| Analysis of Metals in Whole Cells, Thylakoids and Photosynthetic Protein Complexes in Synechocystis sp. PCC6803
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Metals are essential in many biological processes, including oxygenic photosynthesis. Here we described a method to measure the metal pool in whole cells and thylakoids, including the bioactive pool in intact photosynthetic protein complexes in the model oxygenic cyanobacterium Synechocystis PCC6803. In the first part of the protocol, whole cells and thylakoid membranes are carefully prepared, in which the total metal concentrations are measured by inductively coupled plasma triple-quadrupole mass spectrometry (ICP-QQQ-MS). In the second part of the protocol, isolated thylakoids are ...
[摘要] 金属在许多生物过程中是必不可少的，包括含氧光合作用。 在这里我们描述了测量全细胞和类囊体中金属库的方法，包括模型含氧蓝藻PCH6803中完整光合蛋白复合体中的生物活性库。 在方案的第一部分中，仔细制备全细胞和类囊体膜，其中通过电感耦合等离子体三重四极杆质谱（ICP-MS / MS）测量总金属浓度。 在该方案的第二部分，分离的类囊体被溶解以释放完整的膜蛋白和金属结合蛋白复合物。 将这些完整的光合蛋白复合物进行尺寸排阻色谱（SEC），并通过ICP-MS / MS进行连接分析尺寸分离的复合物中的金属结合。
【背景】氧光合作用的过程需要金属，因为它们在光合电子传递链中作为辅因子和催化剂的基本功能。光合装置需要Fe-S簇，血红素桥Fe和非血红素Fe形式的铁（Fe），可溶性移动电子载体蛋白质质体蓝素中的铜（Cu），叶绿素中的镁（Mg）， ...
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| A Method for Extracting the Nuclear Scaffold from the Chromatin Network
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Date:
2018-04-20
[Abstract] Each cell contains many large DNA polymers packed in a nucleus of approx. 10 μm in diameter. With histones, these DNA polymers are known to form chromatins. How chromatins further compact in the nucleus is unclear but it inevitably depends on an extensive non-chromatin nuclear scaffold. Imaging of endogenous chromatin network and the complementary scaffold that support this network has not been achieved but biochemical and proteomic investigations of the scaffold can still provide important insights into this chromatin-organizing network. However, this demands highly inclusive and ...
[摘要] 每个细胞都含有许多大型DNA聚合物，其中包含大约一个核。直径10微米。用组蛋白，已知这些DNA聚合物形成染色质。染色质在核中如何进一步致密还不清楚，但它不可避免地依赖于广泛的非染色质核支架。内源性染色质网络的成像和支持该网络的互补支架尚未实现，但支架的生化和蛋白质组学研究仍然可以提供关于该染色质组织网络的重要见解。但是，这需要高度包容和可重复的提取核支架。我们最近开发了一个简单的协议，用于从染色质中释放脚手架组件。提取物的包容性由以下观察结果证实：当从核中提取时，剩余的核染色质被释放为延伸且通常平行的染色质纤维。基本上，该方案包括纯核的产生，用Triton X-100处理细胞核以产生包膜消耗的细胞核（TxN），并在含蔗糖的缓冲液中在500mM NaCl中提取细胞核。 TxN的这个组合提取被称为TxNE。
【背景】通过蛋白质和核糖核蛋白的复杂支架，染色质在细胞核中密集并动态地压缩。与细胞骨架网络不同（Fischer和Fowler，2015），对这种核支架的显微观察在技术上是具有挑战性的。这可能反映了每个细胞核内染色质的主导地位，支架与细胞核交织在一起。核的球形排列也对成像这种支架结构造成挑战。核支架的主要元素是核层（NL）（Gruenbaum和Foisner，2015）。 ...
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| Preparation, Stimulation and Other Uses of Adult Rat Brain Synaptosomes
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Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] In this paper, our protocol for preparation of brain synaptosomes is described. Synaptosomes are a valuable model system for analysis of structural components of the synapse as well as for investigation of synaptic function. Synaptosomal preparations are necessary for understanding molecular changes at synapses where critical post-translational modifications of synaptic proteins may occur. Not only are synaptosomes rich in synaptic proteins, but they can be used for analyzing uptake of neurotransmitters into synaptic vesicles and for analysis of the involvement of neurotransmitter synthesis ...
[摘要] 在这篇论文中，我们描述了制备脑突触体的方案。突触体是用于分析突触的结构组分以及用于调查突触功能的有价值的模型系统。突触体制备对于理解可能发生突触蛋白的关键翻译后修饰的突触处的分子变化是必需的。突触小体不仅含有丰富的突触蛋白，还可用于分析神经递质向突触小泡的摄取和神经递质合成和释放的参与分析。可以用增加的钙内流刺激突触体释放神经递质。突触体制剂已被用于表征钙依赖性磷酸化和GABA合成酶GAD65（分子量为65kDa的L-谷氨酸脱羧酶）的活化。通过检查从突触体制剂获得的突触小泡膜上的蛋白质复合物，可以表征GAD65在GABA囊泡释放的偶联合成和囊泡摄取中的作用，这最终导致GABA囊泡释放GABA能神经传递的微调方法。
【背景】突触体制备方法在40多年前在神经科学研究实验室中建立，并且在涉及神经递质释放相关的细胞外钾升高以及对细胞内钙增加的应答方面具有极大的价值。除了阐明神经递质释放的过程之外，突触体制剂已经成为突触囊泡的有价值的来源。关于突触小泡的研究已经被用于表征参与偶联的神经递质合成和囊泡释放的蛋白质组分。突触体制剂作为突触囊泡分离的中间体也是非常有价值的，然后根据位于包含神经递质合成酶的囊泡膜上的蛋白质复合物进行分析。在这方面关键的意义在于包括CSP（胱氨酸 - ...
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