆菌）的MFS多药物外排蛋白MdtM在保护细菌细胞对抗胆汁盐中具有生理功能（Paul等人al。，2014）。 MdtM转运蛋白通过将外部质子（H + +）的交换耦合到通过反向端反应从细胞内部排出的胆汁盐，赋予细菌细胞以抗胆汁盐性。该方案使用荧光测定法描述了如何在E的逆向转运体缺陷菌株的倒置膜囊泡中检测MdtM的胆汁盐/H sup/+抗末端活性。通过测量跨膜ΔpH测定大肠杆菌 TO114细胞。该方法利用pH敏感染料吖啶橙的荧光信号（淬灭和去淬灭）的强度响应于囊泡腔中的[H sup +]的变化而发生的变化。由于内源性转运蛋白表达的低水平，其通常使得单个转运蛋白例如MdtM对质子驱动的反运输蛋白的贡献难以检测，所述方法通常需要从多拷贝质粒过表达所关注的转运蛋白。尽管本文所述的方案的第一部分对于来自pBAD/emyc-His-A表达载体的MdtM的过表达非常特异，但描述随后通过MdtM测量胆汁盐流出的方案可以容易地适用于通过任何其他反交换器测量其它底物的反向运输，其交换质子用于对衬底。
|
|
|