| Mapping RNA Sequences that Contact Viral Capsid Proteins in Virions
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] We have adapted the methodology of CLIP-seq (Crosslinking-Immunoprecipitation and DNA Sequencing) to map the segments of encapsidated RNAs that contact the protein shells of virions. Results from the protocol report on the RNA sequences that contact the viral capsid.
[摘要] 我们已经调整了CLIP-seq（交联 - 免疫沉淀和DNA测序）的方法来绘制与病毒粒子的蛋白质壳接触的壳化RNA片段。 关于接触病毒衣壳的RNA序列的方案报告的结果。
【背景】正义RNA病毒包括所有生命形式的病原体。具有二十面体形状的病毒具有病毒外壳蛋白在RNA基因组周围形成保护壳（Stockley等人，2013）。在噬菌体MS2和植物感染的Brome花叶病毒（BMV）中，外壳蛋白优先接触特异性RNA序列（Ni等人，2013; Hoover等人。 ，2016; Rolfsson等人，2016）。这些接触可以调节感染期间RNA释放的时间，病毒基因表达和病毒RNA复制（Hoover等人，2016）。鉴定衣壳RNA相互作用可以提供对病毒感染的规定的见解，并提供抑制病毒感染的手段。考虑到这一点，我们已经开发了一种方法，使用UV交联，RNA断裂，外壳蛋白的选择性沉淀和由RNA片段制备的cDNA的下一代测序来鉴定纯化的病毒体中的衣壳RNA接触。以下协议是针对BMV病毒粒子开发的。
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| Macrophage Phagocytosis Assay of Staphylococcus aureus by Flow Cytometry
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Author:
Date:
2015-02-20
[Abstract] This protocol describes a straightforward technique to evaluate the phagocytotic capacity of murine macrophages for Staphylococcus aureus (S. aureus). By staining S. aureus with Hexidium Iodide and staining murine bone marrow-derived macrophages (BMDMs) with FITC, the macrophage bacterial up-taking ability can be rapidly analyzed by flow cytometry. S. aureus is a Gram-positive bacteria causing severe human and animal infections. Host immune cells such as macrophages serve to eliminate S. aureus by phagocytosing the pathogen and save the host from ...
[摘要] 该协议描述了评估小鼠巨噬细胞对金黄色葡萄球菌（金黄色葡萄球菌）的吞噬能力的直接技术。 通过染色。 金黄色葡萄球菌与碘化己锭染色并用FITC染色鼠骨髓衍生的巨噬细胞（BMDM），可以通过流式细胞术快速分析巨噬细胞细菌摄取能力。 aureus 是一种革兰氏阳性菌，引起严重的人类和动物感染。 宿主免疫细胞例如巨噬细胞用于消除S。 金黄色葡萄球菌通过吞噬病原体并将宿主从危及生命的疾病中拯救。 宿主巨噬细胞吞噬能力的研究。 金黄色葡萄球菌对于理解宿主 - 病原体相互作用是重要的，并且可以帮助阐明S的发病机制。 aureus 感染。 该方案也可应用于其他革兰氏阳性菌的巨噬细胞吞噬测定。
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| Construction of NSG-CTL Mice
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Author:
Date:
2013-02-20
[Abstract] The NSG-CTL mouse model is a humanized mouse model that allows the generation of peripheral human immune responses, particularly CD8+ Cytotoxic T lymphocyte (CTL) responses, and serves as an effective model for studying gene-based therapies. Natural antigen-specific T cell responses in humanized mice are relatively weak and this model was developed to boost antigen specific responses, in this case to HIV, to more closely assess these responses in vivo. We have engineered human T cells that develop in these mice to express a molecularly cloned T cell receptor (TCR) specific to HIV. ...
[摘要] NSG-CTL小鼠模型是允许产生外周人免疫应答，特别是CD8 +细胞毒性T淋巴细胞（CTL）应答的人源化小鼠模型，并且作为研究基于基因的治疗的有效模型。人源化小鼠中天然抗原特异性T细胞应答相对较弱，并且开发这种模型以加强抗原特异性应答，在这种情况下是HIV，以更密切地评估这些体内的反应。我们已经设计在这些小鼠中发展的人T细胞，以表达对HIV特异性的分子克隆的T细胞受体（TCR）。克隆的TCR与任何抗原理论上可用于研究体内的特异性应答，只要所操作的组织是相同的人白细胞抗原（HLA）类型。具有抗原特异性TCR的造血干细胞的修饰允许在这些小鼠的外周中形成成熟的，功能性T细胞，其在正常发育过程之后对该抗原是特异性的。该模型最近已经发表（Kitchen等人，2012），这是Melkus等人发表的人源化小鼠BLT模型的主要修饰。 （2006）。我们使用非肥胖糖尿病（NOD） - 严重联合免疫缺陷（SCID），常见的γ链敲除（γc -/- ）或NSG小鼠，并植入胎儿胸腺片与基因修饰的CD34 +造血干细胞从胎儿肝脏分离，在肾囊下发育成功能性胸腺植入物。同时，我们通过全身照射消耗小鼠的骨髓，并静脉内注射更多的修饰的HSC用于在小鼠骨髓中造血植入。该协议概述了处理胎儿组织的过程，使用表达分子克隆的T细胞受体的慢病毒载体基因转导HSC，并进行囊下肾移植手术。
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